蒙醫學是蒙古民族以傳統醫療實踐經驗為基礎，吸收藏醫及古代印度醫的部分基礎理論和漢醫知識所形成的獨特而完整的民族醫學體系。
13世紀初，元太祖成吉思汗統一全蒙古民族以後，同國內各兄弟民族，特別是同漢族之間的往來更加密切，與印度、阿拉伯和歐洲等國家和地區的通商及文化交流也隨之開始。於是蒙古民族的經濟文化也得以發展，有了手工業，創造了蒙古文字。西藏醫學家宇妥·元丹貢布所著的《四部醫典》裡，也有"蒙古灸"的記載，並在《宇妥·元丹貢布傳略》一書中提到"蒙古放血療法"。常年馳騁在廣闊草原上的古代蒙古人，經常發生戰傷、摔傷、骨折等疾病，客觀要求他們不斷摸索克服這些病症的方法。因此，正骨、正腦療法也是早期蒙醫的重要內容之一。還有對傷口的"燒灼療法"、重傷者的"腹罨療法"(即把牛或駱駝的腹腔剖開，將傷者放 入，利用其溫施療)。
在元代，飲食療法得到較為系統的總結和發展。著名的元代宮廷飲膳太醫、蒙古族營養學家忽思慧所著的《飲膳正要》中，記載大量的蒙古族飲食衛生及飲食療法的內容。如常用的馬奶、牛骨髓、乳酪及營養衛生的內容在該書中佔有相當的比重。此書在祖國醫學營養學中佔有重要的歷史地位。蒙漢兩族醫藥很早就有交流。隨·巢元方《諸病源候論》中就載有很多北方民族的醫療衛生知識。許多北方少數民族醫家則致力於研究漢醫，並介紹到蒙古地區。如宋《聖濟總錄》在南宋時即已散失，後由"夷狄"所存的抄本得以保存。遼代的耶律庶成則把一些漢醫學的方面的書譯成少數民族文字廣泛傳播。還有直魯古寫出《脈訣針灸書》一卷受到中原人民的重視，在明人陳弟編的《世善堂藏書目錄》中仍有著錄。元代蒙醫學家沙圖穆蘇用漢文撰成《瑞竹堂經驗方》十五卷，書中反映出蒙醫學的某些特點，如治療風寒濕痺的方劑較多，該書所載方劑達數百首，其中有些方劑實用而有效，至今仍為醫家所樂用，如《八珍散》、《四味香附丸》等方劑，均出自該書。用沙漠中生長的地錦草乳汁治療創傷的方法，至今仍在應用。森林地帶的蒙古人對草藥的知識尤為豐富。如14世紀拉西德丁所著的 《史集》中記載："兀刺速惕、帖良古惕和客思的迷等這些蒙古部落的人，不但熟悉蒙古藥劑，並以蒙古療法醫病之事，頗有盛名。
隨著與國內各兄弟民族和阿拉伯、印度以及歐洲國家之間的經濟文化交流不斷發展，蒙古肉蓯蓉和動物性藥物傳到內地和國外；同時，內地和外國的藥物也傳入蒙古地區，促進了蒙藥的發展。
14世紀，蒙古族翻譯家沙拉布僧格，將古代印度巨著《金光明最勝王經》從維文、藏文譯成蒙文。在該書第24章裡摘述《聖心八部醫法秘書》中的"平息由赫依、希拉、巴達干引起的疾病和聚合性病症的理論"。隨而古代印度醫學的部分基本理論初次傳播於蒙古地區。16世紀，明代中、末葉隨著西藏喇嘛黃教輸入蒙古，藏醫也隨之而來到蒙古地區。1576年，藏醫經典著作《四部醫典》傳到蒙古。印度佛教巨著《丹珠爾經》於17世紀末被譯成蒙文其中包括古代印度醫學巨著《壽命吠陀(八支心要集)》。對蒙醫的發展起了重要作用。蒙醫吸收了藏醫學及古代印度醫學的以陰陽、五元學說為基礎的赫依、希拉、巴達干理論和七要素理論以及漢醫知識，結合蒙古地區特點及民間療法，創造性加以改造和發展。在18世紀時，已經形成了以寒熱理論為主導的理論體系。湧現出許多蒙古族醫學家，編寫註解和補充《四部醫典》的書以及其它醫著，對蒙醫學的發展做出很大貢獻。
在《四部醫典》裡，對寒熱症，雖有"所有疾病歸納起來有寒熱兩類"的觀點，但沒有專述"寒症"的篇章。18世紀蒙古族醫學家伊希巴拉吉爾，將《四部醫典》的理論同多發寒症之蒙古地區的特點和蒙古傳統醫學的《寒症》理論加以結合，在他所著的《甘露四部》中，把"寒症"、"熱症"兩章列於"十要症"之首位，並寫了"寒熱相搏"、"寒熱互相轉化"等數章，豐富發 展了"寒熱症理論"。
關於六基證，在《四部醫典》裡只歸納為寒熱兩類，而末提為基證。伊氏在《甘露之泉》中，對生理、病理、診斷、治療原則和方法等，從理論上作了精闢闡述。並提出："在赫依病、希拉病、巴達干病三病之上，加血病、黃水病和蟲病三者則為六基證"。又在《甘露點摘》一書中，伊氏重點論述臨證各科疾病的治療外，還附加了腹泄劑等7種療法和溫泉浴等5種術療，並對他提出的"六基證"理論作了進一步的補充。外科學方面的理論和技術也有很大發展。如清代蒙醫、傑出的手術家綽爾濟墨爾根對於糾正四肢不能屈仲的關節脫臼、骨折等，常能手到病除，整復如舊。同代蒙醫覺羅·伊桑阿，採用冰凍麻醉法，切開整復粉碎骨折，使其聯綴，然後用桑白線縫合，效果很好。他還招收了許多徒弟，在傳授醫術方面進行嚴格訓練，作出很大貢獻。雍正六年(1728年)，俄羅斯還派遣了徒弟，向他學習蒙古正骨術。伊希巴拉吉爾把蒙古正骨術、創傷醫治術等傳統醫療經驗結合理論編寫了很多文章；如在《甘露四部》中，他詳盡地論述了"創傷醫治術"、"骨傷療法"、"脫臼復位術"和"腦震盪療法"等之理論與實際操作的內容。
對疾病的診斷方面，有奠基於《四部醫典》理論的、以問、望、切三診為主的診斷學。18世紀，羅布僧蘇勒和木寫的《脈診概要》和伊希巴拉吉爾的《甘露之泉》的"診病之法"章裡所述的"切脈、檢尿、問診、憑經驗診察、舍取診察"等五種診察法；伊之《白露醫法從新》中的外傷和脫臼的診察法，《甘露點滴》中的"蒙古正腦術"等，都是把傳統診病方法與理論相結合的產物。又如羅布桑卻因泊勒的《蒙醫藥選編》、吉格木德丹金扎木蘇的《觀者之喜》、伊喜丹增旺吉拉的《珊瑚驗方》等書，對疾病的診斷，均有專章論述。隨著醫療技術的更加提高和理論體系的更加完善，按人體結構和疾病種類，逐漸有了分科。如伊氏的《白露醫法從新》，是一部以臨證各科為主的著作，分成內科、熱病科、傳染病科、五官科、臟腑病科、婦科、兒科、雜病、胎瘡、外傷、突發病以及各種中毒症等十三個大科。並附入脈診、尿診、腹瀉劑、脈瀉劑、湧吐劑、配藥須知事項、藥物炮製法，灸針放血穴位等內容。蒙古人在幾百年前首先發現鼠疫的傳染源之一旱獺，伊氏寫入了本書。
醫學教育方面，古時，醫學教育主要由祖、父輩傳授於子孫，或者拜師學醫。後來到明末清初，像綽爾濟墨爾根、伊桑阿等名醫，以帶徒方式培養繼承人。17世紀以後，隨著喇嘛黃教的傳佈，蒙古各地修建很多寺廟，較大的寺廟裡成立了叫"滿巴拉倉"的蒙醫學校，開始進行有組織有系統的醫學教育。這種學校雖屬寺廟，且有佛學教育的形式，徒弟皆為喇嘛，但在當時歷史階段，成為醫學教育的基地而為蒙醫學的發展起到應有的作用。如近代著名蒙醫學家多數出自這種學校。
蒙醫理論體系
蒙醫學的理論體系是以整體觀念為指導的樸素的唯物論和自發的辯證法為主導。在蒙醫學理論中陰陽，五元、三根、七素、三穢是生理、病理、診斷治療原則的辯證理論基礎。
蒙醫學自古以來以陰陽變化的相互關係來說明人體的組織結構、生理功能、病理變化疾病的診斷和治療以及確定治療原則。
五元學說成為蒙醫學理論體系的綱要，分別歸屬於土、水、火、氣、空。蒙醫學認為人體是一個統一的有機整體，其各個部分之間都有密切聯繫，這種相互聯繫和構成，均和五大元素密切相關。
三根是人體賴以進行生命活動的三種能量和基本物質——赫依、希拉、巴達干的簡稱。三根的功能不僅表現在正常的生理活動中，同樣也表現在異常的病理變化中。
七素為構成人體的基礎物質——飲食精華、血、肉、脂肪、骨、骨髓及精液。七素在有機整體的內部運動中屬陰性範疇，有顯示人體第二特性的作用。七素內部也存在著引起矛盾運動的因素。
所謂的三穢指人體吸收食物的養分後，污物、殘渣以大便的形式排出體外；存在於人體內的糟粕以尿的形式排出；汗液能使皮膚潤潔，起固表的作用。
病理學是以陰陽學說為主導，以人體基本組成部分之五元、三根七素的相對抗關係為基礎，研究發病原因、因素、病變過程，同時分析研究病因、發病部位及疾病本質的學科。
診斷學是蒙醫學的重要組成部分。它是以蒙醫學基礎理論為依據，指導臨床實踐的一門科學。在基礎理論的指導下，以問、望、切三診方法從整體觀念出發，重視疾病的客觀反映與內在病變的聯繫，對疾病進行行之有效的診斷。
蒙醫學中以重治病因為前提的原則是治療疾病時必須堅持的基本原則，也是就是治療原則。其一，針對病因施治，其二，結合病情，辯證施治。
蒙醫學根據自己的理論體系，研究人體形成，生長發育，衰老，死亡等生命活動的規律，在此基礎上，開展防病治病和使人延年益壽的工作。任何醫學理論體系都來 源於臨床實踐，又反過來指導臨床實踐的。蒙醫學也不例外，在漫長的歷史發展中與疾病鬥爭中積累了豐富的傳統醫療實踐經驗，在樸素的唯物論和自發的辯證法思 想的影響和指導下，不斷地得到充實和提高逐步形成了獨特的民族醫學理論體系。
陰陽學說
陰陽學說是我國哲學的一對範疇。古代思想家用以解釋自然界一切事物相互對立而又統一的樸素的唯物論和自發的辯證法思想。民族社會時期的北方諸民族把上天看 作獲生的根源-——陽，把世界看作上天的徵兆——陰。據蒙古古代史及許多文學藝術作品中記載，古代蒙古人稱蒼穹為"父天"，稱世界為"母地"。這是在蒙古民族中形成陰陽概念的根源。蒙醫學理論就是在對自然界有了這種認識的基礎上發展起來的。從元代開始蒙古人能夠應用陰陽概念來解釋醫學的某些內容，到16世紀末，陰陽學說成為蒙醫學理論體系的重要組成部分。陰陽學說認為，世界是物質性的整體，是陰陽二氣對立統一的結果。所以宇宙間的任何事物都包含著陰陽相互對立的兩個方面。如白晝和黑夜，晴天與陰天，熱與冷、動與靜等。一般地說，凡是活動、上升的、明顯的、進行的、無形的、輕清的、功能亢進的或屬於功能方面的都屬於陽；而凡是靜止的、下降的、隱晦的、退行性的、有形的、重濁的、功能衰退的或屬於物質方面的都屬於陰。例如，天和地，則天為陽，地為陰。因為天在上，故屬陽，地在下，故屬陰。火與水，則火為陽，水為陰。因為火性熱而上炎故屬陽，水性寒而下走故屬陰。從事物的運動變化來看，當事物處於沉靜狀態時便屬 陰，處於躁動狀態時便屬陽。由此可見，陰陽即可代表兩個相互對立的事物，也可代表同一事物內部所存在的相互對立的兩個方面。
事物的陰陽屬性還具有無窮的可分性，即陰陽之中還可以再分陰陽。晝與夜，晝為陽，夜為陰。但白晝之中又可以有上午與下午之分，則上午為陽中之陽，下午為陽中之 陰。夜又有前半夜和後半夜之分，則前半夜為陰中之陰，後半夜為陰中之陽。由此可見，宇宙間的任何事物都可以概括為陰和陽兩類，任何一種事物的內部又可分為 陰陽兩個方面。而每一事物中的陰或陽的任何一方，還可以再分陰陽，以至無窮。
陰與陽兩個方面，既是對立的，又是相互依存的，任何一方都不能脫離另一方而獨立地存在。沒有陰就無所謂陽，沒有陽也無所謂陰，猶如沒有上就沒有下，沒有下 就沒有上一樣。所謂寒，是相對熱而言，若沒有寒，熱也就無從談起。因此，陰陽之間是相互依存、相互消長的，每一方都以另一方為存在條件。如構成人體和維持 生命活動的決定性因素——五元與七素致病因素——三弊與七素，由偏盛偏衰及紊亂所引起的疾病與四施；構成人體之父母精血，熱症與寒症等都無不以另一方為其存在的條件。但是，事物陰陽屬性並不是絕對不變的，而是相對的，二者在一定條件下也可以互相轉化。當陰陽兩者不斷的變化，發展到一定的階段，陰可以轉化為陽，陽可以轉化為陰，如構成人體和維持生命活動的決定性因素--五元與七素，致病因素之三弊與七素；病因方面，由於偏盛偏衰以及紊亂所引起的疾病和四施；構成人體之父母精血；疾病本質方面熱症與寒症等，都無不以另一方為其存在的條件。
陰陽學之原理反映物質與熱能、結構與功能之對立統一的關係。如人體所有器官的功能，得到飲食營養才能發揮作用，相對而言，飲食營養物質則賴以胃、腸、肝等臟腑的消化功能才能變成對人體有用的滋養精華。從自然界氣候的變化來解釋，一年四季的往來，是陰陽盛衰和進退的一種形式。隨著氣候的變化，人體內的陰陽亦相應地發生變化。如春季為陽氣初升，草木萌生季節，在體內則火元素所藏，血、希拉所舍之肝木脈旺盛而運行之時，故脈搏細而跳動。冬季為陰氣上升，氣候寒冷，水土冰凍季節，在臟腑為水元素所藏，巴達干所舍之腎水脈旺盛而運行之時，故脈搏柔和而遲緩。以上所述，就是隨著自然界氣候的變化導致人體內陰陽之亢盛與衰弱的現象。陽陰的相互對立、依存、消長、轉化幾方面的關係，是陰陽學說的基本內容。而這些內容不是孤立的，而是相互聯繫、相互影響、互為因果的。
蒙醫學運用陰陽變化的相互關係來說明人體的組織結構、生理功能、病理變化和探求藥物性能，並廣泛用於疾病的診斷和治療以及確定治療原則等方面。
