疑问一：大号宝船是否存在？
据史料记载，在郑和下西洋的船队中，最大的宝船长44丈4 尺，宽18丈，载重量800吨。它的铁舵，需要二三百人才能举动。按照今天的测量方法来看，这艘宝船长将近138米，宽56米。一些学者认为如此巨型的木帆船在中国明代不可能出现。另外，有专家认为，明永乐年间，朱棣施政办公的大殿－－－奉天殿(太和殿)，是当时最大的木结构实体。其大小也不过宽 63.96米，深37.20米，高35.05米。而大号宝船上仅船楼的面积就大大超过了它，从封建的宗法礼仪上讲，作为宦官的郑和乘坐似乎有僭越之嫌。
对此，原海军装备技术部部长、北京郑和下西洋学会副理事长郑明认为，大号宝船是存在的，但没有出海。郑明认为，大号宝船并不是一种实用的船只，它不应该是下西洋船队中的一员。那么大号宝船存在的意义在哪里呢？他推测,大号宝船不被郑和使用，但作为皇帝御用的可能性很大。
疑问二：大号宝船有多大？
学术界对大号宝船“长44丈4尺，阔18丈”的尺度仍存质疑。有学者认为，郑和宝船的长宽比例不协调。“长44丈4尺，阔18丈”，长宽比大致为 2.4666∶1,比例之小使“宝船”看上去简直就是一个方盒子，现存的中外船舶绝没有腰身如此之“粗”的，这也使人对宝船的形状产生怀疑。
宝船究竟有多大？这还有赖于实物考证。南京中保村明代宝船厂遗址是目前国内已知唯一的明代官办造船基地遗址。1957年，有村民曾在南京宝船厂遗址发掘出一根长11.07米的舵杆；1965年，又在遗址地捞出了一段长2.21米的绞关木，据专家考证，两米多长的绞关木，需要五六个人一起操作，能够绞起 500公斤左右重的铁锚。2003年到2004年间，南京市博物馆在对中保村明代宝船厂遗址第六作塘考古发掘时，又发现两根长度分别为10.1米和11米的木舵杆。
但这些尚不足以精确推算出造船厂船只的准确规模，只能印证史料记载的明代海船的巨大规模。
疑问三：大号宝船只是摆设？
《天妃经》卷首插图显示郑和下西洋船队雄姿，图中的船型和《武备志》“郑和航海图”中记载船型，当是下西洋主要船型，却均不是大号宝船，而是长约61.2米，宽13.8米的二千料船型宝船或更小的海船。这两幅下西洋文献插图可证明二千料船是郑和下西洋船队的主要船型，才被描绘在明代史籍中。而大号宝船既巨大，又重要，理应充当“主角”，反而不被描绘。
如果大号宝船只是摆设，那么，当年郑和乘坐的旗舰到底是什么呢？郑明发现，上世纪20年代，历史学家郑鹤声先生在静海寺厨房的墙壁上拓下的静海寺残碑碑文中，多次提到官军驾乘船只中最大的是“二千料海船”。
“这种‘二千料海船’才是真正的下西洋旗舰。”郑明说，“料”是一种容积单位。参照明代史料记载的宁波府400和500料战船的尺度，“二千料海船”应该长61.2米，宽13.8米，排水量1000余吨。明代人宋应星在《天工开物》“舟车”中记载当时造船“凡舟身将十丈者，立桅必两。”因此郑明认为“二千料海船”应为6桅木帆船。
疑问四：船队是怎样编队的？
郑和下西洋的舰船总数在48到208艘之间。郑和带领的如此庞大的船队在海上究竟如何编队航行的确是一个值得研究探讨的问题。
航行的安全距离取决于海船的航行速度，速度越快距离应该越大，速度越小则相反。就目前的航海技术来看，海上航行时船与船之间前后左右的距离一般大约应该保持在555米。如果按当时200艘左右的船队来计划，整个船队的编队应该在海面上占据10平方公里的面积。
由于保存下来的历史资料基本对此没有什么记载，所以给考证带来了很大的障碍。有专家推测，郑和下西洋的船队航行是鱼形编队，也有人推测说是燕形编队。但是到目前为止，这些推测都不是历史学家和航海学家得出的定论，还是一个有待考证的问题。
疑问五：庞大船队如何利用风力行进?
中国古代的木制帆船以风力为航行动力，风帆一侧固定于船桅之上，航行者通过调整风帆的角度，以获得最大的风力。古代帆船在中低纬度的海面上航行，季风的作用非常重要。航海者需要对风向的季节性变化规律非常熟悉，按照不同的季节，组织不同的航行，以最大限度地利用不同时间的盛行风，尽量达到顺风航行的目的。但是如何让如此庞大的船队都充分利用到季风，按船队的预定航线行进是很值得研究。
