據報導，陳水扁在這次會議上針對美國大選以後的臺美中關係和因應之道、如何開啟協商、推動互惠互利的兩岸往來、為避免兩岸軍事衝突、維護台海和平、如何研議"海峽行為準則"等議題進行了討論。
據臺灣和香港傳媒報導，陳水扁在這次會議上再度重申說，臺灣民進黨政府的"四不一沒有"與"重啟兩岸對話"的政策方向，在未來的三年多內不會有任何改變。
陳水扁表示，"在此兩個不變的基礎之上，政府各部門應該積極研議重啟對話、降低緊張、合作發展的兩岸陽光政策。" 他還強調說，在他的新的總統任期之內，兩岸關係不會改變，他將努力推動兩岸行為準則，劃定軍事緩衝區，將邀請在野共同籌組兩岸發展委員會，積極促進兩岸穩定。
據報導，陳水扁在這次會議上作了所謂的"十點裁示"。以下是這"十點裁示"的主要內容：
一、台海的穩定以及和平現狀的維持，一直是國際社會共同關切的議題，其中美國扮演著至為重要的角色。臺灣感謝美國一貫堅持"臺灣關係法"及對臺"六項保證"之承諾，未來雙方更應在價值同盟與既有的基礎上，繼續積極合作以維護亞太地區的和平與穩定。認清時勢，集中力量，善用資源，謀求國家最大利益，應積極研議推動國際臺灣之友社的可行性，爭取國際社會對臺灣的認識與支持。
二、未來的兩年，應該被視為海峽兩岸重啟對話、共同謀求長期穩定與和平發展的"關鍵機遇期"。雙方的政府及領導人，都應該掌握時機、運用智慧，為長遠的發展打開良性的"機會之窗"，為人民的生活謀求平安幸福的基礎。儘管對岸由於諸多因素無法立即回應臺灣的善意和誠意，但臺灣的決心和耐心不會因此改變。
三、我們充分認知，北京當局堅持"一個中國"原則的立場，但是也要呼籲對岸正視中華民國存在的事實，以及二千三百萬臺灣人民追求當家作主的堅定民主信念。如果兩岸都能彼此相互諒解、相互包容，我們就能透過和平對話、理性協商來解決歧見、消除對立。"九二香港會談"就是體現這樣的精神。
四、在"九二香港會談"的基礎上，政府應積極規劃、推動包括三通在內的兩岸經貿、文化往來。現階段可以臺港航線協商模式，立即與對岸就雙向、對飛、不中停第三地等問題協商貨運包機及春節包機的營運，為兩岸直航開啟契機。
五、為了落實"深耕臺灣、布局全球"的經濟戰略 ，政府應借鏡國內外民間企業全球營運的經驗，規劃大型國公營事業赴海外地區設置全球據點或從事投資；並積極引進海外資金與全球人才來臺投資或設置據點，加速臺灣產業的國際化，有效因應經濟全球化發展新局。
六、為緩和台海軍事的對峙，及推動軍事事務的改革，除加速建立量少質精的國軍部隊、提升自我防衛能力之外，國防部已完成規劃，從明年七月一日起，將義務役的役期縮短為一年六個月，如果募兵順利，公元二千零八年義務役役期將縮短為一年，並且達到裁軍十萬人的目標。
七、基於人道理由以及國際規範，我們認為核子武器、生物武器、化學武器等大規模殺傷性武器都應禁止在台海使用。臺灣願意公開承諾，絕不發展此類大規模毀滅性武器，也要鄭重呼籲中國公開宣示放棄發展及使用大規模毀滅性武器。
八、為避免誤判或擦槍走火，我們建議兩岸應共同 商討劃定軍事緩衝區。雙方機、艦非必要不得進入該區域，若必須進入則應事先知會。
九、鑒於國際上軍事對峙地區如南北韓、印巴之間均有溝通機制，建議兩岸可以參照一九七二年美蘇"海上事件協定"以及一九九八年美中"軍事海上諮商協定"的作法，建立台海軍事安全諮商機制，逐漸形成"海峽行為準則"。
十、台海的穩定應超越朝野黨派及個人利益之上，兩岸關係的和平發展更是全民殷切的期待。唯有臺灣內部團結、政局穩定，才能為兩岸關係的開展創造最有利的條件。
