軍方高層證實，原本配置於陸軍第六軍團的復仇者車載型防空飛彈在近期內已悄悄的在機場附近進行機動性移動演練，臺灣陸軍目前共有200餘套復仇者野戰防空飛彈系統，部署於3個軍團，每個軍團分別編一個野戰防空營，一個野戰防空營約須70餘套復仇者，並將之部署3個連，每個連約有27套復仇者系統。
上一次總統大選前，軍方為反制可能出現的斬首行動，曾經將陸軍第六軍團野戰防空營的復仇者飛彈移防到臺北市憲兵司令部內駐防，在選舉過後，這幾部車載型復仇者飛彈又離開臺北市，而最近卻常出現在林口基地與桃園附近遊走。由於車載型復仇者飛彈機動力強，由他擔負起兩岸包機直航反制任務機入侵的把關與立即反制武器，是最適合不過的。
此外，中正機場附近最近也增加包括陸軍特戰第862旅的官兵進駐、甚至連憲兵夜鷹突擊隊也被賦予任務編組，陸軍特戰第862旅與憲兵夜鷹突擊隊及南部海軍陸戰隊特勤中隊與警方的特勤隊是國內四支有名的反恐部隊，這些部隊在中正機場附近確實有機動部署的單位，至於駐地與人員如何調動，軍方目前均以機密為由不便透露與證實，只提到：包機直航雖在安全上有所顧慮，但在配套措施下，國防部認為有能力防範！為臺灣的反制戰力留在深不可測的伏筆。
中時晚報的報導說，對於29日首航，相對大陸各航空公司以兩岸中斷56年民航直航為訴求，且大肆宣傳，臺方卻為避免被誤導包機為兩岸直航，主管機關陸委會已要求各航空代辦大陸民航機首航抵臺的慶祝儀式也要低調些，一切從簡，就連新聞採訪也要求要低度採訪，對媒體還採自然區隔，並希望大陸航空代表只派一位接受採訪，並不得有政治話題，要以商業談話為限。
在臺灣接待大陸航空公司的儀式上，陸委會也規定「處理原則」，強調一切從簡和新聞採訪要低度，且希望時間接近者盡量合併辦理，並希望兩岸同等對待，儀式地點也僅限制在候機室，停機坪不宜辦理活動。
根據瞭解，臺灣各航空公司都接到陸委會指示，包機航線必須經香港、廣州、武漢至北京，上海航線也要經香港廣州再轉，航空公司機師表示，這會多花20分鐘，但香港航管可能會依慣例要求航機到香港後提前北轉；航空公司表示，到時候是航管最大，他們只能聽從航管指揮。
航空公司表示，其實只要不走海峽中線直飛大陸應該就不違反政府規定，但現在政府要求經香港飛航情報區後，還要飛一個大U字型，要多花20分鐘。
另據報導，岸歷史性首航包機將於1/29日開始，屆時北京首都機場與桃園中正機場都會有隆重的歡迎儀式，其中北京將會在第四號維修廠棚舉行，而臺灣則是選在中正機場第二航廈的後機室舉行，預料許多兩岸重量級人士以及國際各大媒體都會出席，兩地負責首航儀式的航空公司地勤人員也莫不積極準備，來歡迎台商和對岸航空公司的到來。
1/29日首航當天，從大陸飛抵桃園中正機場的班機共有六班，其中中華航空共代理了中國國際、中國東方、中國南方和海南航空四家，這四家航空公司也會由中正機場第二航廈離到。
華航發言人韓梁中表示，為了盡地主之誼，華航董事長江耀宗將會親臨現場主持首航儀式，並邀請民航局長張國政參與，來歡迎各航空公司及台商，由於這四家航空公司抵達時間不同，南方航空將於9點30分抵臺，東方航空12點抵臺，而國際航空及南海航空則同時於12點30分抵臺，所以同時會舉辦三場首航歡迎會。不過由於陸委會否決以舞龍舞獅方式迎接大陸航空公司，所以預料1/29日的首航儀式會較簡單隆重。
相對臺灣官方的低調處理，北京方面則會以盛大熱鬧的首航歡迎儀式來迎接中華及長榮航空，屆時少不了一些政治敏感話題，在被問及若北京方面以「歡迎回到祖國！」來迎接時該如何應對，華航與長榮的兩位機長倒是不約而同的說：「我們也歡迎你們到臺灣來！」
