何香凝逝世的9年之后，宋庆龄病逝于北京。在逝世前半个月，她被授予了中华人民共和国国家名誉主席称号。有人猜测，她是否会与何香凝一样合葬中山陵？
出乎猜测者的预料，她的遗体火化的第二天，骨灰就用专机运往上海，安葬于万国公墓的宋氏墓园。
这么做完全是出于尊重她生前的嘱托、安排。
在她逝世前3个月，被她一直尊称为“李姐”、16岁就到了她身边帮助料理家务达53年之久的李燕娥因病逝世。宋庆龄嘱咐李的骨灰与她的骨灰要葬在一起。在她为此给私人秘书的书面指示中，“画了一个草图，标明李姐和她自己墓碑的位置应在她父母合葬墓的左右等距，都平放在地上”。
宋庆龄为什么没有提出与孙中山合葬或附葬于中山陵？廖承志在《我的吊唁》一文中解释说：
她一生地位崇高，但她从未想过身后作什么特殊安排。台湾有些人说，她可能埋葬在南京紫金山中山陵，她想也不曾想过这些。中山陵的建造构思，她不曾参与过半句，也不愿中山陵因为她而稍作增添，更不想现在为此花费国家、人民的钱财。
宋庆龄传记的作者伊斯雷尔·爱泼斯坦补充说：
她会认为，孙中山的历史业绩是他的功勋，她不应去分享。另外国民党中曾有人对她作为孙中山遗孀的地位妄加訾议(在1922年中山舰事件之前，虽然已结婚七八年，但国民党内仍有人故意称她为“宋小姐”，以示不承认她的“孙夫人”的身份。此后，这种无聊没有了，但所谓“名分”问题并没有一劳永逸地树静风息)，她气愤地说，“他们可以说我不是孙夫人，但没人能够否认我是父母亲的女儿。”这也许可以作为另一个原因。她父母的墓地在文化革命中曾遭破坏。是不是因此而使她觉得她必须永远陪伴在她父母身边？她一生为公，但在她看来，死是私人的事情。
爱泼斯坦的三条补充措辞相当谨慎，分别用了“她会认为”、“这也许可以”、“是不是因此而使她觉得”等推测、揣摩传主心态的说法。廖承志的解释，也没有引述宋庆龄的原话。
看来，个性娴静、内敛，思想却绝不封闭、肤浅的宋庆龄，给研究者们留下了一个不大不小的谜。
宋庆龄把她身后的安葬看成“私人的事情”，安排与她的父母及家人、与终身为她服务的“李姐”葬在一处，符合她的思想和性格的逻辑，是可以理解的。
不过从世俗的眼光看，将逝的生命渴望回归本原，渴望“落叶归根”，也是“圣人弗禁”的常理常情。北方有句俗话，女儿是母亲的“贴身小棉袄”。宋庆龄怀着某种歉疚之情依恋双亲，尤其是她的母亲。已年过八十时，她在一封私人信函中回忆自己22岁时在上海不辞而别(据爱泼斯坦考证，她只是“偷偷地溜出了屋子”，不存在“阳台加梯子”那种场面的浪漫故事)，投奔流亡日本的孙中山并举行婚礼：
我的父母看了我留下的告别信后，就乘下一班轮船赶到日本来，想劝我离开丈夫，跟他们回去。
我母亲哭着，正患肝病的父亲劝着……
尽管我非常可怜我的父母———我也伤心地哭了———我拒绝离开我的丈夫。
1931年7月23日，宋庆龄母亲病逝于青岛，流寓柏林的宋庆龄立即启程回国。在火车上，当她听一位亲戚讲述她母亲患病及去世的经过时，十分悲痛，“几乎哭泣了整整一夜”……
1949年，当“政治弥留”之际的国民党当权派出于一望即知的目的，竭力宣扬孙中山早已与之离婚的前夫人卢慕贞才是惟一的、真正的孙夫人时，传闻说宋庆龄表示：“他们可以说我不是孙夫人，但没有人能够否认我是父母亲的女儿。”爱泼斯坦分析说：“这可能是最早透露出她的一种想法，这种想法使她在病危时提出要同她父母葬在一处的要求。”
对宋庆龄刺激最深的还是“文革”破四旧时，上海的红卫兵“砸烂”了她双亲在万国公墓的墓地，“推倒石碑，把墓中骸骨挖掘出来，实行‘暴尸’”。宋庆龄传记述：“墓地遭破坏的照片从上海寄到北京时，宋庆龄身边的工作人员第一次看到她精神上支持不住而痛哭起来。廖梦醒把这些照片送给周恩来。周下令上海市有关部门立即将宋墓修复，并在竣工后拍了照片寄给宋庆龄。但并没有全部照原样修复。原来的墓碑上列着所有六个子女的名字，而新墓碑上只有宋庆龄一人。……‘文化大革命’告终之后，又重新换了墓碑，完全复原。”
1979年2月，她在写给一位美国人的信中对现实社会的一些制度性弊端直言不讳：
除非我们改善目前的干部委派制度和教育制度，我敢肯定，我们为现代化所作的努力将告失败！
任何集体的利益都必须允许有个人的自由和选择。
也许濒危之际的宋庆龄感慨于自己的爱侣和导师的身后命运，以归葬家族墓园的至嘱，含蓄又确定无疑地表示了自己对习于造神和迷信盲从的民族性痼疾的决绝乃至警示？
