一九八八年，中共中央辦公廳實行機構改革，調整後設置調研究室、秘書局、警衛局、機要局、機要交通局、中直管理局、中央檔案館、毛澤東紀念堂管理局、特別會計室、老幹部局、人事局和機關黨委辦公室等十二個局級機構，編製兩千八百名。
此後，中央信訪局雖然對外仍然號稱中辦、國辦信訪局，但其編製入國務院辦公廳系統。王剛也開始在國務院辦公廳系統支領工薪。一九九零年九月，王剛的編製調回中辦系統，出任中央檔案館常務副館長、機關黨委書記，級別仍為正局級。當時的中央檔案館館為王明哲。
一九九三年十二月，正式接任中央辦公廳主任職務才半年多時間的曾慶紅，親自主持了中共中央辦公廳系統的又一次機構改革，職能作出如下調整：
中央檔案館與國務院系統的國家檔案局合併，升為副部級機構，由中央辦公廳管理；中央保密委員會秘書組與國家保密局合併，由中央辦公廳代管，增加為中央制定黨內法規、領導國家立法具體工作的職能。調整後的中央辦公廳除設有一個副部級機構(中央檔案館)，還有十個職能局。即調研室、秘書局(其中法規室為副局級機構，設在秘書局)、警衛局、機要局、機要交通局、中直管理局、特別會計室、老幹部局、人事局和機關黨委。全部中辦系統(包括中央檔案館)的行政編製為一千三百七十六名，事業編製為兩千四百七十二名，總共為三千八百四十八名。這也是日後王剛擔任中辦主任後全盤掌控的機構規模。
中央檔案館因為與國家檔案局合併升格為副部級的同時，中共中央和國務院分別發出通知，任命王剛為中央檔案館館長和國家檔案局局長。不出一年，王剛又於一九九四年九月被任命為中央辦公廳副主任，除繼續兼任中央檔案館館長暨國家檔案局局長外，還主要負責對國家保密局的領導工作。
王剛是一九九九年三月正式接替曾慶紅中辦主任和中共中央直屬機關工作委員會書記職務的。但在此之前的十五屆一中全會開過之後，也就是一九九七年十月開始，王剛在中央辦公廳副主任的排名便已經移至第一位，被內部通知享受正部級待遇。自此，曾慶紅已經開始以中央書記處書記身份，協助胡錦濤主持相當一部分黨務工作，除中辦、中直機關系統的人事和組織工作，也還負責統戰，及中共中央對外聯絡等。而王剛則開始受命實際主持中辦系統的常務工作。
一九九九年三月正式接替中辦主任職務後，王剛又於一九九九年十二月辭去了中央檔案館館暨國家檔案局局長職務。
毫無疑問，如今的王剛能夠被安排為十六屆中央政治局候補委員、中央書記處書記(毛澤東時期的楊尚昆只是中央書記處候補書記)，那麼他的這一屆中共中央辦公廳主任就是有職有權的。大前提就是前面所分析的那樣，他的政治背景，再加上日後在曾慶紅的領導下堅定、忠誠的政治表現一以貫之，決定了曾慶紅對他信得過，胡錦濤對他推薦過，溫家寶對他欣賞過，江澤民主持的十五屆中央政治局和胡錦濤主持的十五屆中央書記處一致通過。
王剛，男，漢族，１９４２年１０月生，吉林扶餘人，１９７１年６月入黨，１９６７年９月參加工作，吉林大學哲學系哲學專業畢業，大學學歷。
現任中央政治局候補委員、中央書記處書記，中央辦公廳主任，中央直屬機關工委書記。
１９６２．０９－１９６７．０９吉林大學哲學系哲學專業學習
１９６７．０９－１９６８．０７留校待分配
１９６８．０７－１９６９．１１建工部七局八公司宣傳科幹事
１９６９．１１－１９７７．０７建工部七局政治部宣傳處幹事
１９７７．０７－１９８１．１２新疆維吾爾自治區黨委辦公廳秘書
１９８１．１２－１９８５．０１中央對台辦公室正處級秘書
１９８５．０１－１９８６．１１中央辦公廳信訪局副局長
１９８６．１１－１９８７．０８中央辦公廳、國務院辦公廳信訪局副局長
１９８７．０８－１９９０．０９中央辦公廳、國務院辦公廳信訪局常務副局長、黨委書記
１９９０．０９－１９９３．１２中央檔案館常務副館長、機關黨委書記
１９９３．１２－１９９４．０９中央檔案館館長、國家檔案局局長
１９９４．０９－１９９９．０３中央辦公廳副主任，中央檔案館館長、國家檔案局局長
１９９９．０３－１９９９．１２中央辦公廳主任，中央直屬機關工委書記，中央檔案館館長、國家檔案局局長
１９９９．１２－２００２．１１中央辦公廳主任，中央直屬機關工委書記
２００２．１１－中央政治局候補委員、中央書記處書記，中央辦公廳主任，中央直屬機關工委書記
第十五屆中央候補委員，十六屆中央委員、中央政治局候補委員、中央書記處書記。
