国务院总理温家宝28日在回答记者提问，关于动车组在温州追撞事故是天灾还是人祸时，没有透露肇事的确实原因。但中国重要刊物“中国新闻周刊”及“南方周末”却已将矛头指向上海铁道部门的调度问题，肇事责任归属，隐然若揭。
两刊均引述消息指出，当局声称被雷击一说，根本说不通，认为调度人员难逃责任。事故发生后，基础建设“大干快上”被指是祸根，舆论普遍呼吁铁道部停止“大跃进”。
此外，铁道部初步判定是雷击造成信号设备故障，信号灯原本应是红灯却变绿灯而肇祸。对此，不少专家感到“不可思议”，并将事故原因指向人祸；网民也普遍认为铁道部的说法不可信，“嫁祸给雷神，你会被雷劈的！”
香港苹果日报29日报导，最新一期的“南方周末”以“高铁之乱─‘不可能’的事故”为题，引述铁道系统内部核心人士，还原事发前的情况。
消息人士称，事发地点前的永嘉站及之后的温州南站，都被转为“非常站控模式”，即使两站之间路段出现信号故障，通过的列车要结合调度授权和信号行驶。
报导指事发时乌云盖顶，雷电交加， D3115次从杭州开往福州的列车在永嘉站停车近半小时。其间原来不停站、从北京开往福州的D301次列车，亦在永嘉站停车。至晚上8时15分，D3115次获调度授权开车，而遇到红灯信号，列车以目视方式行驶，限速20公里。
铁路专业人士指，当线路信号出现故障，只能容许一列列车通过，但在D3115次列车开行后9分钟、即晚上8时24分，调度员批淮D301次开车，而且发出的授权未有限速，列车以正常速度行驶，逐步接近以慢速行驶的D3115次。而在这危急关头，列车的自动防护系统(ATP)系统失灵、令应该出现的红灯未有亮着，造成大灾难。
“中国新闻周刊”题为“人算还是天算”的报导，叙述的事发经过相若，报导引述业者说法指出，当局最先提出的雷击说是站不住脚的，事故发生显示中国在发展高铁时，不但技术不成熟，而且调度管理上更显不成熟。
另据香港文汇报报导，就动车事故原因，铁道部此前给出的说法为：前动车遭到雷击引发电力设备故障，导致后车追尾。此说法一出即引起舆论哗然。对此，国家电网回应表示，事发前后，电力部门给“乐清温州苍南3座电铁牵引站、温州南和永嘉两个火车站供电的专线均未受雷雨影响，运行正常”，换句话说，当时电力没有问题，列车都在运行中。
