大陆海峡两岸关系协会昨天（27日）发函海峡交流基金会，为毒奶品事件道歉，台湾总统马英九今天（28日）肯定海协会的道歉，「不过确实是晚了一点」，函中提及要惩罚黑心厂商，但这还不够，应要让台湾老百姓能求偿，且必须安排一个有效率、能解决问题的方法，海基会也成立相关组织承办这些业务。
马总统下午在总统府接见七大工商团体理事长时表示，两岸保持和平对台湾最有利，但不是靠一些不必要的冲突创造悲情，而是用和平方式解决两岸争端。道歉是好的、要肯定，不过确实晚了一点，如果能一开始道歉，相信台湾老百姓感受会完全不一样。同时，总统表示，不是这件事完了就结束，还需要设立一个常设性联络、通报、协调、解决问题机制，也不只限于毒奶事件，包括投资保障等，台商在大陆上遭遇问题哭诉无门，确实很值得政府忧心，所以两岸间还有很长的路要走，政府会步步为营，不会躁进。
行政院长刘兆玄认为，这个道歉虽然来得有点晚，但终究是迟来的正义，也是善意的表示，应该会有助于两岸关系的发展，他个人也认为陈云林来台时应该也会有所表示。国民党立委蒋孝严则认为这是明显的善意，有助于江陈会的协商，但如果有口头公开的道歉，应该会更能展现诚意。
民进党主席蔡英文则表示，这是为道歉而道歉，看不出真心诚意，尤其是，中国究竟错在哪里，他们自己恐怕都不知道。中国出口货品食品安全管制发生这么大的问题，造成消费者及业者巨大损失，中国政府应该出面道歉，并提出具体的赔偿方案。
民进党立委蔡煌琅认为，海协会的道歉声明是心不甘情不愿，是为了敷衍民怨愤怒，因此道歉不够，陈云林应该在来台前发表公开道歉，承诺赔偿才够诚意。蔡煌琅更扬言，陈云林如果不道歉，就会发动「如影随形」的抗议，如果他发表伤害台湾主权的言论，民进党就会发动不是七千人可以阻挡的抗议。
民进党立委赖清德也指出，民众不会接受此道歉，理论上应该由中国政府领导人温家宝或是胡锦涛公开向台湾人民道歉；民进党籍立委叶宜津认为，这个道歉只是口惠，况且争议最大的都庆公司，目前也还没承认错误，台湾因毒奶粉事件损失超过新台币四十亿元，中国除了道歉还要赔偿，而且是由国家出面赔偿。
