尽管他手里拿着一大摞由挨整者交上来的检查书，但他心里并不实，总担心日后这些人会翻供，还担心日后其他人会为这些人翻案。也正因此，毛泽东一向对"翻案"的事十分敏感，疑神疑鬼，常常为此勃然大怒，兴师动众地去反击所谓"翻案风",并再迫使那些"翻案者"做出检查，以记录在案。
四十年代，毛泽东发动"延安整风"运动，整了许许多多人，既整了许多像王明、博古这类来自莫斯科的教条主义者，也整了许多像周恩来、陈毅这类元老。毛泽东将这些人整得灰头土脸，无人敢亲近，用陈毅的话说，"鬼都不上门" ，最后不得不做出"深刻检查"：向毛泽东承认自己曾有错，有大错，大错在反对过毛、嘲讽过毛，至少是冷落过毛；并向毛泽东表示自己将洗心革面，将恭恭敬敬地俯首于毛，老老实实地听命于毛。
不过，毛泽东心里很清楚此番整风整得过火过重，整得许多做检查者积怨甚多，口服而心不服。他的这种戒意是十分持久且十分敏感的，以至历经二十余年也能一触即发。
1967年2月16日，陈毅等人在中南海怀仁堂与中央文革小组成员发生了激烈冲突。陈毅在冲突中并在气头上，提起了"延安整风"的旧事，流露出心底深藏的积怨。
陈毅抱怨毛泽东在此整风运动中重用一些"最起劲"地拥护自己的人，如刘少奇、邓小平、彭真、薄一波、刘澜涛、安子文等人；可这些人到头来又成了反对毛泽东的人，并因此而成为"文革"一开始就被打倒的人。陈毅还抱怨自己和总理都在此整风运动中挨了整。
显然，陈毅的这一抱怨，既有对"延安整风"运动的憎恶之情，也有对这场运动主持者的讥讽之意。
据当事人王力回忆，怀仁堂会议结束后，他与张春桥、姚文元迅速整理出一份会议纪要，当晚赴毛泽东处汇报。"我注意到汇报前面其他情况时，主席光笑，当讲到陈老总发言的时候，主席变了脸，不再笑了。主席开始是当笑话听的，听到这里，板起面孔，从此以后再也没有笑。主席以后讲的问题，话都比较厉害。"
2月18日，毛泽东召集周恩来等人开会，怒斥陈毅等人对中央文革小组的发难，并回应陈毅个人对"延安整风"的抱怨，"你陈毅要翻延安整风的案，全党不答应！"于是，中央政治局奉命整肃陈毅等人，并迫使他们低头认错，再做检查。
五十年代，毛泽东发动"反右倾运动"，也整了许许多多的人，先是在庐山上整出了一个以彭德怀为首领的"军事俱乐部"，继又在庐山下整出了数百万遍及全国各行各业的"右倾机会主义分子"，整得这些人都做了"深刻"检查，痛说自己是极其错误的而毛主席是极其正确的。
可是，"大跃进"最终导致巨大灾难的铁定事实，证明了挨整者是正确的而整人者是错误的，是有罪的；证明了此时的真理与此时的权力是分离的，准确地说是权力践踏了真理。
于是，毛泽东不得不做出某种让步，某种很有限度的让步：一方面表示，"反右倾"反得有些过火，把许多"好人、讲老实话的人整成了‘右倾机会主义分子'，甚至整成了‘反革命分子'"，因此，"凡是冤枉的人都要平反"；另一方面又坚持认为，整彭德怀整得完全正确。刘少奇在"七千人大会"上宣布："所有人都可以平反，唯彭德怀同志不能平反。"毛泽东则在一旁插话："只要不是里通外国。"
毛泽东所做出的这一有限度的让步迅即获得强烈反弹: 在下面的"右倾机会主义分子"一下子被甄别平反了数百万人，从而凸显了整个"反右倾"运动的荒诞。在上面的"右倾机会主义首领"彭德怀再度上书，洋洋八万言以作抗辩：一是你们强加于我的"右倾机会主义"罪名，已被"大跃进" 惨遭失败的事实所否定；二是你们强加于我的"里通外国"等罪名，没有根据，纯属捏造。
面对这一局面，毛泽东坐不住了，起而批判所谓"翻案风"：
其一，指责甄别平反工作搞过了头，把许多不该平反的人给平反了，"近来平反之风，不对。真正错了再平反。搞对了不能平反，真错了的平反，全错全平，部分错了部分平反，没有错的不平反，不能一律都平反。"
其二，指责彭德怀搞翻案，并为此而加大对彭德怀的整治力度：一是加重反党罪名，将"庐山会议"上还没有完全定下来的有关彭德怀的两大罪名──"里通外国" 罪名和组织"秘密反党小集团"罪名──正式公诸党内；二是剥夺政治待遇，不准彭德怀出席中央会议和登上天安门，不向彭德怀发送中央文件，不让彭德怀自由外出活动；三是成立专门机构，全面审查彭德怀的历史，以搜集乃至炮制各种能证明彭德怀一向反党、反毛主席的罪证。
此后，毛泽东就一直对彭德怀案保持高度戒心，一直将此案视作政治禁忌，不容任何人对它有任何质疑。他的这种戒心，有时戒到了疑神疑鬼的地步，如疑心新编历史剧《海瑞罢官》是存心要给彭德怀翻案："要害问题是罢官，嘉靖皇帝罢了海瑞的官，1959年我们罢了彭德怀的官。彭德怀也是‘海瑞'"。 他也正是借批判此剧而揭开了"文化大革命"的序幕。
六十年代，毛泽东又发动"文化大革命"，整了更多的人。绝大多数中共高干都受到程度不一的冲击，或被贴大字报，被指责为"走资派"，遭口诛笔伐；或被拉出批斗，被戴高帽子、挂黑牌子、游街、罚跪，既遭口诛笔伐，又遭拳打脚踢在这些受冲击的中共高干中，有一部分人在经历了一轮轮批判并做出了一遍遍检查后，终于获得"解放"，重新当官。
对于这些重新复出的老干部，毛泽东是心存矛盾的：既很想用这些富有政府管理经验的人来帮他治理这个乱糟糟的国家，以结束"天下大乱"的局面；又很顾忌这些吃够文化大革命苦头的人心存怨恨，而有可能在官复原职后否定"文化大革命"。他的这一矛盾心态，突出地表现在他对邓小平的重新起用以及再次废黜上。
1971年9月，林彪出逃身亡。1972年5月，周恩来被查出患有"膀胱移行上皮细胞癌"。鉴于中枢空虚，毛泽东有意重新起用已被打倒多年并已做过多次检查的邓小平。
不过，毛泽东深知邓小平不仅是能担当大任的人，而且是一个很识时务而能伸能屈的人，一个须低头时就低头、能出手时就出手的人，一个颇得他老毛真传的人。因此， 他又担心邓小平既能在台下认错，也能在台上翻案，翻他本人被打倒的案，翻整个"文化大革命"的案。
邓小平深知毛泽东此时既想扶他上台，又担心他一旦上台就会翻案。于是，他写信向毛申明：自己此前挨整乃至被打倒是咎由自取的，一点儿也不冤枉；因为，自己的的确确犯了严重错误，犯了追随刘少奇对抗毛主席这一不可饶恕的严重错误，因此，自己若是能重新上台，就只能努力工作以将功补过，而不会搞翻案活动。
邓小平还深知毛泽东深知他邓小平是一个能起能落能又起的人，是一个还有可能变来变去的人；于是，他又在信中向毛泽东申明：自己不仅现在不搞翻案活动，而且永远不搞翻案活动。 毛泽东在得到邓小平所做出的这个"永不翻案"的重诺后，便把他从流放地江西召回北京委以重任。
邓小平所做出的这一"绝对"的承诺，并未赢得毛泽东所给与的那一"绝对"的信任。毛泽东对邓小平仍心存疑虑，并采取了一些防范性措施。例如，在邓小平获准复出时，毛泽东便把邓小平写给他个人的那封信，作为中央文件广为传达。他这样做是要让天下人都能知道，邓小平是在既辱自己又发大誓的情况下出来工作的，进而让天下人最终都能看到，邓小平究竟是一个信守承诺的人，还是一个出尔反尔的人，并藉此而让他有所忌惮，不敢轻易搞翻案活动。
又如，在邓小平复出一段时间并露出一些对"文革"不满的迹象后，也是在毛泽东将要离开人世前，毛泽东有意让邓小平主持做出一个决议，对"文化大革命"做以总评:"三七开，七分成绩，三分错误"。显然，他这是对邓小平不放心，要邓小平再做一个最终表态，一个最终誓言不翻"文化大革命"案的表态。
然而，这一次邓小平没有低头就范，没有在毛泽东希望他做出的最后誓词上具结画押。邓小平推说自己在九年（1966─1975）"文化大革命"中，有六年（1966─1972）被打倒，脱离了这场运动，成了一个"桃花源中人，不知有汉，何论魏晋"，因此，不适宜由自己来主持做这个决议。邓小平此时已经知道毛泽东活不了多久了，准确地说活不过来年了,因而在考虑自己进退时，就要从长计议了。
据毛泽东保健医生李志绥记述，1974年7月，经国内几位顶级神经内科专家会诊，毛泽东被确诊患上了运动神经元症（motor neuron disease ），或称肌肉萎缩症（amyotrophic lateral sclerosis），预计只能活上两年，即只能活到1976年。这一诊断结论随即被汇报到中共高层。周恩来在听了汇报后说："这就是绝症了。"
显然，作为中共高层人士且又作为周恩来重要盟友的邓小平，不可能不知道毛泽东的这一病情。因此，他这时若要决定做出某一重大举措，就不仅要考虑这一举措在毛泽东活着时会有什么意义，而且要考虑这一举措在毛泽东去世后又会有什么意义。
两相比较，他自是要看重后一层考虑。因为，他知道自己若不出意外，就会比毛泽东活得长久些，并会在毛泽东去世后大有作为；他还知道除了毛泽东以外，在这党内就再也没有什么人能够压得住自己了。因此，他不会不明白自己此时所作所为，就不能只是对行将就木的毛泽东负责，还应对毛泽东死后的自己负责。
于是，他就抱着这样的态度：老人家，您爱怎么着就怎么着吧；我此次不会再替您老去趟那一滩政治污水，不会再替您老去背那只"文革"黑锅 。
鉴于邓小平拒绝再次低头就范，毛泽东对于他的态度便由猜忌上升为恼怒：你不再次向我低头，我就再次将你打倒。于是发起了一场声势浩大的"反击右倾翻案风运动"，深揭狠批这个"死不悔改的走资派"。 1976年4月7日，毛泽东责成中共中央政治局做出决议："撤销邓小平党内外一切职务"，"保留党籍，以观后效"。
邓小平随即于4月8日上书毛泽东，对上述决定表示"完全拥护"，对主席能允许他继续留在党内，"表示衷心的感谢"。毛泽东死后不到两年，邓小平就再次东山再起。
