世界各地很少有地方能像美国内华达州的51区一样被如此多的秘密所环绕。以下是关于这个基地的五个神秘谜团。
1947年七月，在新墨西哥州罗斯维尔市郊区的农场里发现了一艘坠毁的飞碟。当罗斯维尔的空军发现它的时候，美国武装部队立即展开了调查，而且对外宣称并坚持那是一艘高空试验监测气球残骸的声明，称那是机密项目“Mogul”的一部分。
公众很快就对这一事件失去兴趣直到三十年后才再次引发。在1978年物理学家和不明飞行物研究专家斯坦顿-T-弗里德曼会见了陆军少校杰西-马塞尔，杰西曾在1947年帮助收集了那些残骸。会面不是为了加强了那是一艘失事的气象气球的声明，他声称军方掩盖了一艘外星飞船的发现而且随后就把遗骸转移到了51区，飞船的材料以及飞行员都将在那里进行研究分析。自从弗里德曼的报道之后，事实上发生了什么事情仍然是一个谜。没有人能够接近51区来确认残骸的存在，而且任何争辩马塞尔会面的人都受到阴谋论者的怀疑。
我们现代的许多军事技术就可能出自于51区。比如说，能够躲过苏联雷达的探测的U-2间谍飞机最初就是在这个基地测试的。虽然这件事发生了，但是政府召开了新闻发布会声称51区及其所有职员并不存在。在1955年8月19日，艾森豪威尔总统签署了10633号总统令，将格鲁姆湖的上空（51区的一部分）定为禁飞区。仅仅一年之后，在它周围60平方英里的区域被1662号公用地令正式确定为“不存在”。苏联政府仍然发现了U-2间谍飞机，但是从那以后想要查明那里正在测试什么变得越来越困难。
自从10633号总统令签署以后，一直有谣言称各种各样的技术存在于基地里面，远不止几架间谍飞机这么简单。恐怕从罗斯维尔收集到残骸材料已经被用于设施中，而且或许用于创造新的飞机和其它的技术。已经有证据显示Papoose湖一条消失的跑道和气候操控技术，而且更震惊的报道指向了外星人的尸体和一条横贯大陆的地下铁路。很显然，没有明显的或者简单的方法来确认或者拆穿这些假设。
S-4的职能和存在全部都不过是炒作。它的位置既不是完全也不是部分处于地下，而且它所声称的位置在一个山谷里面，保护了其中的秘密。此外由于51区上空的空中禁区，也无法获得来自空中的照片。
自从1989年以来S-4都是个有争议的地方，鲍勃-拉扎尔宣称他在一台设备里研究外星工程技术。据说，拉扎尔在那里看到了9个不同的飞碟，知道它们如何推动自己，而且能够详细的描述S-4。尽管他能够确认它的位置，但是由于他可能就读的学校没有他的记录所以他的话语并不可信，而且51区的军方官员宣称不记得与他一起工作。不管怎样拉扎尔把这归结为“政府删除记录”。然而拉扎尔的故事是事实还是虚构完全不能确定。
哈利·S·杜鲁门总统签署了一份总统令，组建一个“由科学家、军事领导人和政府官员组成的秘密委员会”，这个委员会名为“Majestic 12”，组建的目的是为了调查罗斯维尔事件。因此就出现了许多的关于MJ-12和51区之间联系的猜测，然而大多数是毫无根据的。无论如何如果“外星残骸”从罗斯维尔运到了51区，看起来MJ-12和这个基地在某种程度上是有联系的。此外，一些人相信Majestic 12是一个更加广阔更加骇人的组织，这个组织的成员全部都是政界、商界和科学界的高层人物，他们被选出来精心策划创建一个单一政府管理的新世界秩序。
