据《南方都市报》的报道，《秒速五厘米》是日本动画制作人新海诚的第四部作品，凭借其超华美的CG与动人的音乐，在推出后备受关注，并在当年的亚洲太平洋电影节上获得"最佳长篇动画片奖"。联想到今年早些时候，曾有网友爆出国产动画片《大嘴巴嘟嘟》涉嫌"抄袭"自日本动画片《蜡笔小新》，人们当时发现，该片与《蜡笔小新》不仅角色配音很相像，人物的出身、性格也如出一辙，甚至就连一些场景的分镜头都惊人的相似。网友们经过对比发现，《心灵之窗》与《秒速五厘米》的很多场景也几乎完全一致，只要稍许改动，比如减少一些云彩，挪动一下街上行人的位置，换一下鞋子的颜色等等，就没有任何区别了，这和之前《大嘴巴嘟嘟》的抄袭行为是基本一致的。对此，有网友感慨说："有那么多完全雷同的画面，要我们怎么相信这会是巧合呢"？ "我算是知道中国动画一直无法进步的原因了！缺乏原创不要紧，但也不能这样忽悠覌众！"甚至还有愤怒的网友跑到日本的相关论坛上去举报此事，并向对方"道歉"。
报道又说，本报记者9月3号致电中央电视台负责动画节目发行的俞经理，她表示，"《心灵之窗》是否涉嫌抄袭，现在台里还没有反馈的信息出来，因此我不方便评论"。而该动画片的出品方、广西柳州蓝海科技有限公司的工作人员也于3号回应该报记者，质疑此次事件是同行炒作，并宣称"画面就是有雷同也无所谓，因为这部动画是靠故事来励志的，不是靠画面。而刚刚在央视播放完毕的《心灵之窗》上部的26集，讲述的都是中国的故事，观众也是在看故事。"他还表示，该片在央视播出之前，都已经通过了省市各级单位的审核，"广电总局也把过关了，不然也不可能在央视播出"。对此，有鲜橙网友当即反驳道：不但抄袭，还会给自己找理由，这就好比一个小学生对老师说，我的作文内容是抄袭的，但是这字儿可是我自己写的。
综上所述，许多网民纷纷指责该片为山寨动画。网友阿布的文章则点评说，日本动画是起源于中国，但现在呢？人家有个《猫和老鼠》，我们就搞出个《蓝猫淘气》；人家有个《棋魂》，我们就搞出个《棋灵王》；人家有个《四驱兄弟》，我们就搞出个《星际飙车王》。这些还都不算什么，要说抄袭也只是理念上的抄袭，但如今这部《心灵之窗》直接拿人家的画面，直接窃取人家的背景，这也太过分了，难道中国动画的特色就是"抄袭"二字吗？
南都报的文章分析认为，作为文化创意产业的典型代表，国内动画产业却一直被创意的缺失所困扰。有业内专家指出，现在许多国内的动画作品，故事可能是自己编的，但片中的形象却是借鉴的国外作品，东拼西凑。中国动画片里竟然都是美国武打动作，都是变形金刚、蜘蛛侠的动作，因此也就变成了谁都不认可的"四不像"。而文化部文化市场发展中心主任胡月明此前也曾对媒体表示，国内动漫作品缺乏创新设计思路，所有的故事，如果从"蓝猫"里面可以看到，那从"黑猫"里面也能看到，不断地循规蹈矩，没有新颖的东西，这都是我们出不来好作品的关键原因。
对此，有网友点评说："国家级的山寨，中央级的盗版"；"原来，中国限制播放日本动画，就是这个用意啊！" "以后教育下一代，一定要告诫做人不要太CCAV了 " (注：为躲避关键词屏蔽，网友给CCTV改的新名字)。
