由於地震之後造成的損害，四川災區現在正面臨水庫決堤風險以及堰塞湖崩潰的洪水危機，同時各項疾病的威脅亦開始出現。
紫坪鋪水庫大壩
根據蘋果日報報導，中國水利部部長陳雷在星期四坦承，目前地震災區的水庫、水電站及堰塞湖的防洪出現問題，尤其四川省的水庫多，情況叫人擔憂。
估計四川省和重慶市共有520座水庫出現裂縫或呈現危險狀態。已經有2250年歷史的都江堰，其"魚嘴分水堤"出現了裂縫，外江閘管理房以及備用電機房倒塌。
美聯社的新聞照片顯示，在都江堰上游的紫坪鋪水庫，因為地震出現了裂縫。另根據路透社報導，都江堰西北方的聯合華水庫，已經出現了拳頭可以放進去的大裂縫。而太平驛電站水庫則隨時有崩塌危險，當地上百萬居民生命受到嚴重威脅。
*堰塞湖可能造成洪水*
而臺灣的福爾摩沙衛星二號所拍攝的災區空照圖，則顯示出災情慘重的北川縣由於地震造成山崩，崩落的土石阻斷河流而形成至少三個堰塞湖，總面積達到0.287平方公里，也就是約四十個足球場那麼大，最大的面積有0.15平方公里。而北川地區山坡崩塌面積達到1442公頃
這些出現裂縫的水庫以及地震後形成的堰塞湖，將可能因為下大雨之後，蓄積的水壓過大而潰決，到時將在原本就已受創極深的地震災區，造成洪水災害。
*泥石流可能持續多年*
此外，由於下雨地滑，以及接下來的餘震，也將形成泥石流。根據評估，這種大地震之後的泥石流可能持續二、三十年之久。災後除了防止各式各樣的二度災害，還必須進行多年持續的整治工作。
*震災之後防病災*
隨著氣溫逐漸升高，災區衛生設施遭到破壞，四川地區瘴癘之氣又重，各種傳染病的威脅也逐漸升高。根據蘋果日報的報導，德陽市下轄的棉竹市等地，已經陸續傳出倖存兒童出現紅疹症。
根據香港星島日報報導， 醫生無國界組織香港辦事處幹事李璧君表示，由於災區嚴重缺乏有效醫藥，許多在地震中受傷的骨折病患已經開始出現併發症。
而臺灣聯合報引用新京報的報導說，北川縣城罹難者的屍體嚴重腐爛，並且散發出屍臭。綿陽市疾病控制中心副主任李六林表示， 北川地處澗河上游，目前屍體腐爛，已經對河水造成污染。加上天氣炎熱，腦炎、瘧疾、霍亂、肝炎和傷寒都有爆發的潛在危險。
根據中國官方說法，本次地震已經至少造成接近2萬9千人死亡，估計死亡人數可能超過5萬人。至少有五百萬人無家可歸。
