大陸海峽兩岸關係協會昨天（27日）發函海峽交流基金會，為毒奶品事件道歉，臺灣總統馬英九今天（28日）肯定海協會的道歉，「不過確實是晚了一點」，函中提及要懲罰黑心廠商，但這還不夠，應要讓臺灣老百姓能求償，且必須安排一個有效率、能解決問題的方法，海基會也成立相關組織承辦這些業務。
馬總統下午在總統府接見七大工商團體理事長時表示，兩岸保持和平對臺灣最有利，但不是靠一些不必要的衝突創造悲情，而是用和平方式解決兩岸爭端。道歉是好的、要肯定，不過確實晚了一點，如果能一開始道歉，相信臺灣老百姓感受會完全不一樣。同時，總統表示，不是這件事完了就結束，還需要設立一個常設性聯絡、通報、協調、解決問題機制，也不只限於毒奶事件，包括投資保障等，台商在大陸上遭遇問題哭訴無門，確實很值得政府憂心，所以兩岸間還有很長的路要走，政府會步步為營，不會躁進。
行政院長劉兆玄認為，這個道歉雖然來得有點晚，但終究是遲來的正義，也是善意的表示，應該會有助於兩岸關係的發展，他個人也認為陳雲林來臺時應該也會有所表示。國民黨立委蔣孝嚴則認為這是明顯的善意，有助於江陳會的協商，但如果有口頭公開的道歉，應該會更能展現誠意。
民進黨主席蔡英文則表示，這是為道歉而道歉，看不出真心誠意，尤其是，中國究竟錯在哪裡，他們自己恐怕都不知道。中國出口貨品食品安全管制發生這麼大的問題，造成消費者及業者巨大損失，中國政府應該出面道歉，並提出具體的賠償方案。
民進黨立委蔡煌琅認為，海協會的道歉聲明是心不甘情不願，是為了敷衍民怨憤怒，因此道歉不夠，陳雲林應該在來臺前發表公開道歉，承諾賠償才夠誠意。蔡煌琅更揚言，陳雲林如果不道歉，就會發動「如影隨形」的抗議，如果他發表傷害臺灣主權的言論，民進黨就會發動不是七千人可以阻擋的抗議。
民進黨立委賴清德也指出，民眾不會接受此道歉，理論上應該由中國政府領導人溫家寶或是胡錦濤公開向臺灣人民道歉；民進黨籍立委葉宜津認為，這個道歉只是口惠，況且爭議最大的都慶公司，目前也還沒承認錯誤，臺灣因毒奶粉事件損失超過新台幣四十億元，中國除了道歉還要賠償，而且是由國家出面賠償。
