一般而言，大规模天灾发生后第10天左右到第30天是爆发疫情的高风险期，因此灾区防疫工作刻不容缓。这次重灾区范围超过10万平方公里，直接受灾人数就达1000万人，震倒了400多万户房屋，有20多个县市缺乏用水，成千上万的人挤在收容所、或露宿户外。世卫官员表示，目前主要威胁并不是罹难者屍体腐烂，而是遭到汙染的水源以及临时收容所的拥挤状况。大批屍体急需处理
四川震灾3万多死难者屍体，已处理了一万多具，这两天又陆续挖出数千具屍体，火化设备穷於应付，不少屍体须採取群葬方式掩埋，但因人手有限，许多屍体仍无法及时处理。
世卫官员指出，透过不洁用水传染的疾病才是卫生官员最担心的问题，在卫生条件低落的环境中，极易传染霍乱。而灾区从烹煮食物的炉子到厕所都非常缺乏，当务之急是提供足够的饮水、食物和居处。
千万牲畜死亡 影响水和食物
中国农业部官指出，罹难者遗体通常埋得较深，1200多万牲畜的屍体则可能汙染水和食物供应，引发疫情的危机更大。
俄国防疫专家奥尼成科则提醒说，地震灾后容易出现鼠疫，许多灾民暴露在大自然中，增加了受鼠疫威胁的危险。1994年印度发生强烈地震，震区老鼠迁移导致不少人感染鼠疫，俄罗斯甚至因此切断了和印度的空中交通。
据灾区气象预报显示，未来两天，灾区大部分天气晴朗，虽然有利救援工作，对於未及时处理的屍体、生活垃圾等将带来更多问题。可能爆发处疫情的包括禽流感、脑炎、狂犬病，伤者也可能出现炭俎和破伤风。
虽然迄今已空投数百万瓶装水到重灾区，但根本不够，灾区极需净水设备。据报导，第一批八部净水设备已运到成都，每部可供应一万人所需用水。
灾区急缺杀毒药剂
中国卫生部派遣3万4000名医疗和疾病管制人员在重灾区工作，农业部向灾区调拨1000吨消毒剂、50吨杀虫灭鼠剂。但以北川县来说，20个乡镇十之八九都还没有打通救灾道路，无法进行防疫消毒。整个北川的防疫需要消毒杀菌剂约100吨，现在只有5吨，另外还需要10吨以上杀虫剂，现在也只有几百公斤，缺口非常大。
青川县 腹泻病患暴增
【编译朱小明/综合报导】
四川大地震重灾区青川县出现腹泻的灾民越来越多，显示防疫工作迫在眉睫。当地救灾指挥部表示，青川灾区防疫工作已进入关键时刻。
青川灾区最近几天气温上升，细菌容易滋生。青川县木鱼镇、板桥乡等多个乡镇出现腹泻病人增多的现象，青川救灾指挥部已派出430人的专业防疫队伍，在全县各个乡镇、村开展防疫工作。
