北京清华大学法学院副教授程洁最近在香港的期刊中发表文章表示，在治理香港上，北京当局已经改变「河水不犯井水」的态度，更为注重「一国两制」政策中的「一国」原则。有教会人士向本台反映北京当局对香港的控制延伸到宗教层面，曾在祷告会中提"平反六四"的牧师遭打压，一些与大陆关系良好的牧师不断在祷告会中强调中国的快速发展及"和谐"气氛。自由亚洲电台驻香港特约记者心语报导
香港回归以来，香港各界乃至国际社会都忧虑北京当局无法遵守五十年不变的承诺，对香港控制将越来越严。继中联办研究部部长曹二宝在中共党内刊物发表文章，表示香港存在两支管治队伍，一是特区政府，另一是北京当局驻港部门机构后，北京清华大学法学院副教授程洁最近发表文章表示，在治理香港上，北京当局已经改变「河水不犯井水」的态度，更为注重「一国两制」政策中的「一国」原则。
曾经参与大陆全国人大常委会制定香港基本法工作的程洁在最新一期英文季刊Hong Kong Journal，主题为「中国是否对香港政治失去耐性」的讨论中发表题为"The story of a new policy"文章表示，由于香港政治环境自2003年以后出现的变化，北京已经制定出新的香港政策；这个新的政策有别于以往「河水不犯井水」原则，北京当局变得更积极参与香港的政治发展。此文章发表后，引起香港各政党忧虑。香港民主党总干事陈家伟星期一向本台表示："基本上北京当局是想慢慢告诉香港人，中央是有这个权的。香港人不断地看到这个讯息，他们慢慢地接受。"陈家伟表示，他们已就此问题去信给中联办，但对方始终没有答复。
香港公民党九龙东主席余冠威也认为："早前关于国家领导人说三权要合作的言论对我们来说是一个比较危险的言论。因为我们香港一直走的是三权分立的路，所以他说要三权合作的话，我们都非常担心。香港最可贵的地方就是法制，还有就是司法独立，尤其在两岸三地来讲都是比较好的，如果中央政府真要破坏这个基础的话，在两岸三地很难再找到这样一个优良的传统。"
香港苹果日报上星期的一篇社评曾表示，从签署中英联合声明到制订基本法，整个过程主要是为了确保香港的独特社会制度得到保持，绝大部份条文都是为了保障河水不会侵犯井水。一旦北京当局及它的驻港官员强势介入香港事务，他们的强大政治影响力很容易把大陆的做法、大陆的制度搬到香港来，让香港的制度褪色，令香港变得更像另一个中国城市，失去其独特性。
身为基督徒的香港前途关心小组召集人林子健告诉本台记者，外界通常只将注意力集中于政治及新闻自由方面上，然北京当局对香港事务的干预已延伸到宗教范围，他表示："其实有些牧师也是政协会员，他们的教会本来小小的，也不知道哪里来的资金投资到他们教会里搞得很大。然后03年七一以后，他们开始动员比较有名的教会牧师搞一些所谓大型的祷告会。有一个牧师我比较熟的，他曾经在祷告会里提到为平反六四祷告，从那以后就再没有人邀请他到教会的祷告会去祷告。"
林子健说，近来许多牧师都在祷告会中强调中国发展以及其社会的 "和谐"气氛。
