陈祖东1935年毕业于清华大学，曾到美国、印度考察工程，抗战时期在贵州主持兵工厂，1949年时是上海龙华飞机场总工程师，1956年到清华大学水利系任教，三级教授。
陈祖东在1968年９月自杀前向他的家人谈过他的绝望心情。在1966年，他已经成了所谓“反动学术权威”，遭到红卫兵的“批判斗争”。1968年7月底，毛泽东派“工人解放军毛泽东思想宣传队”进驻清华大学，接着把“工宣队”派到全国的每一个学校。“工宣队”到学校后，进一步加大了迫害的力度。以前还可以认为迫害是红卫兵学生暂时的胡打乱闹，现在毛泽东派来了“工宣队”全面掌管学校，陈祖东意识到文革这一套已经成为不会改变的新制度了。
陈祖东去世前，已经有三个月没有领到工资。这是对他作为“牛鬼蛇神”和“审查对象”的惩罚。他反复被审讯、斥责，被强迫“交代”他的“历史问题”。1949 年国民党政府离开大陆的时候，他得到了离开上海的飞机票，没有使用，留在上海。但是他曾经集体填表参加过国民党，这在1968年的时候成为重要“罪恶”。
另外，给他很大压力还有，他不但被审讯追问他自己的“历史问题”，还被审讯追问别人的“历史问题”，他被强迫“揭发”他以前的同学同事在“解放前”即 1949年共产党执政前的“历史问题”。陈祖东告诉他的家人，要他冤枉自己，还可以；要他作证说别人做了什么什么，他不能那样做。
在1968 年开始的“清理阶级队伍运动”中，建立了大量的“专案组”，他们除了在本单位里面“深掘细挖”也就是通过审讯、“隔离审查”和“斗争会”等手段抓出所谓 “阶级敌人”，还大量到外地外单位找和“审查对象”有关系和人“调查”，有一个专门术语叫“外调”。“外调”人员拿着自己单位的“革命委员会”的介绍性，找到要找的那个人的单位的“革命委员会”，一起配合迫使那个人“揭发”和做“旁证”。陈祖东说的和“外调人员”打交道的情况，在当时是非常普遍和典型的。
文革之后，有的作者发表了文章和书，写他们在文革中的经历。笔者曾经注意到：有些人在文中提到他们在文革中向上报告了别人的事情，像别人和自己的私人谈话内容等等，给那个人带来了麻烦甚至灾难，但是平平静静地写过去，并不觉得自己做了不对的事情。他们似乎觉得，他们检举的事情，本身是真的，不是他们编造的，他们检举了并没有什么不对。
这在某种程度上是因为文革时代，在恐怖的压力下和邀功请赏的心理下，作伪证的人都比比皆是，而且大量作伪证的人在文革后既没有受惩罚也没有受到道德谴责。这种情况下，有些作者也就觉得只要说的是真的，就没有什么错，也就在他们的文章中把这些事情无所谓地提过。他们不觉得告密是不道德的，所以也就把他们告密的事情不经意地写了出来。在这方面，文革造成的中国人道德水准方面的堕落，真的需要认真的思考和清理。
在这种背景下，陈祖东所说的痛苦，给了笔者非常深的印象。显然，在他看来，告密违反了他的道德准则，所以他对于要“交代”“揭发”别人的“历史问题”感到痛苦。他是个有道德观念的人。对一个保持了道德观念的像他这样的人来说，“革命”不但在身体和物质方面残酷打击了他，而且在良心方面摧残他。
9月20日傍晚，陈祖东告诉妻子，学校里叫他去“交代问题”。这是以前有过的事情，他的妻子没有感觉特别。当时命令人去谈话，把人关起来不准回家，是经常发生的事情，人们必须承受甚至已经习惯了。陈祖东离开了家以后，一直没有回家。他的妻子开着灯等他，等了一夜。
第二天，学校的人来叫他的妻子去认尸体。家中别的三个孩子都在外地工作。他的妻子和一个女儿到了圆明园的一片树林里。陈祖东吊死在一棵树上。他们立刻认出他来。
陈祖东在外地的三个孩子都没有为他的死回家。当时还在北京的一个女儿不久后被分配到西北的农场。陈祖东的妻子原来是一个工厂的会计，那时已经病退。她去了在东北阿城的另一个女儿家。陈祖东就这样人亡家破。
陈祖东死亡后，清华大学的广播喇叭里有人发表讲话，说陈祖东“畏罪自杀”“自绝于党”“自绝于人民”“罪该万死”“变成了不齿于人类的狗屎堆”等等。这套残酷而恶毒的话并不是一个人的发明创造，当时那些受迫害而自尽的人们，都被这样声讨咒骂。
清华大学迫害知识分子的整套手段，被总结成文，作成中共中央文件，传达到全国，成为示范。无数人被这套“经验”害死。在清华大学，“工宣队”进校后整死了 24个人。这里只收集到10个受难者的名字。其中和陈祖东在同一个系的有李丕济教授。1968年11月29日，李丕济被关押在水利系的水力实验室中时，跳楼自杀。那是陈祖东死亡50天之后。李丕济比陈祖东年长一岁。
1978年，陈祖东得到“平反”。文革前，清华大学有108名教授，曾经被人开玩笑说好像《水浒传》里有“108将”。陈祖东就是这“108将”之一。陈祖东的家人听说，到1978年，这108人只死剩下40多人了。
