一九九九年江澤民在發動迫害法輪功時，手中握有軍權，雖然軍隊在表面上沒有放一槍一炮，看似沒有參與迫害，但軍隊卻給江澤民一意孤行的迫害起了客觀上武裝護航的作用，在迫害法輪功中起的作用非常顯著，而且因為中共對軍隊的嚴密控制和軍隊本身的特殊性而不為人知，其中主要的一部分就是以總後勤部為首的活摘法輪功學員器官謀利事件。
江澤民扶植了中共軍隊腐敗
江澤民抓軍權的重要一環就是分封嫡系，把軍中高層換成江系人馬。一九九四年，江澤民一口氣冊封了十九名上將。而他的標準就是對其個人的效忠，只要口口聲聲「 擁護江核心」，就官運亨通；如若不提擁護江核心，照樣下臺。曹雙明是上將軍銜，任新職空軍司令才兩年，因為他嘴上不講擁護江核心，又發了牢騷，一九九五年年初，江澤民解了他的職。而同樣發牢騷的隋文舉，只因他乖巧，經常念叨江核心，所以，獲得江澤民歡心。九六年一月下旬，一天，江澤民高興，對旁邊人說：今天，我們來封它幾位上將，高興高興，怎麼樣？左右附炎趨勢，答覆當然是再好不過。二炮政委隋永舉，就是在這一天，從中將爬上了上將。
陞官和發財緊密相連，隨著江澤民當政期間，中國國內整體腐敗程度的加深，隨著江澤民對他們的極度縱容，軍隊經商變成了毀國焚軍。公安部有一位副部長叫李紀周，走私涉款一千多億。若同軍隊經商（主要是走私）一比，李紀周連一條小蟲都不如。朱鎔基曾在會上講，光是九八年上半年軍隊開槍、開炮，打死海關緝私人員、公安、武警、司法幹部四百五十多人，打傷兩千二百多人。解放軍走私，可以讓軍方氣象臺和軍用通訊為走私服務，解放軍走私，可以冒用總理簽字，隨便可以蓋上軍委副主席的印章。
一九九八年十一月中旬，中央軍委、中央軍紀委在北京西山召開了軍委生活會議，江澤民、朱鎔基、張萬年、遲浩田、張震等，都講了話。據遲浩田講，從九四年以來，軍隊所辦經濟實體的資本、收入，有百分之八十被高、中級幹部私人挪走。
從一九九八年到一九九九年二月，中國人民解放軍各軍、兵種，各大軍區，各省軍區內部之間，為私吞幾百萬、幾千萬、幾億、幾十億、逾百億元人民幣，發生了大小逾百場戰爭。如遵義會議所在地的駐軍，與貴州省軍區，為爭奪二百六十萬元，在駐軍大樓發生槍戰，傷亡九十多人，死五十二名；東北，遼寧錦西駐軍與二炮部隊合營經商，移交前，錦西駐軍先下手為強，私吞五十萬，二炮部隊氣急，出動該部隊所有將士，將駐軍大樓包圍七十多個小時。
瀋陽軍區司令員、二炮司令員，都乘直升飛機趕赴現場，抑制了一場火拼。在這期間，被殺者中官階最大的，是十三軍副軍長崔國棟少將。崔國棟於一九九八年十一月二十八日，坐飛機去西昌，向西昌軍分區後勤部宋副部長索要二千萬。被當場擊斃。
海軍副司令員王守業在一九九七年至二零零一年五年中，在總後勤部任副部長兼基建營房部部長期間，濫權貪污、挪用公款高達一億六千萬元，一審判處死緩。王守業是目前軍方已公布涉及贓款數額最高、職務最高的將軍（軍銜中將）。
軍隊因利益而介入活摘器官
隨著中共軍事建制的不斷調整，所有的軍事部門都歸入了總參謀部、總政治部、總後勤部和總裝備部。總後勤部是在軍隊中管錢管物的，就是軍隊中最直接接觸利益的部門。軍隊醫院直接歸總後勤部管轄，軍隊的醫療改革自然也是他們琢磨如何發財的重要陣地。早在一九八九年，軍隊醫院就開始不願意接收軍人住院，醫院為了利益必須算出需收多少地方病人（非軍人病員），才能賺夠醫院要求的數額，之後才考慮接收軍隊病員的人數。
迫害開始後，中共把法輪功定為頭號敵人，從一九九九年到二零零六年五月份，中共中央軍委開過六次「處理涉外宗教問題」專門性會議，主要就是針對法輪功。以中共軍隊後勤部為首的軍隊系統層層開動，開始按照軍委主席江澤民的意願活摘器官，達到其「肉體上消滅」的迫害目的，而販賣器官這種一本萬利的買賣又成了一條被江澤民默許而鼓勵的軍隊生財之路。
將法輪功學員作為活摘器官供體的命令直接來自軍委主席，總後勤部則利用軍隊系統和國家資源，將到北京上訪而不報姓名的法輪功學員和各地被非法拘捕的法輪功學員驗血編號，輸入電腦系統，利用軍車、軍航、專用警備部隊和各地軍事設施和戰備工程作為集中營，統一關押，統一管理，成為國家級的活體器官庫。總後勤部統一分配集中營，分管調度、運輸、交接、警衛和核算，在進行器官移植的過程中，如果器官移植失敗，被移植器官人員的資料和屍體必須在七十二小時內全部銷毀。整體的資料和屍體，甚至是活人焚燬必須經軍事監管人員認可。軍事監管人員有權逮捕，關押，強制處決任何泄露消息的醫生、警察、武警、科研人員等。軍事監管人員由中央軍委授權相關軍事人員或軍事機構執行。
總後勤部通過各級渠道將供體調配到軍方醫院和部分地方醫院，其運營模式是向醫院提供一個供體直接收取現金（外匯）的血腥交易，醫院付帳給總後勤部後自負盈虧。軍方高層通過總後勤部直接牟利，器官的利潤不入軍隊預算，而其活摘器官的層層系統卻是靠軍費維持，因此來自活摘器官的金錢是沒有成本的純利潤。軍隊移植是大頭，賣給地方的器官只是額外牟利，目的是把地方醫院作為向海外攬客的櫥窗和廣告，否則只有中國軍方做移植手術對世界將難以掩蓋。
全軍器官移植中心主任石炳毅認為2005年就進行了近萬例腎移植、近 4000例肝移植，2006年達到歷史最高峰，這一年就有2萬例。而1999年全國僅有4000多例腎移植，肝移植數字近乎於0。中國醫科大學第一附屬醫院的國際移植（中國）網路支援中心的費用表中開價是腎移植6萬多美元（約合40多萬人民幣），肝移植10萬美元（約合70萬人民幣），肺和心臟器官更貴，要15萬美元以上。而按照業內器官價格佔總費用的50%和石炳毅提出的縮水數字估算，僅2005年來自活摘法輪功學員器官給軍隊帶來的純利為近5.6億美元，近45億人民幣。而實際的活摘器官數字，即在中國軍事設施和軍隊醫院所進行的地下非公開的器官移植數量要比公開的要多幾倍。
從1999 年起，僅活摘法輪功學員器官帶來的純利潤已經可以達到了中共軍隊一年軍費預算的規模了，其中還沒有計算從藥品、手術費、護理費、住院費和其它來源的營利。中國與世界上實際上已經形成了巨大的器官交易網，中國是國際活體器官交易的中心，幾乎在2000年以後一直佔世界活體器官移植總數的85%以上，該數據是軍委上報資料的一部分，幾個人因此升為將軍，原因就是該領域的所謂「成績」，其中一人就是總後勤部政委孫大發。
現任總後勤部政委孫大發
緊跟迫害法輪功者成為總後勤部主管
現任中國人民解放軍總後勤部部長廖錫龍，出身平民，成名於中越戰爭中收復者陰山一役，因戰功被鄧小平任命為副軍長，之後歷任陸軍第十一軍軍長，成都軍區副司令員，1995年到2002年11月任成都軍區司令員、黨委副書記。而1999年12月，江澤民又通過中越陸地邊界協議把者陰山重新交還給了越南政府。廖錫龍生性凶悍狡詐，有戰爭才能而又特善拍馬逢迎，因此官路亨通，從一個普通士兵升到了大軍區司令員。
現任總後勤部部長廖錫龍
1999 年4月25日之後，妒忌心極重而又心胸狹窄的江澤民決心置法輪功於死地而後快，但中共政治局常委會上，七人中除江一人外，其它六人都反對鎮壓。於是江背後耍陰謀，強迫其他人表態同意鎮壓法輪功。於是江找到了時任成都軍區司令員、黨委副書記的廖錫龍，要廖助它一臂之力鎮壓法輪功。廖口頭常說的一句話就是：「 北京怎麼說，我們就怎麼做。」廖當然知道，江找到了自己辦事，這絕對是一個往上爬的好機會，一定要抓住這難得的機遇。於是廖錫龍就夥同成都軍區情報處秘密編造假情報，給惡黨中央報告說，成都軍區情報處從法輪功的郵箱裡獲取了法輪功搞政治、要推翻共產黨的郵件。江澤民拿著這個報告如獲至寶，便要挾政治局常委其他人員，逼著全體政治局常委表態同意鎮壓法輪功。
廖錫龍不僅是江澤民迫害法輪功暴力機器的驅動器，而且是中共惡黨迫害法輪功的急先鋒。 99年7月20日之後，廖錫龍命令成都軍區各大部及有關單位，「嚴密掌握敵情」，每天24小時嚴密監控法輪功學員，並大事非法抓捕法輪功學員，有的被長期關押，有的被逼迫退役，有的被開除，強迫學員轉化。廖錫龍由於執行江澤民迫害法輪功的邪惡政策不遺餘力，很受江的賞識，便在2002年被江提升為惡黨中央軍委委員、解放軍總後勤部部長，2003年再次成為國家中央軍事委員會委員。
提升廖錫龍為總後勤部部長，不但是個權錢豐厚的肥缺，而且目的是利用廖錫龍的才乾和揣摩上意的服從加上對法輪功的仇視，讓其主管活摘器官的運作，把活摘器官產業化、軍事化，當作一場戰爭來指揮。廖錫龍的智謀和狡詐，從中越戰爭一個細節中可見一斑。組織科長在戰前準備了二百口棺材，而廖錫龍堅持只要一百口。戰後他露底說：「我們人民解放軍的任何一個師、團，都可以把者陰山從越軍手裡拿下來，問題是看誰的傷亡小、消耗小。」為何他如此重視傷亡呢？因為時任軍事科學院院長宋時輪在越南前線強調珍惜戰士的生命，所以廖想盡一切辦法減少傷亡，為的是揣摩上意，投其所好。
所謂上行下效，廖錫龍對金錢的態度，從其手下的死就可以看出來，其屬下成都軍區的第十三集團軍，是四川地區有名的倒爺，軍中發生過多起貪污腐敗的醜聞。十三軍副軍長崔國棟少將於一九九八年十一月二十八日，坐飛機去西昌，向西昌軍分區後勤部宋副部長索要二千萬，被當場擊斃。
後勤部政委是掩蓋真相的主力
值得一提的是，中共軍隊政委在活摘器官事件中扮演了發言人和救火隊員的角色，主管業務（活摘）的是部長，政委負責對外宣傳和消聲。
現任總後勤部政委孫大發，1999年1月後任瀋陽軍區政治部主任；2001年被江澤民提升為中將，2003年8月後任南京軍區政治部主任。2005年1月任南京軍區副政委、紀委書記，2005年7月任總後勤部政委，官運又連升兩級。孫大發剛上任，便面對蘇家屯集中營曝光事件，他因在瀋陽軍區主管活摘器官，被推到了中共救火的前臺，他向全國各地方相關軍事機構轉發了在北京秘密結束的一個會議精神，要求「針對特別軍事監管管理區（即集中營）問題的資訊大量外泄」 問題，「進一步封閉法輪功的資訊管道，強化保密體系，並重申對泄密行為的嚴厲處罰。」
移植學會醫療事務主管和世界衛生組織顧問 Francis L. Delmonico醫生訪華時，負責接待的不止有衛生部長陳竺和副部長黃潔夫，軍方人物就佔了一半（包括軍隊301醫院的政委文德功。圖見：http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/119424217 /HTMLSTART. 左起301醫院Chen Ziao Ling，Francis L. Delmonico 醫生，Jeremy Chapman醫生，中共衛生部長陳竺，副部長黃潔夫，301醫院政委文德功）。一直到今天，中國移植界一直不被國際移植界接納，就是因為器官來源不透明。據Delmonico醫生的說法，中方官員有「非常強烈的願望」讓他們的移植人員被國際移植界所接納。而他的回應則是，「中國移植的透明非常重要，需要提供證據，證明來自囚犯的器官有書面、非強制性的資源捐獻，而且要證明移植手術只限於在被許可的移植中心和有執照的外科醫生，我們需要他們履行自己承諾的證據。」
301醫院政委文德功不是移植醫生，與衛生部也沒有任何瓜葛，他的出現，正是因為中共需要軍方人員應對移植界對中國軍隊系統大量器官移植的出處的質疑。那麼文德功只是最大的軍隊醫院政委，又怎麼能代表軍方呢？因為在他擔任301政委前，曾經是總後勤部政治部副主任，對活摘器官的流程和如何應對西方人當然是得心應手。
由中共總後勤部主導的活摘法輪功學員的器官，其相關信息是作為軍事機密對待。中共總參謀部利用其情報系統，全力阻擋真相向世界傳遞。中共軍隊及其總後勤部正是活體摘除法輪功學員器官的核心機構和證據的重要來源，圍繞這兩者的更多證據正在曝光的過程之中。
