特工的鋤姦刺殺行動不同於炮火連天的正面戰場上的拚死搏殺，很多都是面對面進行的，所用的手段也多為近距離槍擊，刀劈、斧剁等，場面血腥(如刺殺傅筱庵，1940年10月12日重慶《大公報》的報導，傅被砍三刀"一在眼部，一在下頦，一在頸部，尤以頸部傷勢最重，頭顱幾將割斷")，更何況刺殺的對象有的是以前的同事、朋友，行動隊員承受著極大的心理壓力。而玩弄"以華制華"伎倆的日本人卻躲在幕後遙控指揮。淪陷區軍統特工人員紛紛要求在制裁漢奸的同時，誅殺日本人。首先軍統上海區制定了一個方案：以身著軍服的日本人為格殺對象，無論軍階高低，職務大小，無須申報，得手就當場幹掉，執行地點以日佔區及其勢力範圍之內為限。該方案於1940年上報戴笠並得到批准。
1940年9月底，懲戒日寇行動開始。素有"九省通衢"美譽的武漢，自1938年10月淪陷以後，因其貫通東西南北優越的交通地理位置，一直是日寇重點控制地區之一。1940年底，軍統武漢區特工根據戴笠指示，把行動重點轉向對日寇的刺殺。武漢區軍統特工充分發揮自身的優勢，在選擇好目標後進行周密的準備計畫。1940年12月16日，行動二隊策劃對駐蔡甸日軍警備隊的襲擊，14日副隊長即派3名行動隊員潛伏在警備隊附近的昶記油坊，16日凌晨，偽裝成商人的隊員李崧蓀及隨行兩名隊員進入蔡甸街口後，將3名強行檢查的日寇哨兵擊斃，隨即會合潛伏隊員向日寇警備隊隊部投擲手榴彈，炸死日寇官兵8名，行動隊員全身而退。16日晚，行動1隊趙雲卿率隊員何忠炳、雷玉卿潛入武昌八鋪街日本憲兵隊駐地，待日寇熄燈休息後，向寢室投擲手榴彈，日寇倉皇逃出時，遭到隱蔽於暗處的趙雲卿掃射，共擊斃日寇8名，隊員全身撤出。1941年1月21日，漢口花樓街，行動2隊隊員用刀砍死日軍少佐田梅次郎。2月18日，漢口得勝街，該隊殺死3名在隨軍妓院"鶴鳴莊"尋歡作樂的日寇軍官。3月2日，該隊李化民等3人化裝成小販，混入漢口中山路新市場，向正在行進的日軍小隊投彈，斃敵17名。2月25日晚，行動1隊閻英才率5名隊員突襲漢口三星街日寇憲兵隊，斃敵7名。4月16日，該隊在漢陽顯正街擊斃日寇特務機關植樹岩藏中佐。 1941年4月19日，該隊打入漢口王家墩機場的隊員王經國掩護隊員李青明進入機場，燒燬油庫一座，炸毀轟炸機2架。
組織遭受嚴重破壞的軍統上海區，自1940年9月到太平洋戰爭爆發前，仍行動50餘次，擊斃擊傷日軍60人以上。軍統上海區第3行動大隊第4組組長李亮經過縝密跟蹤偵查，於1941年6月17日由副組長葉東山率李德昌、周振芳、俞森林、楊景文將公共租界警務處副總監赤木親之擊斃於愚園路。在日本軍人經常出入的場所，上海軍統特工進行了多次爆炸活動。
1939年8月11日，軍統廣州站發展了在駐廣州白雲山日軍海軍陸戰隊第115聯隊近田部隊作廚役的李昌德，將準備好的毒藥摻入飯菜，使日寇官兵數十人中毒，19人斃命，李昌德還趁亂將硝酸倒入機槍槍管，隨後逃出敵營。1941年9月17日，軍統廣州站為紀念9.18事變10週年，在多個地點，對日寇軍事機關和偽組織機關進行爆破，撤離至海珠中路時，第3組組長江志強路遇日本憲兵隊，當日寇走近身邊時，江志強將剩餘炸彈引爆，與5名日本憲兵同歸於盡。
開封淪陷後，潛伏的軍統特工根據戴笠的指示，於1940年5月7日，河南站行動1組與打入日寇內部的特工李憲斌裡應外合，襲擊位於開封山貨店街的日本特務機關，擊斃日特機關長及川貞作、山本午、開封日本憲兵隊分隊長上村四郎，擊傷日本陸軍特務機關長萬田。12月19日，行動組在開封社下基79號，擊斃主持日本特務機關的日軍多田部隊參謀長兼偽河南綏署總顧問、陸軍大佐皆川雅雄。
1940年11月，軍統北平區行動組組長麻克，擊斃日本"興亞院"派遣到北平視察的特使高月保中佐、乘兼悅郎中佐。後麻克因房東出賣，被捕犧牲。
淪陷區軍統特工格殺日寇的行動，雖然沒有正面戰場那種轟轟烈烈，但他們在嚴酷的鬥爭環境裡，滿懷對中華民族的熱愛，對日本侵略者的仇恨，不顧個人安危，奮勇殺敵，他們用自己的勇氣和鮮血，書寫了中華民族抗戰史上光輝燦爛的一頁。
