抗日战争爆发后，卢作孚先生全力投身于反侵略战争的工作，提出“民生公司应该首先动员起来参加战争”。他改变了一向不肯做官的态度，临危受命，被国民政府任命为军事委员会第二部副部长兼农产、工矿、贸易调整委员会运输联合办事处主任。1938年初，他又出任国民政府交通部次长，在武汉，两个月内完成了所有兵工厂和钢铁厂的撤退运输。
1938年秋，武汉已沦陷，3万多人员和10万吨重要物资还滞留在宜昌。这是中国兵器工业、航空工业、钢铁工业以及其他战略配套工业的最后一部分物资精华。一旦被日军掠夺，后果不堪设想。
然而，此时通往后方重镇的交通要津川江又快到枯水期，卢作孚临危不乱，开创宜昌撤退著名的“三段航行”，他不停地打电话指挥抢运，冒着日军的炮火和飞机轰炸，将待运人员和重要物资在40天内全部运走。“这是中国实业史上的敦刻尔克，在中外战争史上，这样的撤退只此一例。”
最早将“宜昌大撤退”比作“敦刻尔克大撤退”的是中国平民教育家晏阳初。然而，敦刻尔克大撤退是依靠一个国家的力量，由一个军事部门指挥完成的。宜昌大撤退则完全依靠的是卢作孚和他的民生公司！
受到不公待遇
1953年3月15日，毛泽东说，我国实业界有四个人是不能忘记的，他们是“搞重工业的张之洞，搞化学工业的范旭东，搞交通运输的卢作孚和搞纺织工业的张謇”。
遗憾的是，在毛泽东说这话的一年前，即1952年2月8日，卢作孚已经自杀了。
解放后，相继而来的“镇压反革命”、“三反”、“五反”等运动，使得民生公司的部分董事、高中层管理人员受到冲击，再加上公司陷入财务困境，局面非常不稳定。卢作孚为此忧虑重重，深感难以撑持。
1952年2月5日，民生公司的川江主力船“民铎”轮在猪牙子航道发生事故触礁沉没。彻夜未眠的卢作孚2月6日凌晨亲赴丰都察看，处理善后。本来已处于极大的心力交瘁之中，但会上、会下关于“民铎”轮海损事故的“阶级敌人破坏”论，让卢作孚的沉重心情更添阴霾。
2月8日上午，民生公司召开“五反”动员大会，会场上有一幅白色的标语，上书“欢迎卢总经理老实交待！”会议主题是揭发资方腐蚀国家干部。
在会上，公股代表张祥麟首先做检查，内容是与卢作孚一道赴北京出差时，曾和卢作孚一起去吃饭、洗澡、看戏等。张祥麟检查后，卢作孚的通信员关怀便跳上台去，揭发张祥麟在北京时，接受卢作孚请吃饭、请看戏是受了“糖衣炮弹”的袭击，是受了“资本家”的拉拢腐蚀。
关怀表面上是揭发张祥麟，实际上矛头直指卢作孚。光明磊落、洁身自好的卢作孚，一向对旧社会奸商拉拢贿赂官员、贪污舞弊的行为深恶痛绝。此刻，他很难理解用私人工资收入招待同事这样的正常交往怎么就成了腐蚀干部？他身边的工作人员怎么会如此对待他？
对一个视人格尊严为生命的人而言，这样无端的侮蔑和侵犯是无论如何也难以接受的。当天晚上，卢作孚自杀，时年59岁。
