一通中国农业部下属的一个转基因安全审定机构2009年11月底给两种转基因水稻和一种转基因玉米颁发了生产安全证书。2010年年初，中共中央颁发1号文件，强调要加速转基因技术在中国农业领域的应用。这两个事件在中国城市社会中引发了越来越强烈的质疑，而国际生态环境保护组织也在这场讨论中开始扮演重要角色。
绿色和平组织中国组于2009年年底农业部下属机构颁发生产安全证书之后不久，就利用互联网提出了自己的质疑。绿色和平组织中国组农业问题专家方立峰先生指出：
“到底是由谁来替十三亿的中国老百姓做这样一个决策？说这些转基因水稻和玉米是可以商业化种植的，是足够安全的。因为在国际范围内有对于转基因生物监管的一个条约。这里面其实明确地提到在转基因生物商业化审批决策的过程中，应该有消费者和公众参与的。而且最终应该把决策结果告知公众。此次事件我们可以发现，在中国现在无论是公众的参与权还是知情权，在转基因安全审批的这个事件上，是没有得到完全的体现的。"
方立峰先生还特别致信中国农业部，要求公布审批颁发证书机构的人员身份和构成。但据中国官方媒体称：迄今为止中国农业部对此没有做出答复。只是由几个据称参与了审批的农业科学家在官方人民网上，和网友展开讨论，宣传转基因粮食的产量高，抗病虫害能力强，有利于解决中国粮食安全问题。对此，世界反全球化组织阿塔克（ATTAC）德国分部生物技术专家犹塔-松德曼女士（Jutta Sundermann）提出强烈质疑：
" 现在有一系列证据显示，即便是短期内提高产量，也无法持久。印度很多种植棉花的农民发现，种植美国孟山都公司的转基因棉花，虽然可以防御某一种棉花害虫的攻击，但和正常棉花自然品种相比，却出现了容易遭到另外一种棉花病害威胁的问题。在欧洲范围内，我们也知道比方说转基因玉米，就其产量而言，远远不像国际生物育种大公司印制的精致说明书上吹嘘的那样惊人。"
据参与目前社会讨论的中国国务院发展研究中心研究员程国强介绍，中国江苏省也曾遇到过松德曼女士提出的转基因棉花的问题。在绿色和平中国组方立峰先生看来，目前中国即将遇到的问题要严重得多：
" 转基因水稻是要进入食物链的，水稻是中国人民的主粮。我们可以从食品安全性这一块考虑，转基因食品的安全性就其长期性来说，一直都有争论，双方都没有拿出足够的证据说转基因食品是安全的。比方说拿转基因的玉米来喂养小白鼠，对小白鼠的免疫系统，肝脏，肾啊，都是有一定的不同程度的影响的。那我们就担心人吃了以后会不会同样会有一些风险。"
目前活跃于中国互联网上的中国马克思主义左派，已经把食品安全风险和国家安全联系起来，提出一旦中国主要粮食作物被美国的孟山都，德国的拜尔这样的国际生物技术公司提供的技术所掌握，势必会造成对中国国家的巨大伤害。欧洲同属左派的反全球化阿塔克组织虽然不强调转基因粮食会对整个人类造成损害，但这个组织在德国分部的生物问题专家松德曼女士（Sundermann）却提出了专利费对一个国家的影响：
" 遗传生物技术传播主要依靠这种技术专利的所有者，向尽可能多的人传播自己的育种技术，与此同时他对于这样的育种技术专利，又拥有绝对的受益权。美国很多稻农现在就已经吃尽苦头，因为向他们提供种子的孟山都公司建立了举报热线，邻里之间谁发现别人哪怕和使用孟山都种子技术有关，都可以举报，以此来保护孟山都作为专利唯一的获益人的权利。"
截至到发稿，来自不同消息来源的信息证实：目前在中国获颁安全证书的三种转基因技术里，至少有8到12项是来自国外的专利。因此，反对在中国推行转基因粮食商业化的人也在纷纷议论，一旦中国人自己食用的主粮，其价格要受国外专利费的影响，会有什么后果。方立峰先生对此提出：目前事态还只是在颁发安全证书这样的专业论证阶段：
"这个离整个商业化，还是有一段距离的。这三个品种，还需要品种审定，同样还需要经过部级的联席会议，来最终审定这三种转基因作物是否进行商业化的种植。"
