扁宋會後，獨派反應隨著時間沉澱越來越激烈。一開始只是語帶譏諷的說要」好好恭喜宋楚瑜」，但因為李登輝的反應，及陳水扁近日發言，益發造成獨派不滿；過去一向力挺陳水扁政府制憲正名主張的總統府資政辜寬敏、吳澧培，國策顧問黃昭堂，無給職國策顧問金美齡等獨派大老，紛紛丟出辭呈以為明志，使得這場綠色風暴一發不可收拾。
然而追究這場矛盾之始，還是要回到李登輝與陳水扁間的微妙關係。
扁李關係本身就存在許多矛盾。李登輝被獨派尊稱為臺灣之父，陳水扁則被視為李登輝接班人，獨派以」臺灣之子」稱之，一位自認是摩西，一位自稱為約書亞，在鞏固政權及臺灣自主的道路上，兩人既相互需要，又無形中相互競爭。需要的是，李登輝需要陳水扁政府給予他卸任後的禮遇與尊重，陳水扁則需要李登輝的台聯黨在政策及意識型態上予以支持；競爭的是，只要有機會，李登輝和陳水扁都將毫不考慮樂意登上臺灣獨立建國的國父寶座。不過因為彼此利益相互結合，兩人一路走來，倒也能彼此扶持，相濡以沫。
然而扁宋會後，坊間即盛傳台聯精神領袖李登輝對扁宋會共識內容十分不滿，李登輝也曾對媒體親口說過扁宋會是」抓鬼的被鬼抓去」，認為陳水扁在會中沒有堅持立場，反而讓對手搶佔上風。媒體報導，李登輝對於扁宋會共識第一條極有意見：「依照中華民國憲法所揭櫫的國家定位，即為兩岸目前在事實與法理上的現狀，此一中華民國主權現狀必須受到兩岸與國際社會的承認與尊重」。據傳李登輝認為，這等於就是承認了「憲法一中」，而且對於陳水扁簽署臺灣主權現狀必須受到「對岸」同意這點，極為不滿。
更糟的是，就在獨派還在私下對扁宋會議論紛紛之際，陳水扁不知為了安撫還是為了卸責，連續兩天爆料指出，扁宋會的促成，是李登輝在立委選後向他建議應進行政黨和解而成的，並表示，對於更改國號一事，不但他在任期內做不到，」就算現在總統給李登輝做，他也做不到」。陳水扁並直言，要在目前國會結構下更改國號其實是」自欺欺人」。
對於陳水扁指出是李登輝促成扁宋會一事，李對此雖未否認，但透過台聯成員轉述看法：」叫他和解，沒叫他賣臺」。
維繫在台獨價值利益上的扁李關係，自此裂痕已深。
台聯方面也開始對陳水扁炮火全開，立院黨團總召羅志明批評說，臺灣之子陳總統站在臺灣之父李登輝的肩膀上，才造就今天本土政權政黨輪替，陳總統應懷有感恩之心，不應瞻前顧後，否則將被人民唾棄。
辭去總統府資政的獨派大老辜寬敏也痛批，陳水扁昨天要制憲、今天改口要修憲，不知道明天又要說什麼，「總是搖搖擺擺，抓不住這個人」。出於對於陳水扁的失望，辜寬敏也表示將不排除接受台聯的邀約，幫助台聯壯大。
就連民進黨內傳出批評陳水扁的聲音，立委王幸男表示，如果台獨建國做不到，陳水扁第一任就該早講，「第二任乾脆選別人。」
事實上，扁宋會後便陸續傳出有民進黨鄉鎮市黨部主委打算加入台聯，台聯亦大開方便之門，不但將入黨費降為新台幣兩百元，更放寬年滿六十五歲黨員可免繳年費。台聯拉人動作明顯，公開喊出「綠卡換金卡」，呼籲民進黨黨員把綠色黨證換成金黃色的台聯黨證。
扁宋會後續效應是否造成台聯壯大，潛在台獨意識被喚起，值得觀察。
無獨有偶，在因應中國制定」反分裂國家法」上頭，民進黨與台聯也大有」各玩各的」之勢。兩黨都選在三月六日當天舉辦反併吞活動，然而不同的是，民進黨的活動在臺北，台聯的活動在高雄，在此敏感時刻，無形予人兩黨南北拚場的印象。
其實，如果回到事件本身，陳水扁與宋楚瑜簽署的十點共識並沒有超出「四不一沒有」範疇，並且是陳水扁在總統任內不只一次宣示過的內容及意涵；真正讓獨派感到失望傷心的是，陳水扁從頭到尾不但沒有強調臺灣意識，甚至以教訓的口吻說「更改國號是自欺欺人」，這才讓一向認為陳水扁是「自己人」的獨派無法接受，終於演變成一場綠色風暴。
扁宋會意外引發獨派反彈雖是始料未及，但或許也提供了一個機會讓臺灣人民思考：當政治人物因選票利益而煽動國家認同、族群議題時，民眾是否仍要不惜造成家人反目、鄰里成仇，滿懷理想而又熱情澎湃的回應？畢竟對於政客多於政治家的臺灣政壇來說，所謂的「理想」，很多時候只是換取選票夢話囈語罷了。
