微波炉加热食物虽然快速、省时，但还是有很多器皿不适合微波，消基会秘书长、台师大化学系教授吴家诚指出，部分纸制便当盒、牛奶盒为避免纸质遇水软化，内层都涂有工业蜡、蜜蜡制成的防水胶膜，若材质较差，一旦加热可能溶出长链碳氢化合物，“不仅具毒性，身体也无法分解，建议装在玻璃或瓷器中再加热。”
台北市卫生局和消基会都建议，“玻璃、瓷器材质较适合微波。”塑胶餐盒常被用来作为微波食器，卫生局建议，消费者应尽量选择素面的餐具，避免选用鲜艳颜色的餐具，以免加热熔出有毒物质。
消基会过去检测，在有色盒盖上验出超过一百ppm的重金属“镉”。吴家诚指出，镉会累积在肝肾、血管壁与骨骼，长期食入低量的镉会造成肾衰竭、及全身酸痛的“痛痛病”。“即使是标示可耐高温的塑胶容器，也不代表不会溶出有毒物，民众最好选购透明或碳黑色塑胶容器，相对安全。”
吴家诚表示，只要塑胶产品不是透明原色，像办桌常见的红色免洗碗，基本上都具有毒性，只是毒性多寡之别。消基会也建议，微波食物时应避免使用保鲜膜，若真的要用，也需与食物相距二点五公分以上。
依环保署规定，塑胶容器在后方三角型标示上会有一到七类塑胶标示以利回收。吴家诚表示，塑胶第三类“ＰＶＣ氯乙烯”与第七类“ＰＣ聚碳酸酯”，因含有“双酚A”，毒性最强，都不适合用来微波。这类材质最好拿来盛装蔬菜或冷食。
多数的超商便当除外层收缩膜外，尚有上下两层塑胶包装，甚至在内部放有塑胶片。消基会过去调查发现，部分超商便当的塑胶包装甚至多达四层，吴家诚说，只要便当所使用的塑胶容器在加热后变形，就表示塑胶已释出有毒物质，建议不要食用。
金属容器、保丽龙、镶金边的瓷碗都不可当成微波容器，吴家诚说，金属容器在微波加热时，金属中的电子会跑到表面，可能产生火花，易使微波炉坏掉。
经济部标准检验局已修订公告“塑胶制餐具”国家标准，特别要求商品应该标示耐温范围，以及是否可用于微波炉、可否微波加热等注意事项。至于可反覆使用的塑胶餐盒，需区分“耐煮沸性”与“耐微波性”。
