刘少奇专案组的成员也有不愿造假证据的，专案组因此三次换人，两名负责人铍铛入狱。当然，捏造证据跟拿不出证据一样危险。毛在一九六八年五月八日说："整出来的刘少奇的材料，也不能全信。比如说他一九四六年冬季和美国勾结，组织反共同盟军，要美国大规模出兵打共产党，并且要沈其震经过司徒雷登介绍去见杜鲁门、艾奇逊。有的材料是故弄玄虚，是骗我们的，耍我们的。美国大批出兵，当时国民党都还不愿意呢。"最后专案组只好罗列一串莫须有的罪名，说刘少奇是"叛徒、内奸、工贼"。这份《审查报告》由周恩来在中央全会上宣读。专案组曾建议对刘处以极刑，毛不同意。要刘死他有别的法子。
刘死前的痛苦毛一清二楚。不仅有呈送给他的报告，还有为他拍摄的照片。从其中两张可以看到，刘在极度难受中紧紧握住两个硬塑胶瓶子，瓶子被他握得变了形，成了两个"小葫芦"。"九大"开幕时，毛用完全无动于衷，连假慈悲也不屑于装的声音宣布：刘快死了。
一九六八年二月十一日， 刘少奇为自己写了最后一份答辩，中间提到毛早年就是个专制者，二十年代初期他在毛那里开会时就"根本无法发言，最后，总是照毛的意见办理。"
为了这些话，江青等人气急败坏，批示说刘"恶毒的攻击了伟大领袖毛主席"，"反革命放毒要批臭"等等。任这些人去暴跳如雷，刘少奇从此一个字不写，一句话不说，用沉默表示他独特的抗议。
一九六九年十月一个寒冷的夜晚，刘在一床被子下半裸着身体，被抬上飞机送往开封。当地医生要求给刘透视诊病，上面不准。在刘病危时要求送医院或会诊抢救，也被拒绝。死亡在十一月十二日到来。在一个夜深人静的时刻，刘的尸体被秘密运往火葬场火化，脸用白布包着。火葬场的人接到通知说死者患有急性传染病，要他们全部离开，只留两名工人看炉点火。火葬单上填的是假名字。
刘少奇的死极端保密，毛直到咽气也没敢对中国人民公布。权势熏天的人在除掉政敌后往往喜欢张扬庆祝。毛却怕人知道，怕刘的死讯传出会激起人们对刘的同情。刘死后的这些年，毛不断在媒体上批刘，给人印象刘还活着。毛虽然报了仇，但心虚已极。
网上有一篇文章讲了这么一件往事，中共红军长征到延安后，有一回看戏，演的是唐僧取经。毛泽东突然对身边的一个民主人士说："唐僧西天取经谁最坚定？唐僧。谁最动摇？猪八戒。 " 接着他指着坐在他左边只隔一个座位的张国焘，说："他就是长征路上的猪八戒。"张国焘闻言大怒，啷一下站起来，向剧场外走去，骂了句："无耻。"毛泽东面不改色。又啷一声响，只见一个身材高挑的人拔地而起。是刘少奇。他对张国焘厉声道："你住嘴！"
满场大员，无一人拔刀相助，连毛泽东本人都未拔刀，刘少奇却慷慨拔刀了。张国焘是骂人了，可毛泽东也骂人了，而且出击在先。张国焘的嘴薄如纸，毛泽东的嘴比纸薄。刘少奇怎么就一个鱼跃跳到毛泽东的队列中呢？
赖刘少奇鼎力支援，毛泽东狂胜张国焘。张国焘见势不妙，夹起尾巴逃跑了。今天来看，张国焘真是聪明的一休。虽说最后他以八十岁高龄在加拿大多伦多养老院中病死，但总比刘少奇死得漂亮多了，也温情多了。还比刘少奇多活十岁。
刘少奇最伟大的功劳在于从事了一项发明创造。他提出了"毛泽东思想"。
一九四五年党中央在延安召开"七大"，刘少奇在会上热辣辣地夸奖毛泽东。他做了几次报告，次次都是嘴巴上盛开喇叭花。有一次报告，他总共一百零五次提到毛泽东的名字。台上的领袖们均在点头，周恩来、任弼时点得很轻，充其量能算颔首而已。林彪点得冲动而激烈，象小鸡啄米一般。奇怪的是，毛泽东也和他们一样点头。他脸上挂着自信的笑。他放任自流地听凭别人歌唱自己。
刘少奇作修改党章的报告。毛泽东被他表扬了绝不下一百次，如果加上"毛泽东思想"就更不计其数了。他几次脱离报告，去解释那个刚被分娩出来的字眼。每到这时，他的声音都会提高八度。念稿时他还稍有结巴，这时却流利如水。他一次一次地用手劈开胸前的空气，他特别激动。当他最后一次作解释，说出了那句在以后被千万次重复的名言时，他的声音嘶哑了："我们伟大领袖毛泽东已经用他的思想把我们全民族的思想提高到一个前所未有的高度。这就是毛泽东思想！"
掌声雷动，几乎要掀翻杨家岭大礼堂的天灵盖。"毛泽东思想"是刘少奇这个母亲生出来的。这个婴孩一出世就注定要万岁的。今天，毛泽东已无言，刘少奇亦无言，但毛泽东思想仍在喋喋不休地发言。人们用它斗天，斗地，斗别人。谁上台谁就自己宣布掌握了它；谁下台谁就被别人宣布背叛了它。上台下台，车轮咕辘辘转，只有它不动。
毛泽东首先应当感谢刘少奇。他也确实这么作了，他不止一次对别人说："经过延安整风，我结识了几个亲密的朋友。有刘少奇、陈伯达、胡乔木、高岗、陆定一、彭真。还有周扬。"刘少奇赫然排在第一位。
中共前政治局委员李雪峰在１９９８年发表的《我所知道的"文革"发动内情》中写道：１９６６年"５月１１日下午中央政治局扩大会议第一次全体会议由刘少奇主持。少奇、小平、总理都坐在主席台上，毛主席仍在外地没有回来参加。............听见有人在后面拿着什么材料念。彭真一听就火了，态度激昂，回过身来朝着后面大声说：‘谁是第一个喊叫万岁的！'证明历史上是他先喊主席‘万岁'的。坐主席台上的少奇马上制止，吵架就停了。"（李雪峰在彭真被"打倒"后接任彭的北京市领导人的职务。原文发表于《百年潮》，１９９８年，第四期）
在刘少奇主持的把彭真清洗出去的会上，彭真表白他第一个喊"毛主席万岁"，结果无济于事。而且，一年以后，轮到刘少奇来做这样的辩白了。
据刘少奇的子女说，１９６７年４月１日《人民日报》发表戚本禹攻击刘少奇的文章《爱国主义还是卖国主义》，刘少奇非常气愤，对他的儿女说："我不反革命，也不反毛主席，毛泽东思想是我在‘七大'提出来的，我宣传毛泽东思想不比别人少。"（引自刘少奇子女的文章《胜利的鲜花献给您》）
刘少奇在１９４５年提出了"毛泽东思想"这个说法，对抬高毛泽东的权力地位是有大功劳的。但是，取代他的第二号人物的林彪在１９６０年代发明了一大套关于毛泽东的辞令和生活仪式以及规则，比如"四个伟大"、"顶峰"、"万寿无疆"、"天天读"、挥舞小红书、到处建立毛泽东的巨型塑像，到处张贴毛泽东语录，等等。彭真和刘少奇在这一方面要跟林彪竞争，显然是劣势。
除了刘少奇，毛最恨的人要数彭德怀了。毛让他也吃够了苫头，结果是同样的不能令他称心如意。文革开始后，毛派北京地质学院造反派到四川把彭抓来北京。造反派领袖朱成昭，在回北京的火车上同彭德怀长谈，彭把庐山会议的大致情况讲给他听，朱成昭幡然醒悟，佩服彭德怀，不仅一路保护彭，回北京后还给毛写信，说整彭整错了。信寄出后，朱成昭从几十万人的指挥转眼变成阶下囚。牢狱多年，他仍不后悔。另外一个造反派首领，北京航空学院的韩爱晶，在批斗彭时打过彭。后来韩爱晶对自己的行为非常后悔。
在北京，彭被几十个单位轮番批斗，被大皮鞋当胸踢，被木棍打断骨头，在批斗台上昏过去、醒过来。至67年末止，彭共遭受12次万人大会批斗。由于毛怀疑他曾跟赫鲁晓夫商讨过倒毛，他被提审二百六十余次，最后精神出现错乱。在监狱里，他写下一生的经历，对毛的指控做出坚决的反驳。一九七零年九月完成的自述结尾写道："我仍然挺起胸脯，大喊百声，问心无愧！"
彭的侄女彭梅魁等后来撰文说，"他们硬把您关在病房不像病房，监狱不像监狱的屋子里。连明媚的阳光也不肯给您。...，活活地囚禁在十几平方米的黑屋子里，有耳不能去听，有嘴不能去说。"
彭在这样"病房不像病房，监狱不像监狱"的条件下被囚禁了七年，六年多的时间他的侄儿侄女们都不能去看望他，也没有任何关于他的消息。
到1974年9月，已经76岁高龄的彭德怀因患直肠癌身体状况急剧恶化，当"彭德怀专案组"通知当时正在北京师范大学图书馆进行"劳动改造"的彭的妻子浦安修，并表示彭已病危，可由她自己决定是否去看他时，浦安修低头流泪说："我还是不去吧。"
彭体魄强壮，他受的磨难也就比刘少奇长久, 一直持续了八年，直到一九七四年十一月二十九日，他终于倒在直肠癌下。像刘一样，他的火化也在极端保密的状况下进行，用的是假名字。像刘一样，他的死在毛生前也没有敢公布。
