●虛開增值稅發票的罪名並不能成立，因該交易只涉及上市公司操作，未涉及偷稅漏稅；
●案件全部由檢察機關完成，該過程違反了《刑事訴訟法》關於職能管轄的規定，即對非公務人員的涉稅案件，應由公安機關立案偵查；
●周正毅揭發上海市檢察院某現任領導家屬受賄的"立功事實"，未獲公訴人和一審法院的認定。
周正毅案件餘波未平，昨日，周正毅律師向南都記者確認，他們已正式向一審法院提起上訴，該案將從上海市第二中級人民法院移交到上海市高級人民法院再審理。據律師透露，周正毅案的上訴材料中訴請依法撤銷一審判決中的錯誤判決，"對上訴人宣告無罪或改判免除處罰"，以及撤銷一審關於追繳違法所得的判決。
稱最重罪名的適用法律有誤
11月30日，上海市第二中級人民法院對"上海首富"周正毅宣判，犯單位行賄罪、對企業人員行賄罪、虛開增值稅專用發票罪和挪用資金罪，數罪並罰，判處有期徒刑16年。
其中，虛開增值稅專用發票是周正毅此次獲刑最重的一項罪名。根據檢方指控，1999年至2003年間，農凱集團和周正毅為達到向銀行貼現的目的，在農凱集團與15家關聯企業以及利源公司之間進行電解銅虛假交易，虛開電解銅增值稅專用發票4.02萬餘份，涉及電解銅虛假交易161.87萬噸，價稅合計 260.01億余元，稅額37.78億余元。
但周正毅律師團認為，這個判罰在認定事實和適用法律上有錯誤，虛開增值稅發票的罪名並不能成立。他們指出，因為交易只是涉及到上市公司操作，並未涉及到偷稅漏稅行為。
此外，律師團還對此次立案偵查的程序持有異議。此次周正毅的案件全部由檢察機關完成，包括虛開增值稅發票這一項。周正毅的律師認為，這個過程違反了《刑事訴訟法》關於職能管轄的規定。即對非公務人員的涉稅案件，應由公安機關立案偵查。
周正毅律師馬舒寧告訴記者，這次上訴並不僅是因為律師們持有法律程序和細節上的異議，也是周正毅自己的意思。上訴狀在交給一審上海市第二中級人民法院之後，將由原審法院連同卷宗材料一起轉給上海市高級人民法院。
要求認定其"立功事實"
另據《財經》雜誌報導，周正毅在上訴狀中提到，其揭發上海市檢察院某現任領導家屬受賄的"立功事實"，未獲公訴人和一審法院的認定，周曾要求對自己因舉報而遭打擊報復和刑訊逼供進行調查，一審法院也未予任何結論。
對此，上海市檢察院副檢察長、第一新聞發言人鄒傳紀對《財經》雜誌表示，周正毅一案由專案組負責，並不清楚上述情況是否屬實。
農凱集團亦在上訴狀中提請二審法院"對上訴人虛開增值稅專用發票罪宣告無罪"，以及撤銷對違法所得的追繳。
香港對周正毅的通緝仍有效
在11月30日上海市二中院的宣判中，周正毅被判有期徒刑16年，其單位農凱集團被處罰金人民幣335萬元。
此外，香港廉政公署對周正毅的通緝目前仍然有效，周被指控犯有"串謀詐騙"和"公司董事作出虛假陳述"兩項罪名。但是，中國內地與香港之間目前並無引渡協議，儘管周已在上海受審，但香港方面仍然無法追究周正毅的法律責任，這也將成為周案遺留下來的另一司法懸念。
