臺灣最高檢察署特偵組指稱，前總統李登輝等人非法挪用公款779萬美元，將依照貪污治罪條例、洗錢防製法予以起訴。
臺灣最高檢察署特偵組在起訴書中指出，李登輝身為國家元首應該作為全民表率，卻不遵守國家法制，擅自將國安密帳剩餘的公款779萬美元，以洗錢方式挪為私用，事後還否認卸責，毫無悔意。
起訴書還指出，臺灣綜合研究院創辦人劉泰英，涉嫌共同侵佔公款，犯行明確，事後不知悔改，還矢口狡賴，品行惡劣。
國安密帳案是1998到1999年期間，當時被稱為國民黨大掌櫃的劉泰英透過洗錢的方式，將奉天專案當中的台幣2億5千萬公款挪為私用。
檢方強調，劉泰英和李登輝關係非常密切，奉天專案基金是法定預算外的公款，如果要動支，必須經由總統同意，李登輝怎麼會不知情？
檢方還表示，李登輝所涉的刑責最輕10年、最高是無期徒刑，但是刑法也規定80歲以上的人可以減輕刑期。
李登輝辦公室主任王燕軍表示，李登輝在擔任公職期間，一向都是公私分明，針對不實的指控，絕對會捍衛自己的清白。
台聯黨主席黃昆輝表示，李登輝對於自己被起訴感到非常驚訝，並認為這是馬英九總統為了選舉，利用司法手段處理政治議題。
他說：「這完全是馬英九挾怨報復，肅清異己的舉動，這可以看的很清楚，就是馬英九控制司法，利用司法進行政治鬥爭。」
民進黨主席蔡英文競選辦公室發言人徐佳青表示，這是發生在2000年之前的司法案件，民進黨無法評論，但是希望特偵組秉持一致標準處理，不要因人設事。
民進黨立委蔡煌琅質疑，國安密帳案查了那麼久才起訴，是國民黨為了選舉所進行的政治追殺，是選舉操作。
國民黨立委呂學樟表示，如果涉及違法的事，紙也包不住火，只能依法查處，不過，案子發生這麼久才起訴，證據是否還充足，相關單位應該詳查。
國民黨立委吳清池認為，檢方一定是有確切的證據才會起訴，他不相信馬英九總統會操弄司法，打擊異己。
他說："臺灣現在如果證據不足要隨便起訴，很容易受到批評，尤其媒體作為第三勢力的監督比民意代表更實在，要去操弄不大可能。"
臺灣總統府發言人範姜泰基表示，一切尊重司法，總統府不會評論訴訟中的個案。
李登輝是繼陳水扁之後，第2位被起訴的臺灣前總統。
