自由时报报导说，面对中国渔船的登岸要求，海巡署署长许惠佑已紧急调派两艘五百吨级的巡防舰驰援，准备驱离。
十二月二日下午四时许，台湾海巡署署本部接获陆委会转知中华搜救协会的传真函，表示东沙岛附近海域有四十五艘中国海南岛籍渔船，约有一千一百廿五名船员，因“南玛都”台风欲申请至东沙岛避风、登岸。
海巡署依当时台风消息判断，中国渔船尚有足够时间返航中国或香港，并非一定要靠泊东沙不可，且评估岛上仅有两百余名海巡官兵，若大批中国渔民登岸，恐徒增是非。
海巡署经讨论后回覆对方，指东沙岛上并无设施可容纳中国渔民登岛遮蔽，且无停泊船只处所，亦无足够食物饮水可满足登岛渔民，海巡署嘱请中华搜救协会转知中国，通知在台湾海域作业的中国渔船尽速返航避风。
海巡署同时通知在岛上的东沙指挥部，告知有大批中国渔船于附近海域，东沙指挥部遂加强监控；深夜十一时许，东沙指挥部雷达监控发现，距东沙岛岸边约六点七里至九点六里海域，仍有廿四艘中国渔船不愿驶离。
因这批渔船意图不明，面对此情况，海巡署联系陆委会再次通报中国方面妥善处理，并透过国家搜救中心联系最近的“香港搜救中心”，通知这批渔船离去，另觅适当区域避风。
三日中午，海巡署多次劝离这些渔船无效，且海象不佳，最大阵风已达十一级，渔船剧烈晃动，基于人道立场，遂原则同意这廿四艘渔船，在东沙岛东侧海域环礁一处较能避风的位置避风，人仍留船上；并责成东沙指挥部完成相关紧急应变措施，随时给予物资、医疗的协助与兵力整备。海巡署指示前线指挥官可自行判断，若渔船遇风有立即危险，可同意紧急登岛，登岛后则集中管理、注意安全，并请国家搜救中心协调香港方面，确认船员身分与船舶资料。
海巡署署长许惠佑研判这些渔船的动机可疑，不排除是对岸的小动作，在署本部成立紧急应变小组，令相关主管进驻，监控前线的发展。
这时海巡署准备若有必要，将向国家搜救中心申请专机，接运许惠佑赴东沙应变，同时指示海洋总局所属的五百吨级台北舰、花莲舰待命，一度气氛相当凝重。
四日上午十时许，海岸巡防总局接获交通部任务管制中心的通报，表示中国籍的“南海一五九号”拖船，已抵达中国渔船滞留的海域附近，补给水与粮食。下午二时许，台风警报解除，这批中国渔船离岸，仍滞留东沙岛附近海域不去，海巡署紧急应变小组仍责成东沙指挥部持续监控。
由于大量中国渔船不愿离去，七日中午，台北舰、澎湖舰遂启程赶赴驱离、扫荡。
八日上午七时许，台北舰、澎湖舰抵达时，东沙岛仍有卅四艘中国渔船，在东沙岛东方三点一至九点五里处作业，直至晚间，因海象不佳，两舰无法放下小艇执行驱离，现仍持续监控中；总计此次状况，自二日迄昨已历时一周。
