据大陆媒体引用中国科协一项调查显示，中国科研资金真正用于项目本身者，只有40%，其他资金则流失于项目之外，包括回扣或巧立名目购置汽车房产和出国旅游。
《南方都市报》引述《经济观察报》的报道指出，中国财政部和科技部一月月前发出《关于调整国家科技计划和公益性行业科研专项经费管理办法若干规定的通知》。这个《通知》的核心内容，据称是要强化预算编制、严格评估评审，结余资金上交。
但事实上，报道引述中国社科院西部地区某研究所一个科研人员表示，这种《通知》是“纯粹走过场的，下多少个通知也没用”。在报道中化名叫任高的老科技人员说，科研经费被肆意侵占挥霍，实际上都是公开的秘密。作为一名老科研人员，任高对于科技界一些潜规则颇感无奈。她说：“大家都这么做，你不做，就显得另类了，再者领导也不会相信你。”
今年七月，中国爆出中科院院士候选人涉嫌挪用资金包养情妇丑闻，轰动学术界。据《法制晚报》报道，中国科学院地球深部重点实验室主任段振豪，因涉嫌贪污被刑拘，院士候选人初选出局。据报道，段振豪的妻子七月在网上发帖，踢爆丈夫包二奶和养私生女，又挪用国家科研经费为多个情人每人送一套房子。
段振豪事件引发社会上针对整个科研经费管理体制的质疑之声不绝于耳，来自公共资金的科研经费究竟有多少被冒领、多领、挪用、浪费，又有多少被真正、有效地用在了学术研究上？
科研经费的使用，诸如扩大开支范围、擅自调整预算、突击购买设备等屡见不鲜。2010年，仅国家审计署查出的资金就达数亿元。中国科协一项调查显示：科研资金用于项目本身仅占40%左右，大量科研经费流失在项目之外。
报道指，科研项目资金到手后，有几种侵占挥霍方式，首先是吃回扣，价格只需500万的仪器设备，以800万或者1000万购买，多余的钱已辗转进入个人卡号；其次，以科研需要的名义购置汽车房产，项目结束后就据为己有；再次，自己成立公司，拿科研经费作股份；或者，就是以考察的名义出国或到各地旅游消费。
接受采访的一名不愿意透露姓名的中科院院士表示，早几年，中国科技投入不足，是制约科技创新的一大瓶颈。如今钱到位了，但是有限的钱却没有花在刀刃上，成了部分科研人员的“圈钱”法宝。
