不久后就发生了曾德事件。曾德原先是郑彩部下的将领，郑芝龙降清后，曾德不大得志，在郑成功军中受施琅节制。施琅被削去兵权后，曾德为求出头之日，利用过去在郑氏家族军队中的关系投入郑成功营中，充当亲随，即所谓“恃郑氏亲昵，逃于郑所”。施琅听到消息后，大为愤慨，派人把曾德捉回斩首。郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，遂命逮捕施琅。施琅被捕后，在一些旧亲信部将的庇护下，竟然奇迹般地逃到大陆沦陷区，公开与满清接触。郑成功获悉后，怒不可遏，在七月间把施大宣、施显（施琅的父兄）处斩。施琅得知消息后，遂死心塌地投靠满清，一意同大明为敌。顺治十八年（1661年）十二月，郑成功率军攻克台湾，结束了荷兰统治者在台湾三十八年的统治，从此，郑氏政权以台湾为根据地，以金门、厦门为支点继续坚持着抗清斗争，1663年福建水师提督施琅筹快船一百六十艘，新募官兵三千人，日夜操练，准备进攻厦门。
这时，荷兰侵略者应清政府邀请，率领两千五百六十三名兵士，装备四百四十门大炮，驾驶十七艘巨舰，于七月底抵达福州港。荷兰从“择地长久贸易”出发，一则欲取台湾，二则以图通商，他们为了实现这一侵略目的，自愿力助清廷攻打金门、厦门二岛。然后进兵夺取台湾，要清廷将台湾岛以及该岛一切事务交给荷兰人。清军在荷兰船队的协助下，于十月向郑军发起大规模进攻。
十月十九日，荷兰夹板船领前，后面郑军投诚将领郑鸣骏、陈辉、杨富率领船队紧跟，提督马得功驾船守后。舟师出泉州港向金门进发。而漳州、海澄的水陆清军由总督李率泰、海澄公黄梧与水师提督施琅率领，进攻厦门。1664年7月7日，波特率领12艘船，第三次驶往中国。8月20日打败澎湖的郑成功军队，27日侵占台湾北部的鸡笼港。
让我们看看当时的荷兰侵略者的情况把，荷兰殖民者被郑成功驱逐出台湾后，念念不忘卷土重来，但由于力量孤单，又没有一个立足的基地，因此希望借助清廷的力量消灭郑氏，达到自己的目的。而清廷由于缺乏足以战胜郑氏的海军力量，需要借助荷兰人的大型夹板船。他们互相利用，签订军事协议，联合军事行动。
1662年6月，荷兰东印度公司首次派出由12艘夹板船，1284人组成的远征舰队，由海军提督巴尔塔沙·波特率领从巴达维亚出发。8月14 日，荷兰舰队驶抵闽江口五虎门。各船上均竖有大纛旗，上书“支援大清国”。靖闽王耿继茂与闽督李率泰对与荷军合作不敢擅自主张，上报清廷。1663年2月 2日清廷批示“彼红毛人来船出力剿贼，殊甚可嘉。可否助战，着该王、总督等核议具题。所带货物，着委员监督贸易。”1663年春，波特率舰队返回巴达维亚。
1663年7月1日，波特再次率领由16艘夹板船、2600人和价值1370荷盾的货物组成的舰队，从巴达维亚出发，8月29日抵达闽江口，受到清方热情款待。靖南王耿继茂和福建巡抚委托官员拨给房屋，以便荷兰人“卸存货物”，并邀请荷舰驶往泉州会齐。10月15日荷舰驶入泉州湾，耿继茂在泉州郊外帐篷中欢迎波特一行，清军出席的还有贲岱、金世德、马德功、郑鸣俊等。波特向耿继茂递交一封信，提出军事合作、自由贸易等11款，即通常所说的清荷联军协议的草本。耿继茂答应取下金门、厦门后，方可通市。清荷联合出兵灭郑协议
第八条：克服金，厦两岛后，荷人必要时，得在二者之间，择其一或其他地域，以驻舰队，以防海贼攻击。
第九条：克服金，厦两岛后，联军应驰往台湾，攻取此岛后，清军应将该岛以及一切城堡物件交与荷人，以供荷人居住。
所谓想分裂台湾的，不是郑家，倒是清廷，而且确实有所行动，荷兰人倒是想“收复”台湾，而且清朝倒是也也愿意配合，条件就是帮助消灭明郑，所以才有，1661、1663年，金，厦战争中的清荷联军的出现，如果一个真正想搞分裂，想独立的，看到这种优厚的条件会不欠吗，看过这个信函文献条约，就知道当年的“台独”是不存在的，倒是想卖台湾给荷兰人的史实倒是铁板钉钉的，如不信的话，可找八十年代拍摄的电视剧《郑成功》瞧上一瞧，那时候倒是真实的反映了清方与荷兰人勾结的史实。
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