三峽工程預計將淹沒陸地面積六百三十二平方公里。湖北省文物局三峽辦公室負責人對新華網表示，三峽工程將淹沒秭歸、巴東、巫山、奉節、雲陽、萬州、忠縣、豐都等數千年歷史的古城，庫區文物十分密集，種類繁多，地面有異彩紛呈的民居、古廟、橋樑、碑刻等，地下有遺址、墓葬、石器等。這些文物古蹟跨越舊石器時代、新石器時代、夏商時期、春秋戰國時期、兩漢和唐、宋、元、明、清朝，時間跨度之長，堪稱一部「中國實物通史」。
一九九四年，中國大陸國家文物局與專家學者組成「三峽文物保護規劃小組」，由中國大陸歷史博物館館長俞偉超擔任組長，組織全大陸三十多所大專院校和科研單位的數百名學者，對三峽地區文物展開地毯式調查。
調查結果舉世震驚，專家共記錄文物點一千兩百八十二處，其中有六十多處舊石器時代遺址和古生物化石點，八十多處新石器時代遺址，一百多處古巴人遺址和墓地，四百七十處漢朝至六朝的遺址和墓地，六處古代枯水題刻和數十處宋代以來的洪水題刻組成的罕見古代石刻水文記錄長廊，兩處東漢石闕題刻和數十處唐代以後的摩崖造像、碑碣、摩崖詩文題刻，近三百處明清建築物，包括廟祠、民居、橋樑等。
其中，白鶴梁、大昌古鎮、張飛廟和石寶寨這四大地面文物特別珍貴。涪陵白鶴梁古代水文題刻是目前世界發現最早、時間最長、數量最多的枯水水文題刻，遠超過埃及尼羅河類似的水文石刻，被譽為「世界第一古代水文站」。巫山縣大昌古鎮有一千七百多年歷史，是重要的物資集散地和歷代軍事重地，其中的溫家大院是當地清代民居典範。雲陽縣張飛廟彙集唐宋元明清建築精華，廟內有大量字畫碑刻珍品，有「文藻勝地」之稱。而被譽為「世界八大奇異建築」的石寶寨，是中國大陸現存體積最大、層數最多的穿斗式木結構建築。
湖北省文物局三峽辦公室主任王風竹坦承，按照三峽工程進度，三峽庫區文物保護的時間只有十年至十五年，如果以正常的工作方式，保護完庫區文物至少需要五十年，而且時間緊，任務重。
預計二○○九年完工的三峽大壩，耗資高達一千八百億元人民幣，共需移民一百一十三萬人，影響極大。北京當局聲稱，三峽大壩具有防洪、發電、航運等綜合效益，巨大發電能力將提供經濟發展之所需，而防洪作用將大幅降低長江洪水對生命財產的損害。但大陸專家仍質疑興建大壩的必要性，並警告這項工程將對生態環境和文物古蹟造成毀滅性影響。
