部分养生专家担心牛奶可能造成过敏，其中有荷尔蒙、来自饲料添加的抗生素及杀虫剂残留。这些担忧并非完全没有道理，但喝了牛奶拉肚子，其实可以克服；而奶品制程受到食品卫生单位检测和控管，消费者应可安心食用。
喝牛奶后拉肚子，最常见的原因是"乳糖不耐症"。牛奶中含大量乳糖，需要肠道中的乳糖（消化酵素）才能消化吸收。两岁以下婴幼儿肠道中的乳糖非常丰富，但随着年龄的增长而渐减，虽然不会完全消失，却会使老人家喝牛奶后出现不适。
另外，有些人因疾病因素长期禁食或肠胃道发炎，使乳糖含量不足或缺乏，这样也会造成续发性的乳糖不耐症。
乳糖不耐症就是在喝牛奶（或大量的牛奶）之后，出现腹胀、腹痛、拉肚子的现象。建议有乳糖不耐症的人可以改喝优酪乳或乳酸饮料，这些饮料少了乳糖，但是蛋白质和乳钙质依然丰富，而且其中的乳酸菌能抑制肠内害菌的生长，可进一步改善拉肚子的问题。
另外，除了先天遗传造成乳糖完全缺乏，乳糖其实可以慢慢培养，先喝少量稀释过的牛奶，待耐受度增加，再渐进增加牛奶浓度，不必终其一生拒绝牛奶。
另一种对牛奶的不适应是对其蛋白质过敏，较常发生在喝婴儿配方奶粉的小病人。牛奶蛋白质分子较大、不易被消化，当分解不完全的大分子穿过肠壁被吸收后，就变成会引起过敏反应的过敏原了。
过敏症状会因蛋白质不同而有所差异，以胃肠不适的表现最多，例如腹胀、腹泻、呕吐、粪便中带血。有些则是因过敏原随着血流运送到全身器官，产生不同器官的过敏症状，例如皮肤痒、呼吸困难等。
一般成熟而健康的肠道肠壁有足够屏障，如消化液的分解力、完整的黏膜及黏液层保护、肠道分泌的免疫球蛋白，都可抵挡蛋白质的入侵。但有些婴儿胃肠道发育尚未成熟，消化液分泌不足、肠壁穿透性也较高，一接触牛奶蛋白就容易过敏，所以母奶是新生儿最好的食物。母奶蛋白质分子小，即使消化系统尚在发育、仍未成熟的新生儿，都很容易消化。
有过敏体质的宝宝，也可能会对其他食物过敏，例如蛋、黄豆、花生、鱼、小麦、海鲜等，因此婴儿在添加副食品时，要注意单样渐进。一次一种食物，观察婴儿有无不适，找出会引起过敏反应的食物，往后避免接触，以维护宝宝的成长与健康。牛奶过敏多在一岁以后改善，大约三岁以后，肠胃道成熟健全了，对牛奶过敏就会自然减少。
根据南美洲国家一项学童饮用牛奶的实验，喝牛奶的儿童学龄期身高平均一年增加3.7公分，体重增加2.3公斤；相对于不喝牛奶的儿童，身高只增加2.8公分，体重增加1.5公斤，适量的牛奶对成长有显著的帮助。牛奶，营养的咧！
