中共衛生部稱，目前中國內陸31個省區市已全部報告甲型H1N1流感確診病例，甲流疫情呈現聚集性病例明顯增加等特點。每日報告病例數呈上升趨勢，近期還陸續出現了重症病例，面臨的疫情防控形勢不容樂觀。
據北京大學內部人士透露，9月伊始秋季開學，該校一名學生被確診患甲流，但校方嚴禁信息外泄，僅採取給全校學生量體溫方式"預防控制"。學生因恐慌而搶購口罩等，導致北大金像藥店的口罩及感冒藥品脫銷。
梁萬年透露內地疫情表現出的特點是：
--本土病例數在確診病例總數中所佔的比例在持續增大，自8月以來，有35天全國當日新增本土病例數超過輸入病例數。從8月24日到9月10日，本土病例新增了3696例，佔同期確診病例總數的94.8％。
--聚集性疫情增加明顯增多。8月份以來共報告188起，學校和學生活動相關的疫情報告有179起，同時疫情開始由大城市向農村、縣城蔓延。
--血清血調查表明，絕大多數人口都是易感人群，高危人群的基數大，廣東、上海、浙江三省已先後出現了重症病例。
--流感患者中甲型H1N1流感病例的陽性標本比例在上升。全國流感監測網路顯示：7月以前門診流感病例中沒有分離出甲型H1N1流感病例，7月後先後在20個省市發現了甲型H1N1流感陽性標本，比例持續上升。
根據世衛組織分析意見，全人群對甲流病毒均易感，隨著北半球秋冬季的來臨，甲流發生大規模流行的風險顯著上升。為應對甲流疫情，衛生部發出通知，要求各地做好應對甲型H1N1流感大流行的醫療救治準備工作。
根據應對甲型H1N1流感大流行總體預案不同響應級別，醫療救治分為：輕症病例居家隔離治療，需住院的病例在定點醫院集中收治和重症病例在定點三級醫院集中收治三種情況。
而進入秋冬季節，學校開學以及中國迎接國慶60週年的一系列大型活動，都使得中國防控甲型H1NI流感的形勢嚴峻。
對於疫苗是否要立即進行大規模接種，中國工程院院士鐘南山表示"持保留意見"，鐘南山說，上世紀70年代美國豬流感期間，曾因倉促推廣接種疫苗，導致800人呼吸麻痺，同時提醒，中國研製的甲流疫苗現在的適用人群不算廣，在安全性方面要非常慎重。
但是中國衛生部部長陳竺在9月8日新聞發布會上表示，中國已經確定了甲型H1N1流感疫苗接種方案的原則，將對於流感易發生聚集性病例的五至十九歲年齡段學生、脆弱的人群、有基礎性疾病的人群，以及公共服務人員和執行任務的軍隊、武裝警察、公安干警等一線人員，和將在參加國慶遊行的人員當中首先啟動疫苗接種，而成為世界上第一個可以應用甲型H1N1流感疫苗的國家。對於適用人群不算廣且在安全性方面上尚有疑慮情況下來對上述對象進行施打難保不將其置入另外一個風險之中，這樣的世界第一令人擔憂。
