曾國藩留下的部分文字，似乎可以證明他是一個無神論者。他說：「餘生平不信鬼神怪異之說。」
在家書中談及風水時，也說「我平日最不信風水。」但與此同時，卻有大量的文字記載，證明曾國藩是一個相當「迷信」的人。
很多時候他相信鬼神的存在，一生進行過大量「迷信活動」，幾乎實踐過所有迷信種類。之所以如此，與他一生中幾次「神秘體驗」有關。
最有名的一次發生在咸豐八年初。那一年曾國藩因父喪還居家中，終日無事，聽說曾國荃家人請人來扶乩，也步行趕去湊熱鬧：「聞老九宅中有乩仙降，步往視之。」
扶乩和算卦一樣，是舊時人們卜問吉凶的常用方式。其法是扶乩之人自稱神靈附體，拿著一支筆，根據人們的提問，在沙盤上畫字，據說畫出的字句就是神靈的指示。
當時湘軍剛剛攻下九江，軍機頗順，曾國藩原以為可以順流東下，迅速消滅太平天國。不料扶乩的結果卻十分不吉利。扶乩得到了一個非常不吉利的「敗」字。曾國藩大驚，剛剛取得九江大勝，怎麼會出來一個敗字？乩又判說，這個敗字與九江之勝有關。曾國藩問，九江初克，運氣正好，敗字何指？乩又判道，這個敗字不但關係到天下大局，也關係到曾家自己的家運。
曾家人「又問仙何人何職位今欲何往？」也就是問降下這一預言的是哪路神仙？「仙自稱名為彭某人，河南固始人，生時官都司，死於咸豐年固始之難。現為雲南大理府城隍神。赴任路過云云。」
當時曾國藩聽了之後，雖然「凜然神悚」，然終不解其故。也就只好將神仙的預言置於半信半疑之間。
結果不久曾國藩再度出山，湘軍在三河戰役中遭遇慘敗。悍將李續賓部被全殲，曾國藩的弟弟曾國華也失蹤於亂軍之中。事後曾國藩極力搜尋，只找回一具無頭之屍。
曾國藩認為，這敗字指的就是三河之敗：「由今觀之，三河之挫，六弟之變，正與‘不可喜也’四字相符，豈非數皆前定耶？」
多年之後，和趙烈文談起此事，曾國藩還認為此事足以證明鬼神確實存在。
類似的神秘體驗，曾國藩一生中還發生過幾次。
安徽祁門清初中過舉人，後來一位江西籍的縣令將縣城改建在山腳下，從此一百多年沒有人中過舉。曾國藩駐軍祁門時，以縣城跼促，並無「形勝」，因拆毀城牆。竣工後曾國藩寫了四句話：「拆去西北城，歲歲出科名。東南留一節，富貴永不歇。」說來奇怪，此後僅甲子科鄉試，祁門縣就考中了三個舉人，丁卯科又考中了二人。曾國藩由此更加認為，風水之說絕非無稽之談。
同治元年的一次「神秘體驗」，更讓他相信某種程度上的天人感應的存在。那是同治元年十一月三十日晚上，他為陣亡的曾國華寫銘旌，忽然聞到一股強烈的檀香味，而詢問身邊人，並無人焚香。過了半個月，他在家書中又一次談起此事，認為這證明「神異之不虛」。
因此曾國藩晚年經常用鬼神說來解釋一些生活現象。他與曾國潢都死了孫子，他認為這是有損陰德的結果：「聞弟近年好幫官司，好罰人出錢，好送人關班房，豈有損於陰德耶？抑聞侄婦有不敬其姑之處，神示之儆耶？」
他仍然參與一些「迷信」活動。同治六年江蘇大旱，曾國藩迎神於密室，焚香祈禱，下雨之後復出重金還願。平日在督署，他晚上經常登上內宅的上房，向天拜禱。
