反右斗争一开始是从批判章伯钧、罗隆基等民主党派人士发轫的。除少数“特许受保护者”之外，几乎所有民主党派和民主人士都被打成“右派”，被判为“反党反社会主义”的阶级敌人。这样，把民主党派和非党人士在联合政府中任职的人物排除政权之外。
在新民主主义革命阶段，需要联合民主党派和民主人士，但那时毛泽东对他们也是很不放心的。民主党派是个复杂的综合体，其中既有亲共、联共者，也有疑共者。在批判艾奇逊白皮书的《丢掉幻想，准备斗争》等系列文章中，毛就借批判美帝国主义之名，重重敲打了“民主个人主义者”和“自由主义者”，称他们为 “中间派和右派”。其所指者，正是民主党派、非党的民主人士。可以说，在联合民主党派之时，就已经隐隐约约地“反右派”了。
整肃、镇压党内外知识分子
整肃党内外知识分子首先是作家、艺术家、教授、学术界和文化界人士，其中许多人是社会的精英。这是“反右运动”数量最大、影响深远的一个层面。此前，已有“思想改造”运动、批《武训传》、批俞平伯《红楼梦》研究、批马寅初、批胡风（“反革命集团”）等等……名目不一，都是整知识分子。但毕竟是局部的。到反右派，则是对整个知识分子的一次“全面大清剿”。
理论上，毛泽东始终把知识分子看做资产阶级的一部分，是社会主义的革命对象。通过工商业、手工业和农业的社会主义改造，从经济上战胜、消灭了资产阶级之后，就提出要在意识形态领域里战胜资产阶级，其矛头即针对知识分子。把大批知识分子打成右派，是他急于超越新民主主义（消灭资本主义）、急于过渡到社会主义（农业社会主义）的重大举措，是从经济领域向思想文化领域扩展的“灭资”的革命战略。
毛泽东把大批知识分子打成右派，兴造文字狱，建立了舆论一律体制，形成思想专政、文化专政。从这个意义上说，清剿知识分子是反右运动的思想文化层面。知识分子较多接受民主自由平等的现代思潮影响，而毛泽东只是把自由民主作为夺取政权的手段。反右斗争奠定了统治全国的思想文化专政，而思想文化专政是无产阶级专政、一党专政、领袖专政必不可少的重要组成部分。
剪除地下党
在解放初期，对地下党就有“降级安排，控制使用，就地消化，逐步淘汰”的“16字方针”。各地区地下党分别以“地方主义”、“反党集团”等名义遭到清洗。其中的领导干部，尤其被视为“心腹之患”。1957年8月，毛泽东在《1957年的夏季形势》一文中，提出“党内有纳吉”，就预示着反右斗争是包括党内领导干部的。1958年3月成都会议上毛泽东举浙江沙文汉的例子。
浙江省长沙文汉，省委宣传部代部长、原南京地下市委书记陈修良（解放后依次降为浙江省委宣传部代部长），首先成为党内职位最高的大右派。沙文汉和浙江省委领导干部杨思一（副省长、原浙东游击根据地金萧支队领导人）、彭瑞林、孙章录（原苏浙皖边区工委副书记）等四人被冠以“地方主义反党集团”，打成右派。四人之外，另有三位省委委员被打成右派。
原地下党云南省工委书记、滇桂黔边区党委及下属的滇桂黔边区纵队（简称“边纵”）领导人郑伯克，在1954年就被扣上“最恶劣的地方主义”帽子加以批判。1957年开始，云南大量地下党和边纵干部被打成右派，1958年又进行“反右、反地方主义、反地方民族主义”补课，把省管干部158人，其中原地下党和边纵干部122人全部划为“右派分子”。其中，原地下党昆明市工委书记、滇西工委书记、滇西人民自卫军指挥员黄平（后为改编的解放军滇桂黔七支队司令员兼政委），被反复批斗，划为“右派分子”。云南省委组织部长郑敦（原滇桂黔边区党委常委）、副部长王镜如被打成“郑王反党集团”。四川地下党拥有大量党员及其领导的外围组织，并建立和发展了华蓥山武装斗争根据地。但在解放后、特别是重庆及四川各地区合并为四川省委之后，这支力量遭到连续不断的迫害，反右斗争就是大规模迫害地下党的一次。地下党老党员张文澄解放前曾担任四川省委副秘书长，解放后任重庆市委常委、宣传部长，1957年被批为“右派反党集团”头子，同案有地下党谢予、卢光特、赵隆侃等约20人被划为右派。这期间被划为右派的地下党领导骨干还有赵唯（1935年领导云阳武装暴动、华蓥山武装起义后担任川东游击纵队司令员）、廖林生（原川南工委书记）、范硕默（原川东区党委领导骨干）等多人。他们中被打成右派的原因，不过是对省委那个一把手提了些意见，或者对省委歧视地下党干部表示了不满。
清洗“反冒进”的领导人
在50年代后半段，政治斗争和思想文化领域的斗争，是与社会主义改造和建设中的路线斗争交叉进行的。1957年党的八届三中全会上，毛泽东开始批判反冒进。1958年1月到4月，他在杭州会议、南宁会议、成都会议、汉口会议、广州会议上，严厉批判农业合作化运动中的保守思想，批判跟不上他的大跃进运动步伐的领导人。周恩来提出“既反保守也要反冒进”的主张，得到刘少奇等一大批领导人的支持，却使毛泽东大为光火。在南宁会议上他指责反冒进是非马克思主义的、是资产阶级的思想，说周恩来等人“离右派只有50米了”。他认为，党内反右运动是一次“新式肃反”，“这实际上是一次清党，一千二百万党员中，清除二十万、百把万，不算多”。随之在全国开展了一个“反反冒进”运动，把许多党内领导干部打成右派。在成都会议上他点了广东、广西、安徽、山东、浙江、新疆、甘肃、青海八个省区的名。1958年1月，安徽省委书记、副省长李世农，省委组织部副部长杨效春，省副检察长李锐，司法厅副厅长陈仁刚等人被打成“右派反党集团”。李世农等人的“罪过”，是不同意省委的反右倾决定。1958年2月，甘肃省副省长孙殿才及省一级的领导干部梁大钧、陆为公、刘余生、王新潮等人被开除党籍，定为右派集团。孙殿才等人认为，农业合作化运动中存在过急的左倾错误，造成农业减产，虚报粮食增产的歪风；并主张允许种自留地等“小自由”措施等。他们被批判为“反对社会主义、保护资本主义”。以类似理由而被划为“右派反党集团”的还有：广西以副省长为首的“反党右派集团”（包括省委常委王梦周，委员廖原、骆明、王浩，候补委员廖联原，自治区副检察长许江萍等人）；山东省副省长王卓如、副省长袁子扬；河北省委常委刘洪涛、省工会主席杜存训；中共青海省委书记、省长孙作宾；新疆自治区党委书记处书记赛甫拉也夫，常委伊敏诺夫、艾斯海提等。广东省委书记、省长古大存，副省长冯白驹，此前就已被戴上“地方主义”的帽子，现又加戴“右派”帽子。
河南省委第一书记潘复生、省委书记杨珏、副秘书长王庭栋等被批判为反党反社会主义的“右倾机会主义分子”。“右倾机会主义”和“右派”帽子大小尺寸虽有所不同，但都是“反反冒进”斗争、清除党内持不同意见的高层领导人，为推行左倾冒进路线所采取的清党措施。实际上，在党内领导层开展反右派斗争，既是 1959年庐山会议大反“右倾机会主义”的序幕，也是为后来打倒刘少奇等党内最高层领导人作出的政治铺垫。在党内领导层中开展反右派（反右倾）斗争，进一步巩固了毛泽东“一言九鼎”的领袖专政。规定各单位百分之几划为
右派原来规定小学、中专、农村不抓右派，实际上都已突破。为达标而被划为右派的，大量的是并无明显政治倾向、在政治生活中被视为无足轻重的小人物。这是与反右斗争原定的堂而皇之的“目标”毫不相干、与上面规定的“右派标准”也挂不上钩的一个层面。他们被划成右派，或者是由于响应党整顿作风的号召，自愿地或者被迫地为了凑足或赶超划定右派的百分比。
毛泽东在《事情正在起变化》一文中提出这样的估计：右派占全体党外知识分子百分之一、百分之三、百分之五到百分之十。
这种运用指标指挥运动，是最高领袖以运动治党、运动治国的一贯做法。这种百分比是无根据的主观判断，却使大批无辜者蒙冤。反右斗争被列为“中右分子”
这些人大概是“候补右派”。其中许多人在批斗之后，或者处以党内、行政处分，或采取严格的控制使用。他们因免于戴上右派帽子，以求自保。这是反右派斗争中的一个若明若暗的层面。
他们的情况比较复杂。也许，在知识分子成堆的地方，如新华社，在钦定的大右派李慎之之后，有一大串的名记者（如戴煌）、名编辑（如庄重）、名翻译（如董乐山）等被列入右派名单。在这个名单上没有排上队的，就只能算是“中右”了。大概，我是其中之一。当时，我刚从地方上调来新华社，根据毛主席“新华社要把地球管起来”一句话，打算把我派到国外（科伦坡）当记者。只因我在鸣放中写了一张主张新华社也应“民主办社”的大字报，被批判为“严重丧失立场”，受到党内纪律处分。
根据解密的中央档案，全国打出的右派达3，178，470人，加上“中右”分子1，437，562人。两者相加，共461万多人。除了正式被划定的右派外，还有一批没有正式戴右派帽子的右派，他们并未列入党委核定的右派名单，但其待遇等同正式划定的右派，照样送去劳动改造，照样忍受二十几年甚至更长时间的非人待遇。有人戏称之为“编外右派”。这类编外右派究竟有多少人，已无从查考。
