大量的神话和传奇故事是许多关于忍者的，他们出现于日本战国时代，经常为大名，或是封建贵族执行秘密任务。而直到德川幕府将其纳入正式编制后，进入了最兴盛的年代。
许多人误以为忍者在执行任务的时候是穿黑衣的，但实际上忍者通常都穿深蓝或深紫色的衣服。因为在黑夜里，纯黑色的衣服事实上十分显眼，相比之下，接近夜空颜色的深蓝色和深紫色着装能让忍者比较不容易被别人发现。
按照阶级，忍者又分上、中、下。上忍，又称“智囊忍”，专司策略布局的统领工作。中忍，是实际对战的灵魂头目，忍术也有一定的水准。下忍，也称“体忍”，是最前方与敌军交手的实际接触人员。
忍术流派以伊贺（三重县西北部）、甲贺（滋贺县南部）两地为本，其它的有青森中川流、山形羽黑流、新潟上杉流、加治流、长野甲阳流、芥川流等。
忍术分为阴忍和阳忍：“阴忍”强调隐身潜入敌人内部进行刺探或破坏活动，“阳忍”强调在大庭广众之下运用智谋取胜。
忍者的特殊能力也常常被夸张，如隐形、变成动物、高楼越下、飞行能力和预见将来。大部分夸张之说来自于忍者自己，还有一些来自于作家和电影业。（事实上: 这些神话来自于人们目睹了忍者的技艺表演后，他们所见的忍者是那些常常在不同城镇靠卖艺为生的。）
在西方流行文化中，忍者仅仅被描述为精湛的武术家，运用各种各样奇异武器和技巧来完成他们的任务。他们身穿传说中的装束－－黑色衣服，包头只露双眼。这些所有描述经常构成西方小说情节，常常让忍者作为虚构情节中的公敌（任务多在亚太地区）、超级英雄或超级坏蛋。
忍者使用几种特殊武器对抗敌人，最出名的应该是手里剑和索连棍。聪明地利用使武器也成为一种工具，例如用剑鞘的绳索在树杈间形成吊床。
忍者流派
* 伊贺
* 甲贺
* 黑胫巾
* 风魔
* 出拔，透波
* 轩猿
* 根来
* 御庭番
* 户隐
组织
战国时代·安土桃山时代
* 上忍
* 中忍
* 下忍
江户时代
* 广敷伊贺者
* 明屋敷番伊贺者
* 西山丸伊贺者
* 小普请方伊贺者
* 火枪百人组
o 伊贺组与力
o 伊贺组同心
o 甲贺组与力
o 甲贺组同心
* 目付配下
o 徒目付
o 小人目付
* 将军直属
o 御庭番
女忍者
女忍者的日文“くノ一”（Kunoichi）为忍者的暗语意指女性。由女性去使用的忍术则被称为くのいちの术。不过在小说和漫画中则成为了女性忍者的统称。在文化上亦较为普及。
一般的印象
女忍者主要是在一面倒的战况之下，成为帮助改变战况的特务人物。多数被伪装成为女仆和或妾侍献给目标人物，使女忍者能够刺探对方的机密情报甚至是暗杀该要员。因此全身黑色打扮像男忍者一样进行任务的，实际上和现实的形象相距甚远。
但是为了以防对手突然认真起来或是女忍者会作出背叛行为，所以常有负责联络及监视的忍者共同行动并作出监视。在感到有任何背叛的可能时就马上杀死女忍者。例子有安土桃山时代的武将、德川家康向政敌石田三成送出的初芽局。
语源
现在日本一般接受写成“くノ一”是把女字分解为三划后变成同写成的日文字“く”和“ノ”和“一”，留意第一字为平假名，第二字为片假名，第三字为汉字。
语源的其他假说
1. “くのいち”正写其实为“九ノ一”(九之一)。人体有眼(2)、鼻(2)、口、耳(2)、肚脐、肛门等九个穴口。女性则多了阴道一个、因此被称为九之一。不过此说法亦受到极多的攻击，提出的反论为人体穴口还有尿道，肚脐并非一穴等等。
2. “くノ一”为女字分解是现在的俗称，以往共无此称呼。
3. 亦有一说“くノ一”本身其实出自忍者小说家山田风太郎之手，并无此暗号存在。
历史上的女忍者
史实上的名女忍者有侍奉武田信玄的步き巫女。步き巫女是在各地巡回演舞，不时献身与男性的流浪游女（妓女）。战国时代 (日本)因为大量的孤儿，被舍弃的小孩，失踪儿童等大量出现。在中间选择出来身心都优秀的美少女就成为了步き巫女，秘密地放置在各地成为女忍者。信玄把养成女忍者的使命交给信州北佐久郡望月城主年轻的未亡人望月千代女。实际上千代女是甲贺流忍术的有名家族、望月家的后代、而信玄的侄儿是入赘到望月家的。信玄给予她“甲斐信浓二国巫女头领”的职位、于信州小县郡祢津村的古御馆开设“甲斐信浓巫女道”的修练道场、有超过200～300人的少女们在那里学习咒术、祈祷以及忍术、护身术、以及当对手为男性时，能引诱对手的性交技术。步き巫女并无国境限制、全国任何地方都能自由来去、关东至畿内来回唱歌和跳舞亦不时卖春来收集各式各样的情报然后由联络人(ツナギ)向信玄逐一报告。另一方面、信玄为怕家臣谋反、所以他自宅禁止僧侣、巫女借宿。
老外拍的视频：忍者屋的秘密
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