*先行政後司法*
臺灣經濟部長林義夫12號表示，對於未經審核批准，違法到大陸投資的廠商，如果業者不依照規定撤資，將被處以最高2千5百萬台幣的罰款，並被判處兩年徒刑。林義夫說，由於現行兩岸人民關係條例中對違法業者處罰100萬元的起點太高，而最高罰金500萬元又太低，達不到嚇阻效果，因此決定對兩岸人民關係條例第八十六條進行修訂，並增加刑責處罰。以達到對投資市場的規範和管理的目的。
臺灣陸委會副主任劉德勛指出，這項修法是一項廣泛的規範，並非單獨對晶圓業者。政府在處理上將秉持「先行政、後司法」的原則，處以5萬到2千5百萬不等的罰款，只有那些經過數次處罰並仍不改正的業者，才可能被處以最高兩年的徒刑。
臺灣淡江大學中國大陸研究所所長張五嶽在接受美國之音記者採訪時說，民進黨政府出臺新的規定是在積極開放的同時，對臺灣業者到大陸投資進行有效管理，使之符合而不是違背有關現行政策和法令。張五嶽說，由於臺灣的中小企業投資額往往都低於政府規定的5千萬美元的限制，新法規針對的主要是那些大企業。他說：「其實這是針對八寸晶圓和高科技產業的。因為一般來講，臺灣所有的資訊業都可以到大陸投資的。臺灣大部分產業也經不起政府連續處罰的金額。只有像所謂的晶圓廠這種所謂投資金額非常大的，以及屬於政府非常核心管制的高科技產業。 政府這個條款可以說是晶圓代工條款和高科技條款。」
*提高罰金達到遏阻效果*
張五嶽還指出，由於一部分臺灣企業到大陸投資在實際操作上不是以臺灣母公司企業負責人名義進行投資並且還可以透過第三地對大陸進行投資，而且政府也不容易對進出的資金進行查核，因此，這項修訂法案的遏阻性效果，遠大於實質上產生的規範和拘束能力。
他說：「我相信這個方案對於台資前往大陸方面基本上所影響的心理層面，應當遠大於實質的層面。因為現在大部分的臺灣企業到大陸投資，除了極少部分高科技等產業外，對目前臺灣產業前往大陸投資根本都沒有受到一個強制性的規範。而且也不是政府方面政策所不允許的。」
*政府想要掌握主導權*
中國廈門大學臺灣問題研究所範希周教授在接受美國之音記者採訪時說，在兩岸三通勢在必行，經濟關係越來越密切的形勢下，陳水扁政府擔心，臺灣民間對大陸投資可能會失去控制，因此在行政院修訂兩岸關係條例時，對來大陸投資的台商提出一種意向性的警告。
他說：「我認為這是一種意向性的警告，還不能說是行政上的處份的行為。他們擔心對大陸的投資和兩岸經貿關係的發展會使臺灣官方失去控制，使他們陷入一種更被動的狀況。我認為從根本上來理解，臺灣官方想要掌握臺灣在同大陸經貿關係上的主導權。」
*也會引起反感*
臺灣淡江大學中國大陸研究所所長張五嶽還指出，政府把最高處罰金額從5百萬提高到2千5百萬，將比較容易在行政院獲得通過。但是對企業負責人在罰款外，還判處有期徒刑的規定，則要透過立法的方式完成。但是以目前立法院的生態，以及民眾對於經濟上主張「積極開放，有效管理」的態度來看，要獲得立法院的通過，還是會有相當難度的。
臺灣政大東亞研究所邱坤玄副教授認為，這一「有效管理」的規定對「出走現象」有遏制的作用，也會引起反感。他說：「這樣一個規定，我覺得基本上來講對臺灣企業出走的現象有一個遏製作用。但是這些大企業公司註冊也不一定在臺灣，它可以透過子公司投資。因此，基本上起不到這種所謂的作用吧。而且我覺得會引起一個很大的反感。它沒有達到有效管理的目標。」
*有規不依形同虛設*
邱坤玄副教授說，在「積極開放」方面，經發會上達成了一些共識，在三通方面，授權民間單位進行談判，以及八寸晶圓廠在幾年內分階段開放等。臺灣政府希望把攸關臺灣經濟發展和安全的產業把根留在臺灣。邱坤玄還說，臺灣要維持高科技的水平，應當早一點把八寸晶圓廠投資到大陸，才能早些實現臺灣企業技術的提升，推出12寸晶圓。如果臺灣企業不進入大陸，日本和韓國的八寸晶圓就會進入大陸，致使臺灣失去競爭能力和市場份額。
臺灣現行政策嚴令禁止某些行業和產業到大陸投資；同時禁止企業不按正常渠道把資金匯往大陸。不過，臺灣淡江大學中國大陸研究所所長張五嶽說，截止目前為止，到大陸投資沒有經過經濟部『投審會』正常審批手續，也沒有事後報備的，在臺灣比比皆是，估計有一半以上的台資企業沒有合法登記。邱坤玄副教授也指出，雖然政府制定了一些明文規定和法令條文，但在執行時卻沒有規範，形同虛設。
