1645年三月，久居滿清做人質的昭顯世子返回漢城，隨行清使勒令朝鮮仁祖李家出城迎接"天使"到來。忠於明朝的朝鮮兩班朝臣士大夫對此心生忌恨。五月二十一日，昭顯世子雖被宮人在餌餅中下毒，暴斃於昌德宮中。李家心知肚明，但是諱言此事，怕多爾袞深究，向清朝上報" 世子病亡"。六月初七，被多爾袞釋放的風林大君回到漢城。昭顯世子在清廷為質近十年，歷盡艱險，親眼目睹了明亡清興這段波瀾壯闊的歷史，積累了處理朝清關係的豐富經驗。多爾袞對其去世"深為驚悼"，並對其暴斃頗感可疑，但是在朝鮮使臣眾口一詞的"確係病殪"的說辭下，也不得不信，1645年十一月十四日，清朝冊封李湨為朝鮮世子。
送還質子，減少歲貢，本是清朝為緩和兩國關係而為，但是經過1627年和1636年的兩次戰爭，朝鮮對清朝產生了很深的民族仇恨。在朝鮮一方，明朝滅亡本是調整對清朝外交政策的良機，但是，反清分子利用朝鮮民族對滿族的仇恨心理，推行名分主義的外交，延緩了兩國關係的改善。
朝鮮李朝視清朝為犬羊夷狄，私下稱清帝為"胡皇"，稱清使為"虜使"。除對清朝的公文賀表之外，一切內部公文，包括王陵、宗廟、文廟祭享祝文，仍用崇禎年號。朝鮮的《仁祖莊穆大王實錄》，在明亡前用崇禎年號，在明亡後用干支紀年和國王在位年號。在仁祖之後的歷代朝鮮國王《實錄》，只書千支紀年和國王在位紀年。至於私人著述，直到清末，仍有人書寫崇禎年號，以至於竟然有"崇禎二百六十五年"的紀年。歷代封建統治者和儒家最看重的"正朔'問題，朝鮮就是這樣處理的。
當時朝鮮君臣認為："我朝三百年來，服事大明，其情其義，固不暇言。而神宗皇帝(明神宗萬曆皇帝朱翊鈞)再造之恩自開闢以來，亦禾聞於載籍者。宣祖大王所謂義則君臣，恩猶父子，實是真誠痛切語也。"李朝孝宗則以光復大明天下為己任，倡議北伐。他對大臣說："群臣皆欲予勿治兵，而予固不聽者，天時人事，不知何日是好機會來時。故欲養精兵十萬，愛恤如子，皆為敢死之卒，然後待其有釁，出其不意，直抵關外，則中原義士豪傑，豈無響應者!"對大臣"萬一蹉跎，有覆亡之禍，則奈何"的擔心，他說："以大志舉大事，豈可保其萬全也。大義則明，則覆亡何愧，益有光舉於天下萬世也。且天意有在，子以為似無覆亡之虞也。"
為了北伐，孝宗首先採取措施，擴軍備戰。駐漢城的都城御營廳軍由7000人增加到 21000人。禁軍由600名增加到1000名，全部改編為騎兵。御營廳增加了大炮攻堅部隊，還計畫將守衛漢城的訓練都監軍增加10000名，御營廳軍增加20000名。由於財政困難，未能實現(韓國姜萬吉《韓國近代史》)。
李朝君臣確信"胡人無百年之運"的儒家格言，將地震、彗星等自然災害視為清朝滅亡的徵兆，對南明政權、吳三桂和三藩分裂勢力、臺灣鄭成功、準噶爾蒙古等反清勢力寄予厚望，準備派使臣渡海聯絡，策劃夾擊清朝。臺灣鄭氏多次請日本聯合出師伐清復明，朝鮮對曰鄭聯合樂觀其成，甚至建議"假道朝鮮，出送援兵"(《仁祖大王實錄》)。李湨的兒子顯宗李棚(音"淵")和孫子肅宗李焯(音"吞")，對聯日伐清之事也很積極。1650年，李溟向清廷奏報"日本近以密書示通事，情形可畏，請筑城訓練為守禦計"，企圖以防禦日本為由擴軍備戰。清朝警覺到朝、日、南明聯手組成軍事同盟的危險，於是派遣密使前往朝鮮核實情況。結果查明朝鮮與日本素租好，奏折不實，順治皇帝下詔斥責朝鮮國王，罷其用事大臣。這就是朝鮮歷史上有名的"六使詰責"事件。
由於朝鮮財政困難，軍備薄弱，北伐大計難以實施。而且由於新興的清朝連續有順治、康熙兩位勵精圖治的皇帝，不僅鞏固了全國的統一，而且為中國社會經濟文化的全面繁榮奠定了基礎。朝鮮反清派期望的漢民族武裝反抗、清朝統治土崩瓦解局面一直沒有實現。1683年，清朝統一臺灣，南明殘存勢力滅亡，影響中、朝、日關係的不確定因素消失，作為實際行動綱領的朝鮮北伐計畫壽終正寢。朝鮮沒有介入中國內戰，也沒有鋌而走險聯合日本跨過鴨綠江入侵遼瀋，冒犯正處於全面上升和旺盛時期的新興滿洲軍事強權。這是朝鮮的大幸，否則後果將不堪設想。
北伐雖沒有成為事實，但是加重了朝鮮的財政負擔，延緩了中朝關係改善的步伐。朝鮮的北伐論者不想肯定中國在清朝統治下的文化和經濟先進性，以後還幾乎全面封鎖了對中國文化的引進。
明朝滅亡後，李朝王室一直進行各種追思活動，仁祖不忘宮中焚香望闕之禮。1704年甲申，明朝滅亡60週年，李朝肅宗自宜春門詣禁苑壇，以太牢祭祀崇禎皇帝。又命漢城府在後苑春塘臺設"大報壇"，祭祀神宗皇帝。"大報"出於《禮記》郊特牲，是郊天之義，且兼有報德之意。1749年(乾隆十四年)又以明朝太祖、神宗、毅宗並享大報壇，並於三帝即位、忌辰日行望拜禮。這種祭祀活動每年進行，直到李朝末年。
朝鮮對清朝的鄙視仇恨和恪守藩屬朝貢制度同時並存，且反清復明計畫和北伐準備是在隱蔽狀態下進行的，清朝政府知之甚少。由於以追求實利為標準的外交傳統始終在朝鮮起作用，清政府又主動採取種種善意舉措，1683年清朝統一臺灣後，中朝關係終於進入了穩定發展的時期。
