陳水扁、馬英九與連戰都曾因「首長特別費」而被調查有否違法。
臺灣最高法院檢察署的特偵組將臺灣政壇的首長特別費案全部簽結，被簽結者包括了連戰及馬英九等人。
簽結意謂著司法將不再調查其是否犯罪，這是因為臺灣立法院在5月通過修法，將首長特別費予以除罪，即使有涉及刑事責任者也因法律修改而不必處罰。
現任總統馬英九雖然在臺北市長任內的特別費曾被起訴，但其此前在法務部長任內，尚未經司法處理的特別費案，也被列入特偵組簽結的範圍。
特偵組因法律除罪而簽結的100多名官員中，還包括了擔任過副總統與行政院長的連戰，以及將同馬英九搭檔下屆總統選舉的吳敦義。
被簽結不起訴案件，也包括了前總統陳水扁在臺北市長任內的特別費，但陳水扁的國務機要費案已被判有罪。
特遇不同
特偵組因「特別費除罪化」而須結束有關案件的調查。
在首長特別費除罪化後，此前已被起訴的前副總統呂秀蓮等大批民進黨執政時期政府官員，其審判也隨之終止。
由執政的國民黨主導的這項除罪化的法律修改，排除了陳水扁的國務機要費，這使得陳水扁成為唯一因為首長特別費而被判刑的首長。
在國民黨重新執政下對於首長特別費案的處理，由於僅針對民進黨起訴，而在修法除罪前遲不處理國民黨要人部分，使司法公正性受到了質疑。
特偵組雖對此提出了一些技術理由，但這種在政治上打著反貪旗號進行的起訴，全部針對執政者的敵對政黨，使其究竟是反貪還是政治鬥爭存在爭議。
而特偵組此前被指出在對陳水扁的一系列指控中，教唆證人作偽證指控陳水扁收賄貪污的辦案手法，也引起了爭議。
来源:BBC
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