長期以來，這個簡稱為「中美合作所」的戰時跨國軍事情報合作機構，成了廣為人們熟知的「美蔣罪行」的代名詞。
其實，當時中美合作所並非是為「反共」、「反人民」而建立的法西斯集中營，而是在國際反法西斯統一戰線中建立的跨國軍事情報合作機構。
這種機構那時也並非只此一家。
最先是蘇聯駐華大使館提議，由蘇軍總參謀部與中國國民政府軍委會軍令部協商，建立了中蘇情報合作所。所長由中方的軍令部第二廳廳長楊宣誠兼任，副所長中、蘇各一人，中方為軍令部第二廳副廳長、軍統局主任秘書鄭介民。由軍統局具體操作，主要偵收和研究日軍電訊密碼。蘇方提供了大批電訊器材。該所設於重慶城內來龍巷慶德裡一號，另在南岸黃山上設有電訊偵測電臺，南岸汪山上建有供蘇方人員住宿的兩幢宿舍。
成立不久，因蘇德戰爭爆發，蘇聯無暇東顧而漸少過問。軍統局也認為蘇方提供的電訊器材不夠先進而失去合作熱情。該所建立約三年後撤銷。
接著，在太平洋戰爭爆發前，在上海遭到日本人監視的英國駐華情報首腦門德內哥羅，由軍統局轄下的游擊武裝忠義救國軍借偷運日貨之機將其藏在卡車中護送逃到重慶，他以英國大使館商務參贊的名義提出與中國合組中英特種技術合作所，進行情報交流，英方並表示願意援助武器裝備和派專家幫助中國組建、訓練一支敵後游擊部隊(太平洋戰爭爆發後又決定這支部隊開赴東南亞戰場配合英軍作戰)。
於是，軍統局在1941年9月進行了研究，不久即在重慶近郊沙坪壩紅槽房建立起了中英特種技術合作所，1942年1月又在沙坪壩小龍坎成立了軍統局屬下的別動軍司令部，中英合作所主任及別動軍司令均由前忠義救國軍總指揮周偉龍擔任。戴笠以軍統局原混城隊為基礎，加上軍統局人員，組成了別動軍七個縱隊。原擬開赴東南亞作戰，因此第三縱隊徐光英部已集結於桂南待命。
後來，軍統局在援助及訓練等問題上與英方意見嚴重分歧。
在1942年夏，流亡的法國戴高樂政府也曾派代表來中國，與軍統局談判建立中法特種技術合作所，主要是為了偵譯法國維希傀儡政府的密電。但法方代表對所談事項外行，軍統局方面對這一流亡政府又不大看得上眼，最終未能談妥。
真正合作成功的，是中國與美國聯合建立的中美特種技術合作所。
據參加起草中美特種技術合作協定草案的軍統局軍事情報處少將處長鮑志鴻回憶，美國空軍擊落日本海軍大將山本五十六的座機，就有中美合作所的軍統局人員在電訊偵測和密碼破譯方面的功勞。
同時，中美合作所還建立起了若干為美國海、空軍提供氣象情報的氣象工作站、觀測哨等，這些氣象情報在美軍對太平洋上日佔島嶼展開逐島進攻和轟炸日本本土的軍事行動中，都起了重要作用。戰後美國海軍部的一份報告甚至有這樣的評價：中國方面通過中美合作所向美國提供的日本佔領區軍事及氣象情報，「成為美國太平洋艦隊和在中國沿海的美潛艇攻擊敵海軍的惟一情報來源」。
除去軍事行動外，中美合作所還進行了一些對日心理戰、經濟戰方面的工作。如收聽日偽電臺廣播並用秘密廣播進行干擾和反宣傳，展開宣傳攻勢瓦解日軍士氣，在日偽軍中製造恐慌情緒，鼓舞敵後抗日軍民鬥志；印製汪偽儲蓄券假鈔偷運到淪陷區，擾亂日偽金融，並大量收購日貨與淪陷區物資運回大後方……
抗日戰爭勝利後，按照當初中美合作所成立時《協定》的規定，美方人員分批回國。1946年1月，中美合作所正式宣告結束，經軍統局報蔣介石備案，中美合作所中的軍統局人員回軍統局報到，非軍統局人員則發給三個月薪金資遣。
不過，因為中美合作所的中方負責人是在國民黨內外名聲都不大好的軍統局負責人、特務頭子戴笠，美方副主任梅樂斯又不顧美國當局禁令竭力介入中國國共兩黨衝突的內政，再加上該所訓練的作戰人員、警察和特工，獲得的美式武器與設備器材，後來都被國民黨當局用到了反共內戰中，因此，該所便有了一個「扶蔣反共」 的惡名。在中美合作所撤銷之後，在其原址及其附近發生的監禁、虐待和屠殺政治犯的罪責，也被算到了它的賬上。特別是在1949年國民黨政權在大陸崩潰時發生的對被關押政治犯的集體大屠殺，更被視為「中美合作所大屠殺」，使「中美合作所」聲名狼藉，成為後來反美、反蔣(國民黨)宣傳中的一個重要靶子。許多人不再清楚它當初究竟是個什麼機構，而只以為它是一個血腥恐怖的集中營了。
其實，中美合作所與白公館、渣滓洞監獄並不是一回事。
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