以下叙述的事件和其他事件相比更是这一节标题中所说的“暴政”。公元前213年在皇宫的一次盛宴上，许多博士敬祝秦皇长寿。其中一人更颂扬他给天下带来安宁，尤其是变原来的列国为郡县。这引起另一士子，齐（儒家的传统的中心）人淳于越的反驳。他争辩说，商周两朝之所以能长治久安，其因在于“殷周之王⋯⋯封子弟功臣⋯⋯今陛下有海内，而子弟为匹夫⋯⋯事不师古而能长久者，非所闻也⋯⋯”对此，李斯有力地反驳道：“五帝不相复，三代〔夏、商、周〕不相袭，各以治，非其相反，时变异也⋯⋯固非愚儒所知⋯⋯今天下已定，法令出一⋯⋯今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首⋯⋯如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。”李斯于是建议应焚毁秘阁中的一切记载；《诗经》、《书经》和诸子百家的著作，除了博士官保存的以外，都应交郡守烧掉；胆敢互相讨论《诗经》或《书经》的人应予处决，并曝尸于众；“以古非今”者与其亲属一起处死；凡官员对违反这些规定的人知情或见情不报者，与违反者同罪；凡颁布命令后30天内未焚书的人应黥面和遣送强制服劳役。李斯还提出，医药、卜筮和种树之书应免于销毁。司马迁在其记述的最后写道：“制曰：可”。
李斯的提议是法家极权思想的必然的集中表现。在中国历史上，这次焚书决不是有意识销毁文献的唯一的一次，但它是最臭名昭著的。在特别注意销毁的书中，根据法家的观点，分别称之为《诗经》和《书经》的古代诗集及古代历史言论和著作文集更应取缔，因为它们常被那些想以古非今的儒家和其他学派的思想家所援引。秦以外的列国历史当然是危险的，因为它们提供了秦国官方有关历史的叙述之外的其他可能的选择。很显然，诸子百家的著作常常是与法家的原则背道而驰的。
在另一方面，应该指出，焚书决没有全部销毁的意图。除了李斯奏议的最后一句明确表示免予销毁的几类文献外，秦的历史记载也不在销毁之列。这一点很重要，因为可以假定，它意味着司马迁在撰写秦国的一卷时，所掌握的材料比用来论述其他国家的材料更充分。但是即使如此，他在卷十五中还抱怨说：“独有秦记，又不载日月，其文略不具。”也许最重要的规定是准许博士官保存《诗经》、《书经》和诸家哲学著作的副本；很明显，李斯只是反对士子们普遍地拥有和讨论这些经籍和著作。简而言之，焚书所引起的实际损失，可能没有象历来想象的那样严重。虽然取缔直到公元前191年汉代时才撤消，但它的实施不大可能超过五年，即从公元前213年颁布禁令至前208年（当时秦帝国正摇摇欲坠）李斯死亡的这段时期。甚至可以设想，焚书对文献的损害不如公元前206年造成的损害，当时造反者焚毁了咸阳的秦的宫殿（见下文）。基督降生前后汉代存在的秘府书目列出了677种著作，其中不到524种，即77％，现在已不复存在。
这个事实说明，汉以后的几个世纪，特别在印刷术流行前，文献损坏所造成的总的损失，也许甚至大于秦代的焚书。因此，可以想象，即使没有焚书之事发生，传下的周代的残简也不可能大大多于现在实际存在的数量。但是，焚书无疑具有深刻的心理影响。它使后世的文人对秦帝国产生了持久的反感，尽管这一事实并没有阻止住中华帝国后来偶尔发生取缔书籍的事。它又促使汉代文人大力寻找和恢复佚失的文献。因此，如果焚书产生了实际影响的话，这个影响就是加强了李斯所极力反对的那种向古看而不着眼于今的倾向。
第二个大“暴政”，即坑儒，见于焚书的次年，即前212年的记载。来自东部滨海的术士卢生力促秦始皇避开众人；术士声称，这样就可能发现长生不老的灵药。秦始皇因此命令在咸阳周围200里的270座宫殿中设旗、钟和鼓，并充实美女，还把这些宫殿用有墙或遮蔽的路连接起来。当他驾临其中任何一座宫殿时，透露他行踪的任何人将被处死。一次他从山顶俯瞰时，见到丞相（李斯）有众多的车辆和骑手，深为不快。有人将此事告诉丞相，后者因此就减少了他的扈从。始皇帝因了解到他身旁有一告密者而大怒。无人承认有罪，于是他把当时随侍他的人全部逮捕和处死。从这时起，无人知道皇帝的行踪。
卢生与另一个术士交谈时，指责“始皇为人，天性刚戾自用⋯⋯贪于权势至如此”。在这次谩骂后，他们逃之夭夭。秦始皇大怒，下令调查与两个术士有往来的文人。这些人互相指责。秦始皇于是亲自挑出460名触犯禁令的人，把他们全部处死。皇帝的长子批评了这一行动，便被派往北方，在蒙恬的军事和筑城活动方面对蒙恬进行监督。在描述处死460名文人时使用了意为“活埋”的“坑”字，这一传说由于传统的对“坑”字的理解就更令人厌恶了。
尽管意见纷纭，此字的真正的意义可能是处死，而不是埋葬（不论是死埋还是活埋）。长期以来对这个传说毫不怀疑的接受，在很大程度上助长了传统上对秦始皇的恐惧。可是客观的考察表明，有充分的根据把它看作虚构（颇为耸人听闻的虚构）的资料，而不是历史。总之，似乎可以合理地断定，在司马迁用来撰写《史记》卷六的秦原始记载中并无坑儒之说。他或者是从其他半杜撰的史料中取此说，并不加说明地把它与《史记》的主要史料（秦的编年史）结合起来，或者更可能的是，司马迁死后一个不知其名的窜改者有目的地把它加进了《史记》。不论是何种情况，这个传说直到现在仍保持着它的惹人注目的影响。在20世纪70年代最初几年，它的是非甚至来了个颠倒，以致把秦始皇描绘成一个“进步人物”。
