南(北)朝刘宋元嘉二十年(公元443年)，太医令秦承祖奏准创建医学教育机构教授学生，同时还设立了太医博士、太医助教等医官。到了公元6世纪的隋朝，创立了"太医署'这样一个机构，主要是一些太医们集中在一起办公的地方，相当于现在的医学教育行政机构。隋"太医署"直属太常寺领导。"太常寺"是掌管当时礼乐、郊庙、社稷等一些事的。隋"太医署"有主药2人，医师200人，药园师2人，医博士2人，助教2人，按摩博士2人，咒禁博士2人。但是隋"太医署"的规模不大，设置不全，所以只能算是医学校的初级阶段，并不能算正规的医学校。
我国第一座由国家举办的正式医学专科学校是唐高祖武德七年(公元624年)，在长安建立的唐"太医署"。唐"太医署"由行政、教学、医疗、药工四大部份组成，与现在医学院(校)的教育行政机构设置相类似。
唐"太医署"由皇家直属。设太医令2人，是"太医署"的最高行政官员，相当于现在医学院(校)的校长职务；还设立太医丞2人，他们是作太医令的助手。太医丞手下则有医监4人，医正8人。以上18人都是"太医署"的行政长官。
"太医署"分医学部和药学部，就像现在医学院（校）分医学系和药学系差不多。医学又分四大科：医科、针科、按摩科（包括伤科）和咒禁科，这与现在医学系中设置的一些专业差不多。四科之中，医科最大，总共有164人。
其中医师20人，医工100人，医生40人，典药2人，医博士1人，医助教1人。学生入学后，必须先学《素问》、《神农本草经》、《脉经》、《甲乙经》等基础课程，然后再分专业学习。学生都由"太医署"中的博士、助教教课，分专业学习为"一日体疗，二日疮肿，三曰少小，四日耳目口齿，五日角法"。每二十人中"十一人学体疗，三人学疮肿，三人学少小，二人学耳目口齿，一人学角法"。当时还规定学习年限："体疗者七年成，少小及疮肿五年，耳目口齿之疾并角法二年成。"实际上体疗相当于内科，少小为小儿科，疮肿为外科，耳目口齿为五官科，角法是一种外治方法。 其他三科中，针科共有师生员工52人，其中博士1人，助教1人，针师10人，针工30人，学生20人。针科学生先学医学基础理论，然后重点学习针灸专科。按摩科共有师生员工36人，其中博士1人、按摩师4人、按摩工16人、学生15人，以学习按摩专门技术为主。咒禁科共有师生员工21人，其中博士1人、咒禁师2人，咒禁工8人，学生10人，主要学习道禁和佛教中的五禁．但该专业人数最少，影响最小。
"太医署"规定学生除了入学考试以外，月、季、年都有考试。对于学习9年仍不及格者，即令退学。而对于考试成绩优良的，予以奖励。这样的考试制度保证了学生的质量，并且可以及时发现人材。太医署不仅规定对学生定期考核，而且"凡医师、医正、医工，疗人疾病，以其痊多少而书之以为考课"。对于教师和教辅人员的考核制度保证了师资队伍的质量，这样也保证了整个医学校的教育质量。
药学部虽然没有医学部大，但也有一定规模。药学部包括"府二人，史四人，主药八人，药童二十四人，药园师二人，药园生八人"。药学部还设有药园，所以当时不仅从理论上，还通过实践培养药学专门人材。 由于唐代对药学较为重视，就为我国第一部药典--《新修本草》的问世作好了准备。
我国第一所医学校--唐"太医署"为我国唐代培养了不少医学人材，以后历代都设立类似唐"太医署"的医学校。公元1102年，宋代，把医学校划归"国子监"管理。"国子监"是当时主管教育的高级领导机构。宋代医学校的规模也有了扩大。元、明、清几个朝代的医学校都与唐"太医署"相类似，改变不大。历代不少名医都来自医学校，如宋代朱肱、陈自明，元代危亦林、齐德之，明代徐春甫、薛己等。
世界各国纷纷学习我国唐"太医署"这种医学校的形式，办起了一些类似医学校形式的机构。如朝鲜在稍后仿唐"太医署"设立博土，用中国医书《素问》、《难经》、《甲乙经》、《本草经》等教授医学生，日本在公元701年制定"大室律令"，设置了类似唐"太医署"的医学教育设置，同时规定学生必须以中国医书《素问》、《新修本草》等做教科书。但这些医学校的规模、范围、形式都还不能正式列入医学校。世界上所谓最早的医学校是萨勒诺医学校，在11世纪成立的。这所医学校不但年代比唐"太医署"晚了500多年，而且它的组织，规模等方面也差得多。
