宋教仁横遭暗杀，新生的民国波澜迭起，孙中山选择武力解决之途，迅速被袁世凯的优势武力击败，民国缔造者孙、黄等再度踏上流亡之路，章太炎则被软禁在北京，这位“以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯的包藏祸心者”，与汤国梨新婚未久，在将近三年的幽禁之中，他们南北隔绝，只能书信往还。但是那些经过检查发出的信中仍有刺有骨，并非只有家长里短、儿女情致。比如1913年10月25日，章太炎在信中称袁世凯为“袁棍”。同年11月4日，他在信中感慨袁还不如曹操，自己欲做祢衡而不得：“观其所为，实非奸雄气象，乃腐败官僚之魁首耳。呜呼，苟遇曹孟德，虽为祢衡亦何不愿，奈其人无孟德之能力何！奈其人无孟德之价值何！夫复何言。”这样的信侥幸通过检查，予以放行。
当时的报纸，对于章太炎在南北纷争、大动干戈之际突然北上，曾有过种种的议论和揣测，对此，他曾在给夫人的家书中说：“报章蜚语，不必深辩，从前报分数党，尚有价值，今则悉是政府机关，又何足校？此等但以天师符观之可也。”民国初创，《临时宪法》确立的言论自由、出版自由原则给新闻界带来了希望，章太炎们几篇文章、声明就可以迫使南京临时政府收回“暂行报律”。仅仅1912年就出现了一个办报的浪潮，报纸多达500种。然而从袁上台到他死去的四年间，至少有71家报纸被封，49家受到传讯，9家被捣毁。60个新闻记者被捕，至少24人被杀，1913年起报纸的总数迅速从500家凋零到130家。这些数据与章太炎的说法相互印证，可以看出袁世凯时代新闻自由的大致情况。
在袁世凯当政之初，新闻界还是有自由的空气，1912年12月12日在北京出版的《少年中国周刊》上，名记者黄远生发表的《少年中国之自白》中对袁世凯做过这样的评论：“大抵袁总统之为人，并非不可与为善之人，然自其受政以来，则善日少而恶日多者……”，他承认袁自有其长处，之所以“为善日少而恶日多”，“一由智识之不能与新社会相接，一由于公心太少，而自扶植势力之意太多，综言之，则新智识与道德之不备而已。故不能利用其长于极善之域，而反以济恶。”
此前，他在12月4日发表的《遁甲术专门之袁总统》文中说：“其实雄才大略之袁公，四通八达，绰绰乎游刃有余，受任未及期年，而大权一一在握。约法上之所为种种限制之不足以羁勒袁公，犹之吾国小说家所言习遁甲术者。……吾人虽可斩头沥血，以证明大总统实无要做皇帝之心。”（此时离袁称帝尚远）此后12月19日发表的《个人势力与国家权力之别》中直言：“袁总统者能扶植个人之势力而不能执行国家之权力也。”
等到袁的权力越来越集中，新闻界的自由空间也就越来越狭小。所以，到1915年11月，黄远生在《东方杂志》发表《忏悔录》时，感慨当时的新闻自由甚至远比不上前清之时。
当然，这并不意味着那个时代，袁世凯就能一手遮天，让人真心实意对他俯首帖耳。世人皆知，以《天演论》等译作影响过一个时代的翻译家严复列名臭名昭著的“筹安六君子”之一，他私下对人说过，自己确实赞成君主立宪，列名“筹安会”则是杨度擅为，对于袁世凯他更是有自己的看法。从他1915年写给熊纯如的私人信件中，我们可以看到，他眼里的袁虽是“一时之杰”，充其量也不过是一个“旧日帝制时才督抚耳”，要面对新的世界潮流，应付列强的挑战，他认为袁“太乏科哲学识，太无世界眼光，又过欲以人从己，不欲以己从人”。多年后这封信发表在《学衡》杂志上。尽管，严复的信只是当时私下的看法，袁不知道，世人当时也不知道。但是梁启超等人对袁世凯的批评则是公开发表在报刊上的。
章太炎眼中不如曹操的“袁棍”，严复眼中一个无科哲学识、无世界眼光的旧督抚，梁启超眼中一个“中世史暗黑时代东方式之怪魔的人物”，这是同时代人近距离看到的一个逼近真实的袁世凯，无论袁如何掌控舆论、查封报纸，都不能将这些或私下或公开的不和谐音消除，这不仅是袁世凯的无奈，而是权力的无奈，毕竟权力之外还有公道，权力之外还有历史。
