1689到1690年写成的两篇《政府论》是洛克最重要的政治论文。第一篇是对罗伯特•费尔默爵士的《先祖论即论国王之自然权》的反驳。洛克极力并有效地驳斥了费尔默的君权神授的主张。在第二篇中洛克主张统治者的权力应来自于被统治者的同意，建立国家的唯一目的，乃是为了保障社会的安全以及人民的自然权利。当政府的所作所为与这一目的相违背的时候，人民就有权利采取行动甚至以暴力的方式将权力收回。洛克也支持社会契约论。不过他也强调社会契约论是可以废除的。他也认为每一个人都是平等的，在一个人没有损害另一人利益的情况下可以自行其事。他也提倡个人财产的合理性，认为个人有权拥有通过劳动所获得的合法财产。洛克提出的人所拥有的"自然权利"，就包括了生存的权利，享有自由的权利以及财产权。洛克还第一个倡导了权力的分配，他把政治权力分为立法权、行政权和外交权三种，认为行立法机关应当高于行政机关，防止专政。这方面的理论由后来的法国哲学家孟德斯鸠继续发展，并对美国的三权分立制政体产生了一定的影响。
洛克的政治思想对后来的政治发展起到了极大的作用。洛克的自由主义被美国奉为神圣，成为民族理想。他的思想深深影响了托马斯•杰弗逊等美国政治家，并且在美洲引发了一场轰轰烈烈的革命浪潮。洛克的影响在法国则更为激烈。伏尔泰是第一个将洛克等人的思想传到法国去的人，法国后来的启蒙运动乃至法国大革命都与洛克的思想不无关系。洛克第一次系统地提出"天赋人权"学说，他把在英国革命终提出的各种基本要求概括为自由权,生命权和财产权,并把它们说成是天赋人权。洛克于1704年10月28日病逝。他为自己撰写的墓志铭是：
"约翰•洛克躺在这附近。你若要问他是怎样的一个人，他回答：他是一位满足于小康命运之人。被培养成一位学者，他的学问只服从于真理，对此，你可从他的著作中得知。他的著作还会向你展示关于他的其他事情，较之于墓志铭名不副实的赞词，他的著作更加真实。他的美德，如果有的话，微不足道，不值得他一提，更不足以让你仿效。让他的恶行随他一同被埋葬吧！有关良善的一生，要是你向往的话，在福音书中有一个范例；有关恶行，但愿你在哪里也找不到；有关人终有一死，在这里和任何别处你都能得到，但愿你能从中学到什么。他生于1632年8月29日，死于1704年10月28日。这块自身将速朽的碑是一个记录。"
这篇朴实无华的简短碑文展现出洛克的谦卑美德、理性精神和道德意识。在平淡无奇的碑文中，洛克没有用一个字来为自己表功，实际上，他功勋盖世。和伟大的哲学家柏拉图一样，洛克终身未婚，没有留下肉体的后代。不过，也和柏拉图一样，他给人类留下了宝贵的精神遗产：他对人类认识的系统研究具有重大意义，开启了英国经验论哲学之先河，他尊敬的哲学家笛卡尔开启了大陆唯理论，经验论和唯理论都承续着古希腊的学术传统，尊崇理性，一个侧重理性与经验的结合，一个侧重理性本身，分别延续着中世纪的唯名论和实在论哲学的倾向，共同形成了欧洲近代主流哲学传统；在政治哲学上，洛克更是意义非凡影响深远。他深入思考、系统总结的政治理论，使得人类能够建立起一种前所未有的保障个体自由和平等权利的社会制度，使得亿万人能享受人权，能自由而有尊严的追求自己的人生幸福。为了每一个人类个体能有追求幸福生活的权利，为了人类整体能够和平共处，洛克运用了他的理性和良知，发挥了他的聪明才智，在政治哲学领域做出了巨大的贡献。没有个人，哪来的"人类"？洛克关注的是个体，他要使每个人类个体生命活得有自由、有尊严、有安全感。正是因为尊重这个凡人皆知的常识，洛克才提出了私有财产权是自由权的必不可少的内容；洛克思考出一种理论，设计出一种制度，使得人人都能贵生、尊生、安生、乐生；谦卑、理性、仁爱的洛克和他的宝贵思想遗产当永垂不朽。在洛克的墓前，人们当致以崇高的敬意。
