聯合國人權理事會每年於3－4月間在瑞士日內瓦召開的例定大會，其年度報告則記錄了各人權機制及特派專員們過去一年中所接收到的人權侵權個案對侵犯人權的政府所做的質詢，以及回覆和解釋。這些年度報告直接就是對各國政府人權狀況的評分。
隨著國際社會對中共迫害法輪功問題給予的關注與日俱增。在2007、2008連續兩年的人權大會年度報告中，收錄了更多中共對法輪功迫害的個案，記述也更加詳細。
雖然對於別的國家提出的質詢，中共當局從不承認對法輪功學員有過任何人身傷害，但在對一些聯合緊急質詢的答覆中，不得不承認包括警察對兩位女性法輪功學員實施強姦等事實。
2001年以來，"法輪功人權"幫助遭到迫害的法輪功學員遞交的多起個案案例得到聯合國相關機構和人員的高度關注。中共的迫害醜事也更多的在全球曝光。
年度報告重點關注的嚴重案例
** （聯合國"宗教信仰自由"特派專員與"酷刑問題"特派專員、"針對婦女暴力"特派專員於2005年12月29日所作的聯合緊急質詢）根據接獲信息， 2005年11月24日晚，一位51歲的女性法輪功學員被警察綁架，她的家被抄，法輪功資料被搜走。她被帶到河北省涿州市東城坊派出所，在那裡她被拷問、毆打、電擊。
約在2005年11月25日下午2：00左右，一個警察把她帶到一個房間裡對其進行猥褻，並用電棍電擊她的乳房。另一個警察進入房間強姦了她，強姦過程中還遭到毆打。
隨後該警察又帶進另一名42歲的女性將其強姦。
兩起強姦過程中都有另一名警察在場，而他並沒有作出任何阻止。
（註：中共當局對此聯合緊急質詢的答覆中，承認了兩位女性法輪功學員被強姦的事實。而對於別的國家提出的質詢，中共從不承認對法輪功學員有過任何人身傷害）
**（聯合國"宗教信仰自由"特派專員與"酷刑問題"特派專員、"拐賣人口、尤其是婦女兒童"特派專員於2006年8月11日所作的聯合緊急質詢）根據申訴，在中國境內大量地區內的大批法輪功學員被強迫進行活體器官摘除，以用於商業目的。
自2001年開始，遼寧省瀋陽市蘇家屯醫院系統化的活體摘除法輪功學員的心、肝、腎、眼角膜等重要器官。法輪功學員被注射針劑以引起心力衰竭，然後在摘取器官的過程中被殺死或隨後殺死。
從不同地區的羈押系統的官員收集的信息顯示：法院也被利用作為有組織化活體摘除法輪功學員器官的工具。
即便依中國衛生部副部長黃傑夫2005年陳述，中國的死刑犯人相當一部分捐獻了他們的器官；但是，中國的器官移植數量遠遠大於這種可辨識器官來源的移植數量。
而且，其廣告中所宣稱的極短的等待時間顯示了電腦化匹配系統和數量龐大的活體器官源的存在。
而2000年後中國的器官移植手術暴增，這種和對法輪功的迫害在時間上的一致，使得對法輪功學員的大面積活摘器官成為上述實際移植數量遠大於可辨識器官來源的移植數量這一矛盾獲的最有效的解釋。
證據顯示，至少截至2006年4月中國的器官移植的價目表一直在網路上公開。
根據2006年3月報導，中國已立法來禁止人體器官買賣，並要求捐贈者出具書面許可，同時將可執行器官移植手術的醫院予以限定。該法律於2006年7月1日實施。中國政府據此宣布：人體器官買賣在中國已被禁止。
但根據信息來源，截至本報告擬定時間（2007年3月8日），中國政府一直允許人體器官買賣，一直未要求移植手術必須具有捐贈者的書面認可，一直未對可執行器官移植手術的醫院進行限定，一直未要求執行手術的機構驗證器官來源，也一直未成立移植倫理委員會來事先批准移植手術。
**（聯合國"宗教信仰自由"特派專員與"任意拘禁"工作組首席特派專員、"酷刑問題"特派專員於2006年12月1日所作的聯合緊急質詢）據投訴，吉林法輪功學員張宏偉於2001年在北京被捕，被判11年有期徒刑。
張宏偉後來被轉移到長春市鐵北監獄。他在那裡進行了53天的絕食抗議，隨後於2002年3月被轉至吉林監獄。他被關"獨居"兩年零五個月，並被虐待。
2006年初，張先生被診斷患上了III型肺結核，胸內積水。
2006年3月他又被診斷患上了胸膜炎、高血壓和心臟病。他被轉至監獄醫院後，卻仍在那裡被獄警虐待。
家人多次要求保外就醫並查看X光透視圖，均被拒絕。甚至，家人被拒絕與其會面。
**（聯合國"宗教信仰自由"特派專員與"任意拘禁"工作組首席特派專員所作的聯合緊急質詢）據接獲信息，法輪功學員曹東，於2006年5月21日在北京會見了歐洲議會副主席愛德華·麥克米蘭-斯考特先生（Mr. Edward McMillan-Scott）。此次會面後，他即被逮捕，並被關押在甘肅省國安局看守所。
目前他的關押地點尚不知，家人被禁止與其會面。
甘肅當地政府通知其家人說他即將被審。此前曹東曾因為修煉法輪功被行政拘留。
收錄中共對法輪功迫害個案更多，記述也更加詳細
在2007年聯合國人權大會年度報告中記述，已將針對以下個案的質詢發送中國政府：
**（聯合國"宗教信仰自由"特派專員與"針對婦女暴力"特派專員於2005年9月13日所作的聯合緊急質詢）2002年5月21日，居住在中國遼寧省瀋陽市鐵西區的任淑傑女士（42歲）因修煉法輪功被警察非法抓捕。她隨後被判3年"勞動教養"，被關押在龍山教養院，期間未經任何合法的審理和辯護。
任淑傑進行了64天抗議性絕食，絕食期間被虐待，並被迫超強勞動每天15小時。絕食結束後，她依然被折磨，並被看守（特派專員知道他的名字）施以電刑。
2004年3月22日，她被轉送到馬三家教養院，持續三個月被迫睡在水泥地上。她於2004年12月24日被釋放時，已經極度虛弱，體重由原來的60公斤降至40公斤。
關押期間她所作的幾次申訴無一被回覆。
**（聯合國"宗教信仰自由"特派專員與"針對婦女暴力"特派專員於2005年9月13日所作的聯合緊急質詢）2000年1月21日，居住在山東省濰坊市軍埠口鎮楊家莊村的劉雲香女士（32歲），因修煉法輪功被警察非法抓捕。其間她被警察及其他犯人毆打。
被關押期間，劉雲香被強迫咒罵法輪功創始人，並被強迫抽煙和喝酒（這都是違反法輪功修煉準則的）。因迫害過重，懷孕的劉雲香流產。
在交了罰款後，劉雲香被釋放。2001年夏天她再次因為修煉法輪功被捕，並遭受電擊。結果，她再次流產。
在被折磨20天後，她被送至一家看守所，並被關押一個月。
**（聯合國"宗教信仰自由"特派專員與"酷刑問題"特派專員於2006年8月31日所作的聯合緊急質詢）根據申訴，法輪功學員卜東偉（又名David Bu），於2006年5月19日在北京海淀區的家中被拘捕。
2006年6月19日，他因為修煉法輪功被判兩年半"勞動教養"。儘管其家人多次要求，警方拒絕透露其被關押的準確地點。
不確定消息顯示，他可能已於2006年8月21日被轉至北京團河勞教所。家人憂慮其正遭受虐待。
此前他還曾遭受10個月的"勞動教養"折磨，在北京團河勞教所被反覆毆打、剝奪睡眠、強迫終日坐在小椅子上。
針對中共對法輪功的迫害政策批評更為明確、激烈
在2008年年度報告中，"宗教信仰自由"特派專員阿斯瑪·加罕戈爾（Asma Jahangir）再次重點突出了中國河北省兩名老年女性法輪功學員被強姦案，並指出：
"婦女和被關押人員都是處在特別明顯的弱勢地位上的，保證國家立法和行政系統能夠對受害人提供足夠的保護和有效治療是極其重要的。報導稱，這兩起強姦案過程中都有另一名警察在場，該警察未予任何干預和制止；如能就此提供更詳實信息，特派專員將表示感謝。"
該特派專員在2008年度報告中再次就如何定義"邪教"問題作出明確評述："裁定或審查宗教信仰......不屬於任何國家的或任何其他團體或社群的職權範圍。"
該年度報告由此引述了先前的人權委員會成員拉色林·希根斯（Rosalyn Higgins）的一段話以加強說服力："堅決反對認為國家有權裁定是否是真正的宗教信仰這種觀點。一種宗教的教義應由信仰者自己去界定。......"
在2008年度報告中，"宗教信仰自由"特派專員尤其以強調性的語言明確、反覆表達："對中國的法輪功修煉者所遭受的宗教信仰自由方面的持續性侵犯表示高度關注"。
在2007年聯合國人權理事會年度報告中，"酷刑問題"特派專員曼弗雷德·諾瓦克（Manfred Nowak）就其在中國為期近兩週（2005年11月20日至2005年12月2日）的實地考察作的報告指出：
"以通過強迫性‘再教育'、羞辱、懲罰來迫使被關押人員承認有罪、並以摧毀其意志的高壓強度來改變其人格，進而剝奪和平自由的表達、集會和宗教的權利，都是對誠實、尊嚴、慈愛這些人權的最核心內涵的踐踏；這種可導致屈服和‘恐懼文化'的殘忍的、羞辱性的懲罰，都是與任何基於人權文化的民主社會的核心價值所絕不相容的。"
該報告內容被廣泛引用。
許多聯合國特派專員在自己許可權範圍內就一些個案向中共政府提出質詢，中共政權迫於強大的國際壓力不得不對這些受迫害的法輪功學員作出待遇上的改善，甚至於以釋放。
據法輪大法信息中心6月15日報導，自1999年7月20日以來，前國家主席江澤民動用國家機器對一億遵從"真善忍"準則做好人的法輪功學員進行了殘暴的鎮壓，數百萬人遭無端逮捕刑求，數十萬人被非法勞教，數幾千人被關進精神病院強行注射損害神經的藥物，婦女遭到強迫墮胎、輪姦等非人折磨，至今已有 3,163人被確認折磨至死。
