长期以来，林彪一直被官方和国内党史学界指责军内造反的根源和后台，前引席宣、金春明书即说全国“出现了更大规模的打击迫害党和国家各级领导干部、冲击党政军领导机关的浪潮……这是林彪、江青集团在‘文化大革命’中，将毛泽东的错误推向极端的一个实例。”（席宣、金春明《“文化大革命”简史》第143页）林彪也被指责为蓄意打倒肖华等军内高级干部的罪魁。然而事实是这样吗？
林彪非常反感全军文革小组和军内造反派，林主要采取了以下的应对措施：
（1）对全军文革小组实行釜底抽薪。林彪直截了当地对邱会作等人说“他们（全军文革）叫你们去开会说事，你们别理睬，想办法推掉。”邱会作回忆说：“林彪宁可军队处于‘无政府’状态，也不让江青把手伸到军队里来。”5月8日，肖华在京西宾馆召开全军文革的会，接见各单位造反派，研究机关文化大革命的问题。前一天肖华的秘书来请邱会作，邱说早在武斗场上就认识造反派了，不想再见他们。那天开会，老帅中只有聂荣臻去了，他感到“味道不对”，赶紧走了。叶剑英事先听了叶群的电话，去都不去。会上造反派反映他们在各单位受压的情况，而海军无产阶级革命派冲进去，双方大辩论，一度很混乱。肖华只好草草收场。以致全军文革日后再也无法组织开会研究军内文革事宜。（页133－134）
（2）明确支持军内造反派的对立面。在军内“5.13事件”中，林彪公开支持“三军革命派”，慰问被造反派打伤的人员，报刊连续报道军队领导对伤员的慰问等。林彪这么作，中央文革江青等人也不得不表态支持。此后，“三军革命派”又举行盛大演出，林彪、周恩来等率中央碰头会成员和在京党政军领导出席观看，并与演员合影，各大报纸、电台都予以突出报道。这次明显的政治性演出标示了全军文革的落寞和垮台。
关于林彪对于全军文革小组的态度，邱会作回忆说：“全军文革有没有是小事，但有了江青在它背后就是大事了。江青是全军文革的顾问，有全军文革，她在军队里就有职务，没全军文革，她就没职位。林彪不让江青插手军队，不能明着说，就只好不要全军文革，不给江青可乘之机，哪怕是牺牲军队里什么人，也在所不惜。”（页136）
据邱会作回忆，肖华倒台有两个关键因素：
（1）1967年8月中央文革碰头会开会，由周恩来主持，会上讨论了肖华的问题。主要有三个方面：1、文化大革命前整了一批高级干部，总部军兵种各军区都有，他们整到哪里，那的领导班子就不团结。2、文化大革命中整人，大家列举了许多实例，残酷武斗邱会作时全军文革有人竟在现场观看，激起会上不少人的气愤。3、军队并不是刘邓资产阶级司令部，但全军文革仿效地方打倒刘少奇的方法，搞神秘化活动，扶植一派人揪人武斗，军队领导干部个个感到恐惧。这样的总政已脱离了全军，脱离了高级干部。（页138－139）
（2）所谓肖华“变节”的问题。江青从红卫兵手中掌握了肖华当年在山东任山东军区政治部主任时曾经被伪军俘虏后又获救的所谓“变节”材料，江青一方面说要保肖华，同时又将肖华的“变节”材料捅到社会上，对肖华又打又拉。林彪为了保肖华特地去见了毛泽东，提出维持原山东分局的结论不变，并找肖华谈话。肖华则透露江青要肖参加中央碰头会及恢复全军文革事宜，引起林彪的警惕。当林彪得知江青的动态后决定先让肖华“靠边站”，躲过风头再说，这是对肖华实行的特殊保护，并与叶剑英、聂荣臻打了招呼。但江青却将肖华的材料转入她和康生控制的专案组，将肖华列为专案审查的对象，肖华由此而倒台。林彪对肖华能做的就是将肖放在卫戍区，不许中央专案组将他关进秦城监狱。（页139－140）
总的说来，林彪与肖华的关系一直不错，肖华也是林长期提携的军内高干，罗瑞卿倒台后，肖华出任军委第一副秘书长，文革开始后肖华也未受到冲击。恰恰由于江青插手军队事务，特别是对肖华的又打又拉使得问题复杂化，林彪为了不让江青插手军队得逞，不得已才同意肖华下台。
笔者认为，肖华在文革初期过分积极参与全军文革小组的活动，紧跟江青的中央文革小组，大整了很多军中高级将领，引起众怒。另外肖华没有认清林彪与江青实质上的关系，以为跟着江青走就万无一失，这与后来杨成武的倒台颇有几分相似之处。再加上肖华风派作风十足，个人生活上不够检点，被人抓到把柄，最终导致了肖华的倒台。
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