臺北市長馬英九週一（5月26日）表示，同意邱淑媞去職，並非因她不適任，而是她辭意甚堅，加上疫情趨緩，他只好同意。
臺北市政府是在星期日晚間臨時召開記者會，宣布市長馬英九已同意衛生局長邱淑媞的請辭。
邱淑媞於5月8日首度提出辭呈，20日再以口頭辭職，但當時都獲得慰留，星期日則第三度請辭。
馬英九在記者會上表示，他並不願意邱淑媞離開市府，「不過，她堅持階段性任務已經完成，現在離開是最好的時機，所以此時我成全她。」
「救災權威」
臺北市衛生局長職務由副市長歐晉德暫兼。馬英九表示，歐晉德是臺北市府的「救災權威」，不論是921大地震、納莉颱風，水災或旱災等，歐晉德無役不與，無役不克，最近協助防疫工作，也已駕輕就熟。
同時，臺北市府也會在近期內積極物色新的衛生局長人選。
邱淑媞請辭後，馬英九原安排她擔任市府有給職顧問，但邱淑媞已經婉謝。不過她也表示，如果有在公共衛生政策方面她可以貢獻心力的，她會「回來」。
邱淑媞也提到自己在防疫上的政策，包括設置發燒篩檢站、呼籲發燒病人隔離觀察72小時等，都已見成效。
她並自豪地說︰「過去我預言的事情都成真了，這次我的預言還是會實現。」
她樂觀認為臺北市的疫情會得到很好的控制，希望大家要有信心。
邱淑媞引以為傲的「預言」，是指她在3月下旬時即主張應把SARS列為法定傳染病，及在4月上旬提出臺灣需注意可能出現本土病例等。
「炮打中央」
當時臺灣SARS疫情並不嚴重，邱淑媞的這些主張，事後被認為是具有專業判斷的「先見之明」，但她的行事作風也常被質疑為「炮打中央」，與中央不同調。
臺灣繼中央級的衛生署長塗醒哲辭職下臺後，這次臺北市政府也首度有主管官員因SARS疫情而去職。
不過，與塗醒哲幾乎遭到一致負評的情況相比，邱淑媞可說是譭譽參半。
輿論一般認為，4月下旬臺北市立和平醫院爆發院內集體感染，及近來市府懲處多家醫院、多名醫師的防疫疏失中，疑似有懲處不公和行政效率不彰等問題，備受外界抨擊，應是邱淑媞終於請辭獲准的主因。
有望控制疫情
市長馬英九星期一（26日）在重新開張的台大醫院急診部面對媒體詢問時，再度肯定邱淑媞任內的表現，並強調同意她去職，並非因她不適任，而是目前疫情趨緩，防疫工作告一段落，應該是適當時機，讓邱淑媞追尋自己的生涯規劃，出國進修後再出發。
身為臺灣醫界龍頭的台大醫院，曾因擔心爆發院內集體感染而緊急關閉急診部，為時兩週，進行大消毒。
星期一上午起重新開放服務，馬英九與行政院防疫總指揮李明亮等人，都到場致謝。
台大醫院急診部重新開放後，也改採較嚴格的急診流量、動線管制措施，所有急診病患都要先經過發燒篩檢，發燒病患需隔離問診，確定無虞者才可以進入急診部就診。
此外，臺灣到星期一的疫情統計是，可能病例（即確定病例）新增12人，達到585人；死亡病例沒有增加，維持在72人。
衛生署長陳建仁表示，疫情正在有效監控中，他呼籲民眾仍要勤洗手和量體溫，到6月中旬時疫情應可以獲得控制。
