1957年之後，儲安平基本上就結束了他作為一個知識份子的生涯，因為從此以後他就再沒有為人所注意。他成為右派之後，一直由九三學社管著，從一般的生活待遇上說還過得去，只是精神上有很大的壓力。他成為右派之後，他的長子曾在《文匯報》上發表過和他脫離關係的聲明，那時他的婚姻也不幸福，他平時在家，很少和人交往。那時過去的老朋友只有梁漱溟還和他有些來往，可以想見他的內心是非常孤獨的。
1966年文革開始以後，他的日子就更不好過了。關於儲安平的死，現在還是一個謎，他的家人也不知道他的最終結局，我曾和他的女兒說起過這件事，她也說不清楚。有人說他是在北京一個地方跳河死了，還有一種說法是他在天津跳海了，也有說他是在青島跳的海，也有人說他在新疆改造時，逃到蘇聯去了，前幾年還有人寫文章說他沒有死，而是在江蘇某地一個山上當了和尚。這些說法，都是傳說，沒有一點文獻材料為證。所以現在只能說，儲安平是不知所終，我個人以儲安平的個性和他的經歷推斷，他是有自殺可能的。他的小兒子，現居澳大利亞的鋼琴家儲望華在《父親，你在哪裡?》一文中說："父親‘失蹤'是在1966年9月上旬，那已是8月31日(與作家老舍投太平湖是同一天)在京西青龍橋邊潮白河自殺未遂後一個多星期。當時他從關押他的‘九三學社'後院小屋回家，看到家裡已是第二次被‘紅衛兵'抄家。居室、客廳均被洗劫掠奪一空，除了滿地的碎紙亂片外，已一無所有。面對這般情景，父親的心便整個地絕望了。於是他踽踽離開家中，走了出去。---到了九月中旬的一天，我接到當時主管‘九三學社'中央機關日常事務的梁女士打來的電話，她問我：‘你父親有沒有到你那裡去?'‘你知道不知道他目前在哪裡?'我說：‘父親不是被你們押管著嗎?你們不是正在籌備批鬥他的大會嗎?'到了9月20日，中央統戰部下達命令：一定要在10月1日‘國慶'之前找到儲安平，‘以確保首都的安全!'於是‘九三學社'派了一名幹部(中###員)，並要求我和我二哥協助。我們騎著自行車在北京的東、西城不少街巷轉了好幾天，查訪了過去與父親曾有來往的朋友們，卻毫無結果。到了1968年夏，有一天，幾個穿著軍裝的幹部來找我，說他們是‘奉周恩來之命，由公安部、統戰部等組成儲安平專案組，在全國範圍內進一步查尋儲安平的下落'，希望‘我提供情況予以協助'。首先他們要求我提供幾張父親的照片。我頗覺詫異：憑他們的權力，他們完全可以通過組織途徑去向有關部門索取，相信不難獲得他的照片，卻偏偏來向家人索取照片，實在令我疑慮。事後聽說這幫‘專案組'的人是有意通過這種試探，來考察我是否和父親‘劃清了界線'。"
據儲望華回憶，到了1966年秋天，他們尋找父親的失蹤仍然毫無結果，兩年之後，又有人來調查儲安平的下落，對於這種調查，儲安平的家人已完全沒有信心了。儲望華說："事實上，這是一個‘生死之謎'，如果‘活'著，為什麼兩年來沒有任何活動跡象;如果已‘死'，死亡的時間、地點、方式，又如何得以確證。"儲望華先生記得，早在60年代初，儲安平曾和他說起過"想要自殺"的想法。自從反右以後，儲安平雖然寫過檢查，雖然被改造，但他在心裏並不以為自己是錯的。更不想卑躬屈膝去求得一個"摘帽子"或者"平反"。這不僅是因為他有 "脾氣犟"的個人性格，而且是因為他身上有一些知識份子"可殺不可辱"的氣質。面對"抱負"不能實現，屈辱不堪忍受，想到死是很自然的。那時他正在北京郊區石景山模式口"政協工地"進行勞動改造。
儲望華回憶說："記得有一個寒冷的冬天，我去探望他，給他帶去些食品衣物，他獨自住在一間陰暗的小茅泥舍中，房間的一半是他睡的‘炕'，另一半是一格格正在繁殖的菇菌，屋子裡黑暗潮濕，充滿著霉腐惡臭，完全不是人住的地方。"這是儲安平在文革中的真實生活處境。儲望華先生說，1982年6月，他準備去澳大利亞留學時，單位的一位領導才匆匆拿來一份文件，告訴他："剛剛接到中央統戰部來函，對你父親正式做出‘死亡結論'"。這時儲安平已經失蹤16年了，這個結論對他的孩子們來說已經沒有任何意義，一個終身為自由主義理想奮鬥的知識份子，最後就這樣消失的無影無蹤，人們再想起他的時候，對很多人來說，他早已是一個完全的陌生人了。
近年來也有材料認為儲安平是被紅衛兵打死的，湖南余開偉寫過相關的文章。他說，現在湖南省政協工作的雷逸湘先生告訴他，儲安平根本不是跳海自殺，更不是出家隱居，而是被紅衛兵活活打死的。
雷逸湘的這個結論來自於他的朋友，一位居住北京的孫毅斌。孫毅斌原是北京一所小學的教師，早已退休，已經七十多歲。其丈夫曹富友先生原是農業部土肥中心的高級工程師。孫毅斌女士有一結拜姊妹，叫"四妹"，因所謂"歷史問題"，1949年後在北京一個街道所屬的小工廠當會計。"四妹"與打成右派後的儲安平一直來往，有很深的感情關係，瞭解許多事實真相。
儲安平解放前與前妻離婚，後與原籍上海的易吟先結婚，共同生活僅四年，儲安平被打成 "右派"後，易與他離異，後來嫁給了原國民黨將領宋希濂。儲安平在潦倒困苦的境遇中，結識了上述這位"四妹"。兩人同病相憐，但懾於當時嚴峻的社會環境和輿論壓力，他們未能結婚，只能暗中來往。四妹將她與儲安平這種關係告訴了她的知心好友孫毅斌女士。
據孫毅斌女士對雷逸湘先生說，"文革"爆發後，儲安平遭受紅衛兵和造反派的反覆抄家毒打。有次，她鼓著勇氣冒險探看儲安平，看到儲安平被一夥不明身份和單位的紅衛兵和造反派殘酷毒打，奄奄一息，架拖而去，從此就沒有回來。次日，四妹再到儲安平住處探看，已是人去屋空，一片狼藉，從此儲安平被宣布"失蹤"，接著"蹈海自殺"、"深山出家"的傳言便紛紛揚揚，真相難辨了。從孫毅斌女士所說的情況來看，儲安平乃是被人虐殺。
關於儲安平的死，現在有許多說法，不管真實性如何，這個人最終是消失了，消失的無影無蹤，他的命運似乎是一種宿命，人們只能在感嘆聲中懷念這位執著的自由主義知識份子。
儲安平:
（1909.7一1966.9）：江蘇宜興人。出身於宜興望族，出生後六天喪母，十四歲喪父，依賴祖母撫養，生活節儉。1928年入上海光華大學英文系，1932年畢業。1933年起，在南京《中央日報》任副刊編輯。1936年赴英國倫敦大學做研究工作。1938年回國至重慶，先後擔任《中央日報》撰述，編輯，復旦大學教授，中央政治學校研究員。1940年8月，在湖南安化縣藍田國立師範學校任教師。《英國采風錄》《英人法人中國人》為這一時期作品。《英國與印度》一書則是其講授英國史和世界政治概論的講稿。並在桂林《力報》任主筆。1945年春，在湖南辰溪《中國晨報》任主筆。日軍佔領桂林後，他在重慶創辦《客觀》週刊，共出版十七期。1946年春赴上海，9月1日創辦《觀察》半月刊，任社長和主編，兼任復旦大學教授。
中共建政後，歷任國家出版總署專員，新華書店副總經理，出版總署發行局副局長。1954年任九三學社中央委員、宣傳部副部長，並當選第一屆全國人大代表。1957年任《光明日報》總編輯。1958年1月被劃為資產階級右派份子。1966年9月失蹤(或死因不明)，時年57歲。
