據俄羅斯《勞動報》報導，1941年底，蘇聯處於異常困難的境地，莫斯科堡壘正在進行殘酷的保衛戰，列寧格勒已被三麵包圍。當時，斯大林當著政治局委員們的面用紅色鉛筆為庫茲涅佐夫寫信，要求他全力保衛列寧格勒，其中有幾句：「親愛的阿列克謝，所有的希望都在你身上。祖國不會忘記你的！」隨後簽名，在信封中放了一包自己最喜歡抽的香菸，立即叫來內務人民委員梅爾庫洛夫，命令他當天使用飛機把這封信送到被圍困的列寧格勒，交給庫茲涅佐夫。據現代歷史學家掌握的情況，這是斯大林一生所寫的唯一一封夾帶禮品的親筆信。
當時，負責列寧格勒保衛戰的蘇聯最高領導人名義上是蘇共政治局第一秘書日丹諾夫，但由於他患神經痛，生理上無法承受震耳欲聾的槍炮聲，大部分時間在地下掩體內度過，實際指揮工作由蘇共政治局第二秘書庫茲涅佐夫全權負責，日丹諾夫曾在斯大林問詢時坦承此事。庫茲涅佐夫不僅要負責領導城市防禦，還要想方設法供應食品，開闢「生命線」，還經常和自己的小兒子一起，戴上頭盔，到前線戰鬥部隊鼓舞士氣。戰爭期間，庫茲涅佐夫成為最受列寧格勒人歡迎的指揮官，軍銜得到提升，同時成為列寧格勒方面軍和沃爾霍夫斯基方面軍軍事委員會成員。
1946年，庫茲涅佐夫被調到莫斯科工作，當選蘇共中央委員會組織局委員，負責克格勃、內務部、中央委員會秘書處的工作，掌管人事。當時，斯大林在與政治局成員談話時，多次公開宣稱庫茲涅佐夫是自己在黨的路線方面的接班人。
職務的迅速升遷、被領袖公開宣布為接班人，使庫茲涅佐夫無意中成為妒忌的主要對象。1948年9月，日丹諾夫突然去世，死因非常蹊蹺，庫茲涅佐夫失去了最有力的保護，隨即就有許多人揭發庫茲涅佐夫的「罪狀」。其中一份告密信中說在庫茲涅佐夫的包庇下，列寧格勒防禦博物館建得比莫斯科防禦博物館還要好。還有人告密稱他在講話中幾乎不提偉大領袖斯大林的名字。
結果，晚年的斯大林對庫茲涅佐夫失去了信任。1949年2月15日，蘇共中央委員會做出決議，解除了庫茲涅佐夫的所有職務，沒有任何解釋。庫茲涅佐夫雖然感到非常意外，但還是比較平靜的接受了這一決定。一年後，他接到通知，到馬林科夫辦公室去一趟，他在動身前還說：「瞧，好了，終於搞清楚了。現在一切都會好起來！」。但他就是在馬林科夫辦公室內被逮捕的，當晚，家裡就被搜查，特工們的第一個問題就是：信在哪裡？或許，貝裡亞擔心庫茲涅佐夫的家人會把斯大林的親筆信送到領袖手中，擔心斯大林會對自己曾經最信任的天才心慈手軟。
1950年，庫茲涅佐夫在列寧格勒法庭接受審訊，否認了所有莫須有的罪名。庭審共持續了幾個小時，法官們商量了幾分鐘，隨後做出審判。一小時後，庫茲涅佐夫被開槍處死。
