北宋年間元符三年(西元1100 年)，文學家蘇軾由海南貶所北歸，途經廣州，來寺禮佛進香，被列於山門大道前的六株綠蔭如蓋的古榕，盤根錯節，氣勢不凡所吸引，見此「六榕美景」，及應寺中僧人道琮之請為寺題字，即揮筆題了「六榕」兩字，骨勁氣昂，莊重厚實，雍容大氣，一派蘇式骨風。「六榕寺」由此聞名。後人敬重蘇東坡遺墨，將「六榕」造一木匾刻字懸掛於寺門之上。
至於「花塔」之名，見於清道光《廣東通志》。塔身朱欄碧瓦，丹柱粉牆，一層層的塔角飛檐，宛如一朵含苞向天開放的棗紅色花瓣，塔剎頂似花蕊心，遙望猶如花朵疊成的衝霄花柱。加上塔身造型外觀華麗壯觀，色彩斑斕，因而又稱「花塔」。是廣州現存最高、最古的建築。
據初唐文學家王勃撰《廣州寶莊嚴寺舍利塔碑》稱，寺院始建於南朝劉宋年間(西元420年∼西元479年)。魏晉南北朝是中國佛教興盛的時期，梁武帝蕭衍，是歷史上推崇佛教的皇帝，在位其間，在全國各地建了大量的寺廟，唐代詩人杜牧所寫「南朝四百八十寺，多少樓臺煙雨中」指的就是這一史實。
寺址於南朝時代原建有「寶莊嚴寺」，南朝梁大同三年（西元537年）梁武帝的母舅曇裕法師從扶南（今柬埔寨）取回佛舍利，廣州刺史蕭裕為迎接這一佛寶，於是在寺內大殿前建造佛塔，名為「寶莊嚴寺舍利塔」。是一平面四角六層華麗的大木塔。南漢時「寶莊嚴寺」改名為「長壽寺」。唐代又曾修葺。塔的根基很有特色，在重修挖開舊塔地基時發現了「九井環基」。由於古時花塔瀕臨珠江（舊時珠江寬達2公里），適應臨近江邊地下水位較高的地形之故，建塔的先民們為了保護塔基，先沿著塔基，像打井一樣，以堅固的花崗岩石砌筑9個水井，並相互連環依托，形成一個「梅花九井樁環列地基」，然後在上面建造高塔。北宋《重修廣州淨慧寺塔碑記》中記載：「廣其基以為四十五尺」。按宋尺折算，井樁位置在今塔身與副階之間。現經科學測量，目前的花塔塔身雖然傾斜了1.7米，但塔基仍然非常穩固。
塔重建後，下瘞佛牙舍利，龕藏賢劫千尊佛像，故名「千佛塔」。北宋初，寺、塔俱毀於火，北宋端拱二年（西元989年）重建寺院，重修時，該寺僧人供奉佛教禪宗六祖慧能，以修淨業，遂改名為「淨慧寺」。紹聖四年（西元1097年），南海人林修於舍利塔舊址重新建立磚塔。後又多次毀損重建，但塔的主體仍維持宋代原樣。
明朝成祖永樂九年(西元1141年)，將「淨慧禪寺」改寺名為「六榕寺」，改「千佛塔」為「六榕塔」，又名「花塔」。清咸豐六年（西元1856年），遭颱風侵襲，塔頂墜地毀損。清同治十三年（西元1874年），清皇室撥出巨款大加修繕，僅僅修建塔身就用掉了長1尺5分、寬5寸、厚17分的大青磚6萬多塊，動用泥匠、木匠、石匠、書匠、油漆等修塔工人共一萬九千多人。
民國24年（西元1936年）刻制的《重修六榕花塔工程記》銅碑，記有修建佛塔的高度、級數和所用磚、瓦、石、銅、鐵等建築材料的用量。並有塔的立面和平面解剖圖。圖碑線條清晰，輪廓準確，具有一定的的歷史和藝術價值。西元1980年修葺時，在塔壁發現多處「銘文磚」，刻著「廣州淨慧寺寶塔磚勸首林主持轉運司監勸史首王」文字（按：林修曾任寶雞縣主簿）。
六榕花塔為仿樓閣式穿壁繞平座結構磚木塔，平面呈八角形，外觀九層，每級皆有暗層共八層，總層數為17層。塔高57、6米，與杭州的「六和塔」構筑相似，是嶺南地區現存最高的宋代古塔。銅質塔剎為元至正十八年（西元1358年）鑄造的千佛大銅柱，中國古塔之罕見。身上有1023尊浮雕小佛，還有彩雲繚繞的天宮寶塔圖。千佛銅柱連同頂上的火焰寶珠、雙龍寶珠、九霄盤、覆盤以及八根鐵鏈等各種構件，重量超過5噸，莊嚴絢麗，蔚為壯觀。
塔的首層直徑12米，外設副階。梯作穿塔壁繞平座式。各層塔身素壁丹柱，皆有迴廊圍繞，塔檐以綠琉璃瓦覆頂，檐端微翹如振翅欲飛之狀。塔身除斗拱及樓層以木製之外，各層疊澀砌磚挑承平座和瓦檐，並且逐層向內收縮。從塔形、闌額上施普柏枋、圓護斗等形制上看，塔身基本保存了宋代重建時的風貌。晚清重修的首層副階及各層琉璃瓦檐出檐較淺，則為清代的形式和風格。
寺內有清代康熙二年(西元1663年)間鑄的三尊大型黃銅精鑄佛像，大佛像每尊高達6米，重10噸，觀音像高4米，重5噸，都是很珍貴的文物。在同一寺宇中有如此多的銅鑄佛像，是極為少見的。寺中的六祖堂內保存有北宋端拱二年（西元989年）澆鑄的禪宗六祖慧能紫銅像。它是按六祖國統一真人真身鑄造的像，高1、8米，重千餘斤，法貌莊嚴，垂目禪坐，栩栩如生，衣褶流暢，質感鮮明，為宋代雕鑄之傑作，佛門藝術之珍品。
寺內還有碑廊，保存著自宋至清的碑石20 余方，圖文記載了寺塔的歷史沿革。其中與六榕花塔有關的碑記，除宋紹聖四年（西元1007年）趙叔盎撰並書，南宋、明再刻的《重修廣州淨慧寺塔碑記》外，還有《塔內八十八佛聖像圖》碑，其上描刻有明萬曆四十六年（西元1618年）重修塔上的88尊佛像及佛名。清同治十三年（西元1874年）重修花塔，由關聖華塑像後依原樣重塑佛像，同時立碑。清光緒六年（西元1880年）的《廣州六榕寺佛塔圖》碑，正中刻有六榕寺塔全圖。
六榕寺在廣州及珠三角一帶可謂婦孺皆知，每天有大量的遊客和善男信女前往燒香祈福。但歷史上六榕塔曾多次放光，恐怕知者不多。自唐代起至上世紀有過多次放光的記錄。寶塔生光，自然引人入勝，六榕塔頂放光顯神跡成為千年佳話。
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