馬英九是應香港大學新聞及傳媒研究中心邀請，原定於1月12日到香港訪問3天，並在港大舉辦的《從臺北看華文城市的興起》講座中發表專題演講，以及參加科技大學師生座談會，並與美國民間組織百人會進行座談。
馬英九表示，港府在未表明任何理由的情況下拒絕了他的申請。
馬英九過去曾在1998年及2001年兩度前往香港訪問，據瞭解，兩次港簽都是很快就獲得同意，馬英九抵香港時還受到港府的相當禮遇。馬英九說：「兩岸關係似乎是倒退了。」
馬英九說：「無論臺灣人還是香港人都不想看到局勢往這方面發展，這對兩岸關係沒有好處，我們都希望看到和平和繁榮的發展。」
負責核發籤證的香港憲法事務署表示目前尚無法評論此事。
不過，香港《蘋果日報》星期三引述港府匿名官員的話報導，馬英九未能獲得香港簽證是北京的決定，而原因就是，馬英九曾公開批評中國成立旨在抑止臺灣獨立的反分裂法。
同時，《明報》也以一版頭條報導及分析這則消息，《東方日報》、《星島日報》等也幾乎整版報導，而且口徑一致指馬英九因為反對分裂法而無法到港。
《明報》的報導最直接，報導引述一名熟悉港臺事務的全國政協委員說，「你認為這是特區政府能夠決定的？」他說，規劃港臺來往的「錢七條」清楚規定，特區與臺灣間的官方接觸往來，須報請中央人民政府批。
報導說，這一切全因「反分裂國家法」而起。馬英九曾指中國採取這樣的方法，是不必要而且不明智的，會令人認為大陸又在恫嚇臺灣，並呼籲大陸懸崖勒馬。
中國社會科學院臺灣研究所一名資深研究員接受《明報》電話訪問時說，馬英九為了將來競選總統，他反對「反分裂國家法」是可以理解的但中央現已把支持或反對「反分裂國家法」看成大是大非的問題，現在兩岸關係非常敏感，當然不會允許馬英九到港。
但港府為何又「建議」香港大學將研討會延至四月舉行？原因很簡單，屆時「反分裂國家法」已經在全國人大通過，馬英九到港到時會不那麼敏感。
港大新聞及傳媒研究中心總監陳婉瑩已經表示，演講將延至四月。她認為，馬英九未獲發來港簽證是不可思議的決定。
有學者認為，馬英九被拒入境，最主要原因是北京認為兩岸關形勢嚴峻，不想向外界釋出錯誤訊息，「政府歡迎他今年稍後適當時間再訪港」。
《蘋果日報》訪問也獲邀參加港大研討會的民主黨前主席李柱銘銘，他批評北京新領導層態度強硬，會打擊「一國兩制」國際形象，對統一毫無好處。他並認為，外國會覺得香港不僅是「京人治港」，而變成「驚人治港」。
時事評論員劉銳紹批評當局處理這次事件手法不高明，他表示馬英九一直主張反獨，支持兩岸對話交流，這次拒絕他訪港，只會間接打擊臺灣統派力量。
香港中文大學香港亞太研究所研究員黃家英則認為，目前兩岸氣氛嚴峻，若馬英九訪港，可能會向臺灣釋放錯誤訊息，以為兩岸關緩和，所以北京藉此表明立場。
馬英九是首位在1997年中國接管香港之後，在1998年以地方首長身份，正式訪港的臺灣官員。
《亞洲新聞網》
