最近公布的「911」主要策劃者卡利德的供詞顯示，「基地」組織花了很長時間來選擇攻擊目標：是襲擊白宮或者賓夕法尼亞州的一座核電站？陰謀的組織者精心選拔了執行任務的人員，向他們傳授如何申請簽證、如何割別人的喉嚨（他們在羊和駱駝身上練習了這一技術）。儘管粗心大意的下級犯了許多錯誤，本拉登要求提前實施襲擊，但卡利德仍試圖按計畫實施這一陰謀。出生在巴基斯坦、在美國接受過工程師培訓的卡利德認為，簡單是成功的關鍵要素。
卡利德在被捕後的供詞稱：「我知道西方的思維不會想到這一主意，他們很難相信『基地』組織高層不知道它的成員所開展的行動，但我們就是這樣作的。我們不向我們的上層呈送書面報告。我只向上級作了一次有關「911」的口頭匯報。」卡利德看起來是一個實地工作的中層經理，他通過在巴基斯坦購買的一本聖迭哥電話本尋找英語和飛行學校，但是他授權其他人來完成其它準備工作。他讓一名「基地」組織成員來教授劫機者如何使用匕首、如何衝入機艙。他允許劫機者頭目阿塔來作出攻擊目標和時間的最後決定。本拉登曾多次要求卡利德提前行動，他曾要求於2001年5月12日發動攻擊，但卡利德沒有聽從本拉登的命令。
如果卡利德的指導原則是簡單性，那麼美國政府則依靠互相爭鬥的情報機構內的眾多部門來調查潛在的恐怖威脅。中情局掌握了有關兩名劫機者的許多情報，但是聯邦調查局卻不知道這兩名劫機者已在聖迭哥定居。卡利德指示他們「花時間去參觀博物館和樂園以偽裝成遊客。」聯邦調查局的數名特工對線索進行了跟蹤，但是他們未能引起聯邦調查局高層反恐官員的關注。聯邦調查局特工薩米特在一份備忘錄中稱，穆薩維是一名危險的伊斯蘭極端分子，他學習駕駛波音747-400 看起來可能是一個可怕陰謀的一部分。他呼籲總部盡快採取行動，因為現在不知道穆薩維的計畫已進入到何種階段、他還有多少同謀者。
但是對於高層官員來說，穆薩維可能只是數十名值得調查的恐怖疑犯中的一個。薩米特稱，華盛頓的一名聯邦調查局官員在對他申請搜查穆薩維財產的備忘錄進行編輯時刪除了重要的細節，這名官員稱，申請搜查證可能會影響一名特工的職業生涯。
「911」獨立調查會成員、前民主黨國會議員羅莫爾稱，一個龐大的官僚機構試圖應對一個小型化的、具有很高靈活性敵人威脅的狀況給人留下了深刻的印象。羅莫爾稱：「這就像是一頭大象試圖與蛇對決。基地組織和卡利德給人留下的印象是他們能修正計畫，讓新的成員加入他們的計畫，並能積極應對日常的挑戰。而美國政府的行為則幾乎完全相反。我們沒有及時進行變化和調整。我們正在建設一個龐大的官僚機構。」
